Радикальные взгляды были свойственны Мюнцеру уже в юности. Еще очень молодым человеком в 1512 г. он основал тайное общество в Галле с целью заговора против архиепископа Магдебургского. Заговор не удался, но Мюнцеру удалось скрыться.
Около 1517 г. он служил учителем в Мартинской гимназии в Брауншвейге, откуда, по словам хрониста, он должен был уйти «из-за беспокойного нрава». В 1519 г. Мюнцер поступил капелланом и духовником в монастырь бернардинок Бейтиц близ Вейсенфельса, однако через несколько месяцев получил отставку из-за того, что допускал различные нововведения в богослужении. Затем он проповедовал в Ютерборге и был изгнан воинствующими католиками. Оттуда Мюнцер отправился в Виттенберг, где встретился с Лютером. В будущем им предстояло стать непримиримыми врагами. Но в то время противоречия, разделившие их, еще не созрели Мюнцер понравился Лютеру, и тот выхлопотал для него в 1520 г. место проповедника в Цвиккау.
Это было время, когда над страной повеял освежающий ветер Реформации. Лютер уже три года вел борьбу с догматами и строем католической церкви. Все немцы ожидали скорых перемен и жадно прислушивались к речам проповедников. Старый город Цвиккау также находился в смятении и волнении. Появление здесь Мюнцера не прошло незамеченным. Уже вторая его проповедь собрала толпы народа и возбудила умы. Тон его выступлений еще не выходил за пределы общих идей Реформации церкви, обозначенных Лютером. Так, Мюнцер яростно нападал на богатых монахов из нищенствующих орденов — этих «слепых пастырей слепых овец, которые своими продолжительными молитвами пожирают жилища вдов и близ умирающих думают не о вере, а об удовлетворении своей ненасытной жадности». Хотя о том же говорили тогда многие проповедники, резкий, непримиримый тон Мюнцера вскоре начал тревожить магистрат.
Чувствовалось, что идеи его гораздо радикальнее лютеровских. Мир погряз в грехах и пороках, говорил Мюнцер. Можно ли исправить его преобразованием одной только церкви? Нет, нужен коренной, глубинный переворот, который всю жизнь общества перестроит на основании законов евангелия и всех сделает счастливыми. Городская беднота, собираясь на проповеди Мюнцера, ловила каждое его слово. В речах нового проповедника плебеи находили выражение своих смутных надежд и невольно тянулись к нему. Магистрат, встревоженный деятельностью Мюнцера и его огненными речами, велел арестовать нескольких близких к нему людей. Готовились схватить самого Мюнцера, но в ночь на 16 апреля 1521 г. он успел бежать из города. Имя его с тех пор обретало все большую известность.
В основе вероучения Мюнцера лежало понимание мира как частного, которое относится к Богу как к общему и целому. Космический порядок виделся ему в том, что все частности должны признавать полное преобладание и господство общего начала. Именно таков идеальный Небесный мир, где царит божественная гармония совершенства. В отличие от него наш земной и плотский мир является миром творений, потерявших свое единство с Богом и потому пребывающих в изолированном состоянии. Грехопадение Адама в том и состояло, что он увлекся частными интересами во вред целому. С тех пор люди находятся во власти творений, то есть своих плотских, частных интересов, и задача христианства заключается в том, чтобы помочь им вернуться к Богу. Исходя из этого фундаментального положения, Мюнцер представлял развитие мира, как постепенное торжество нравственной идеи подчинения частных интересов общему.
Другая важная сторона вероучения Мюнцера состояла в мистическом понимании сути божественного откровения. Он не мог и не желал мириться с усиленно насаждаемым в период Реформации представлением о Священном Писании, как о единственном источнике божественной истины. Ему казалось странным и нелепым разделяемое многими положение, что Господь, сотворивший человека, устранился потом от прямого руководства им, оставив вместо Себя во многом путанную и неясную Библию.
Нет, говорил Мюнцер, Бог продолжает находиться в прямом и непрерывном общении с людьми и изрекает Свое слово прямо во внутренность их душ. Но, разумеется, не каждому дано слышать Бога. Для того чтобы Слово Божие вошло в душу, она должна воздерживаться от всякой похоти и пребывать в состоянии глубочайшей скорби, печали или сокрушения. Лишь тогда к ней приближается Бог. Именно поэтому грешники не слышат Его. «Если человек желает достичь божественных откровений, — писал Мюнцер, — он должен удалиться от всех утех и иметь мужество познать истину».