Духовенство с головой ушло в разрешение своих земных проблем. Пламя высокой духовности, озарявшее ярким светом начальную эпоху христианства, казалось, потухло навсегда. Мистическое озарение сменилось грубыми суевериями, а религиозный культ в большинстве своем ограничивался механическим выполнением религиозных церемоний и обрядов. Деградация церкви все больше и больше волновала западный христианский мир. Реакция против ее материализации выразилась прежде всего в мощном, нараставшем с каждым десятилетием движении за духовную реформацию, за возрождение простоты апостольской церкви. Вместе с тем в XIII в. появилось множество еретических сект. Движение францисканцев также было одной из форм неприятия официальной церкви. Но в отличии от тех, кто критиковал увязшую в политических интригах римскую курию и погрязших в роскоши монахов, Франциск не думал ни о преобразовании церкви, ни о восстановлении старого монашества.
Авторитет папы всегда оставался для него непререкаемым. Он тоже стремился к обновлению душ и возрождению христианства в его первобытной чистоте, но никто никогда не услышал от него ни одного слова осуждения. Святая жизнь была единственное орудие, которое он желал употребить против ослепленных грехом людей, а символическим актом богослужения для него стало нищенство в подражание Христу.
Тем самым Франциск, сознательно или бессознательно, создал совершенно новый идеал монашества, если прежние иноки вдохновлялись подвигами египетских отцов, ушедших в пустыню спасаться от мирских грехов, то целью Франциска было следовать за Христом и осуществлять евангельское совершенство непосредственно в грешном мире.
Чтобы добиться разрешения на проповедь за пределами Ассизской епархии, Франциск в 1210 г. решил отправиться в Рим к папе. Он сказал своим товарищам: «Пойдемте теперь к матери нашей, святой римской церкви, чтобы поведать святому отцу, что Господь начал через нас совершать, дабы мы, согласно Его воле, могли продолжать начатое нами дело». Вопреки ожиданиям многих, в Риме их встретили благосклонно, и Франциск был принят сами папой Иннокентием III. Тот со вниманием выслушал просьбу Франциска, но остерегся освятить своим согласием столь необычное начинание. Он сказал: «Идите с Богом, дети мои, и когда Господь умножит вас числом и возвеличит благостью, я признаю вас достойными более важных поручений и полномочий». Он разрешил францисканцам продолжать проповеди, но потребовал, чтобы все они приняли пострижение. Франциск согласился. И действительно, одобрение, хотя и неофициальное, много способствовало расширению ордена. Если прежде сподвижники Франциска могли обращаться к народу лишь на улицах и площадях, то теперь им разрешили проповедовать в церквах.
По возвращении из Рима Франциск поселился неподалеку от Ассизи — у Риво Торто на берегу ручья, сбегавшего с горы Сабазио. Здесь стоял заброшенный домик, служивший прежде жилищем прокаженных. Поблизости находилось много пещер, которые стали келиями для остальных братьев. Монахи бенедиктинского монастыря уступили Франциску одну из своих часовен, где францисканцы сообща читали евангелие.
Пропитание они добывали тем, что помогали крестьянам в полевых работах. Но главным призванием общины оставалась проповедь мира и покаяния. Источники не дают возможности проследить, как постепенно эта проповедь, исходя из Ассизи, проникла в соседние города и охватила всю Италию. В целом францисканское движение, несмотря на отдельные неудачи, произвело очень сильное впечатление на современников. И многие после проповеди св. Франциска, раздав свое имущество, вливались в число братьев. Постепенно община, собравшаяся около него, разрослась. Возникло множество поселений францисканцев (их называли конвентами).
Во главе каждого из них стояли так называемые блюстители. Вся Италия была разбита на провинции, включавшие находившиеся в их пределах конвенты. Во главе каждой провинции стоял министр. Сам Франциск, не являясь официально главой братства, оставался его душой. Раз в год, в Троицу, все францисканцы собирались у колыбели ордена в Порциункуле. Вид этих сотен, а потом и тысяч людей всех классов общества, босоногих, с непокрытой головой, опоясанных веревками, с бодростью переносящих свою бедность, ютившихся во временных шалашах из ветвей и довольствовавшихся случайным подаянием, красноречиво свидетельствовал об обаянии идеала безусловной бедности.