Потом появилось желание публично и официально заявить о своих взглядах. Повод для такого обращения вскоре представился. В октябре 1533 г. друг Кальвина Николай Коп, избранный ректором Парижского университета, готовился произнести обычную в таком случае публичную речь. Кальвин написал для него небольшое сочинение «О христианской философии», в котором под очень прозрачным покровом проводился основной принцип Лютеровой теологии — об оправдании верой. Коп зачитал кальвиновскую речь перед большой и представительной аудиторией Этот смелый вызов, брошенный католицизму, наделал много шума и сильно навредил делу Реформации. Если до этого власти сквозь пальцы смотрели на деятельность протестантов, то теперь на них обрушились преследования. Коп бежал в Базель. Был издан указ об аресте Кальвина. Но, когда полиция пришла его арестовывать, он выскочил через окно на улицу. Покинув столицу, он под чужим именем вел скитальческую жизнь в Южной Франции и наконец нашел убежище при дворе Маргариты Наваррской. Та приняла Кальвина с большим радушием и сумела уладить дело об университетской речи. Беглец получил разрешение вернуться в Париж.
Впрочем, долго оставаться здесь оказалось опасным. В 1535 г. во Франции началась настоящая охота на протестантов. Шесть их проповедников были публично сожжены.
Кальвин решил оставить отечество и отыскать какой-нибудь уединенный уголок, где бы он мог в полной безопасности отдаться своим теологическим работам. Таковым поначалу стал для него Базель, давший приют многим французским протестантам. В Швейцарии Кальвин, установивший связи со своими единоверцами, участвовал во французском переводе Библии, затеянном его родственником Оливетаном. Но вскоре все его внимание поглотила работа над трактатом «Наставление в христианской вере», которому суждено было стать самым прославленным и самым читаемым из его творений. Первое издание объемом в 500 страниц вышло в Базеле 1536 г.
Затем одно переиздание «Наставления» следовало за другим, и каждый раз объем книги увеличивался: Кальвин постоянно возвращался к своему любимому труду, шлифуя детали, усиливая доказательства и пополняя пропуски. «Наставление в христианской вере», бесспорно, является самым выдающимся произведением эпохи Реформации, своего рода «основой основ» всего протестантского мироощущения.
Мысль изложить в строгом порядке начала протестантизма являлась уже и до Кальвина. За эту задачу брались такие известные деятели Реформации, как Меланхтон, Цвингли и Фарель. Однако ясной, обоснованной в деталях, отчетливой формулы веры, способной противостоять создававшейся веками католической доктрине, они так и не смогли построить. Это удалось сделать только Кальвину.
Его светлый ум, его беспощадная логика позволили ему добиться успеха в том, в чем не смогли преуспеть его старшие годами предшественники.
В основе теологической системы Кальвина лежит безусловный авторитет Священного Писания. По его мнению, Бог раз и навсегда выразил Свою волю в библейских книгах, и вся жизнь человечества — не только религиозная и нравственная, но также политическая и церковная — должна быть строго согласована с буквой этого закона. Церковная традиция для него пустой звук. Отцы церкви имеют значение лишь в той степени, в какой их учение соответствует прямому смыслу Писания.
Христианство в его учении становится, таким образом, «религией книги», неизменной и неподвижной, как иудаизм, раз и навсегда заключенной в тесные рамки Священного Писания.
Положение об оправдании верой, об абсолютной невозможности для человека собственными усилиями добиться спасения — этот центральный пункт Лютеровской догматики — занимает у Кальвина также выдающееся место. Как уже говорилось, положение это возникло как протест против католического учения о добрых делах, под которыми разумели почти исключительно дела внешнего благочестия. Лютер ополчился против крайностей этой теории, приведшей к позорной торговле индульгенциями. Он доказывал, что добрых дел недостаточно, что спасти человека может только вера, одна вера в искупительный подвиг Христа. Но в то же время он полагал, что вера не является для человека предметом свободного выбора и приходит к нему только вследствие Божьей благодати (под благодатью в католической традиции понималась посылаемая людям свыше помощь Бога, даруемая независимо от человеческих заслуг). Это учение, найденное им в сочинениях св. Августина и уже заключающее зачатки предопределения, германский реформатор постарался все-таки примирить со свободной волей человека. Кальвин в данном вопросе пошел гораздо дальше. С беспощадной логикой он доказал, что если вера есть лишь действие благодати, если человек сам, без божественной помощи, не может спастись, то из этого следует, что как спасение, так и неспасение его зависит исключительно от божественной воли, что свободы воли нет и не может быть, что допускать последнюю — значит ставить Бога в зависимость от человека.