Тогда же он решился на неслыханный шаг, доставивший ему в дальнейшем много неприятностей. Евсевий пишет «Ориген, занятый делом оглашения в Александрии, совершил поступок, свидетельствующий о душе юной, незрелой и в то же время глубоко верующей и стремящейся к самообузданию. Поняв евангельские слова «Есть скопцы, которые сделали сами себя скопцами для Царствия Небесного» в их буквальном смысле, думая и выполнить спасительный совет, и прекратить грязную клевету язычников (ему, юноше, приходилось беседовать о вопросах божественных не только с мужчинами, но и с женщинами), он и поторопился на деле осуществить спасительные слова, полагая, что большинство его учеников ничего не узнает.
Скрыть, однако, такое дело оказалось невозможным Димитрий, предстоятель Александрийской церкви, изумился отваге Оригена, похвалил за усердие к вере и ее искренность, посоветовал не падать духом и отныне еще больше прилежать к делу оглашения». «Но вскоре, — продолжает Евсевий, — видя, что Ориген благоденствует, что он везде известен и всюду прославляем, он поддался человеческой слабости, постарался всем епископам описать его поступок как чистое безумство». Поводом для недовольства Димитрия послужило следующее событие. В 228 г по пути в Грецию Ориген остановился в Иудее у своих друзей — Феоктиста Кесарийского и Александра Иерусалимского. Те уговорили его принять священство и рукоположили в пресвитеры. Это стало причиной сильных пререканий. Димитрий Александрийский, оспаривая законность рукоположения, писал епископам всего христианского мира, что Ориген не может быть пресвитером из-за своего скопства. Когда Ориген вернулся в Александрию, на него началось подлинное гонение. По требованию Димитрия в 230 или 231 г состоялся специальный собор египетских епископов, который постановил, что Ориген должен быть извержен из пресвитерского сана и отлучен от церкви. По существовавшим тогда церковным правилам решения одной епархии обыкновенно принимались остальными без рассмотрения сущности дела. И, таким образом, приговор против Оригена был утвержден в Риме и других областях империи, хотя оставался без внимания в тех странах, которые особенно чувствовали на себе его личное влияние — в Палестине, Финикии, Аравии и Греции.
Оставив после тридцати лет преподавания Александрийское училище, Ориген был вынужден переселиться в Кесарию. Сюда же вскоре переехали многие его ученики.
Начался последний, самый знаменитый период жизни Оригена. Слава его в это время гремела по всему Востоку. К нему часто обращались за разъяснениями сложных богословских вопросов, для опровержения ересей и для вразумления епископов, уклонившихся от традиционного учения. Его знания, диалектика, красноречие были непоколебимы. Ко всему этому присоединялись его природное обаяние и авторитет выдающегося аскетизма. Слава Оригена стала всемирной, его творения были распространены по всему Востоку до самого Рима. Тем больше должны были злобствовать против него язычники. В 250 г, когда очередное гонение на христиан начал император Деций, Оригена заключили в тюрьму и подвергли жестоким истязаниям. По свидетельству Евсевия, он перенес тогда «оковы, телесные муки, истязание железом, тюремное подземелье, многодневное сидение с растянутыми до четвертой дыры ногами, угрозу сожжения.
Все это Ориген мужественно пережил, не отрекся от христианства и получил свободу по приговору суда. Однако, оправиться от тяжелых мучений он уже не смог и скончался в 254 г, немного не дожив до семидесяти лет.
Таковы обстоятельства жизни Оригена. Его литературная деятельность была большей частью посвящена изучению Библии. Полный перечень его работ (вместе с письмами) включал шесть тысяч названий. Из огромного числа оригеновских богословских трактатов до наших дней дошли всего два (правда, самых известных) «О началах» (230) и «Против Цельса» (249). Им он обязан своей посмертной славой. Современники более отмечали Оригена как переводчика и комментатора Священного Писания. Похоже, что и сам он считал эту часть своего наследия самой важной. Евсевий пишет «Старательно исследовать Слово Божие было для Оригена столь важно, что он даже изучил еврейский язык, приобрел у евреев в собственность подлинники священных книг, написанные еврейским шрифтом, а затем постарался собрать и сличить между собой все имевшиеся тогда хождение переводы Писания на греческий». Ветхий Завет был известен христианам в основном по переводу 70-ти толковников, осуществленном во II в до Р.X. для Александрийской библиотеки. Согласно преданию, каждый из 70-ти переводчиков работал независимо от других, однако их переводы, по Божьему промыслу, почти буквально совпали друг с другом. Ориген присовокупил к переводу толковников несколько других редких переводов, которые ему удалось найти.