Некоторое время Никон покорно подчинялся ему, но потом между ними начались ссоры и несогласия. Тогда Никон перебрался в Кожеозерскую пустынь, находившуюся на островах Кожеозера, и по бедности отдал в монастырь, — туда не принимали без вклада, — свои последние богослужебные книги. Никон не любил жить с братиею, а предпочитал свободное уединение. Он поселился на особом острове и занимался там рыбной ловлей. Спустя немного времени тамошние монахи избрали его своим игуменом.
На третий год после своего поставления, именно в 1646 г, Никон отправился по делам в Москву и здесь явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклонами к царям настоятели всех монастырей.
Алексею до такой степени понравился кожеозерский игумен, что он велел ему остаться в Москве, и, по царскому желанию, патриарх Иосиф посвятил его в сан архимандрита Новоспасского монастыря. Здесь находилась родовая усыпальница Романовых; набожный царь часто приезжал молиться за упокой своих предков и делал в монастырь щедрые вклады. Во время каждой из таких поездок Алексей подолгу беседовал с Никоном и чувствовал к нему все большее расположение. Известно, что Алексей Михайлович принадлежал к разряду таких сердечных людей, которые не могут жить без дружбы, и легко привязывался к людям. Он велел Никону каждую пятницу ездить к нему во дворец. Беседы с архимандритом западали ему в душу. Никон, пользуясь хорошим отношением государя, стал просить его за утесненных и за обиженных. Алексей Михайлович дал ему поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и управы на нечестных судей. Никон отнесся к этому поручению очень серьезно, с большим тщанием исследовал все жалобы и вскоре приобрел славу Доброго защитника и всеобщую любовь в Москве.
В 1648 г. скончался новгородский митрополит Афанасий. Царь, избирая ему преемника, всем другим предпочел своего любимца, и бывший тогда в Москве иерусалимский патриарх Паисий по царскому желанию рукоположил Новоспасского архимандрита в сан новгородского митрополита. Это место было вторым по значению в русской иерархии после патриаршества. Сделавшись новгородским владыкою, Никон впервые показал свой суровый властолюбивый нрав. Тогда же он сделал первые шаги к исправлению богослужения, поскольку в то время оно отправлялось на Руси нелепо: духовные, боясь пропустить что-нибудь из установленного ритуала, для скорости разом читали и пели в два-три голоса (этот порядок получил название «многоголосия»): дьячок читал, дьякон говорил ектению, а священник возгласы, так что слушающим ничего нельзя было понять. Многие, впрочем, к этому и не стремились. Пишут, что молящиеся в те годы зачастую держали себя в церкви как на базаре: стояли в шапках, громко разговаривали и сквернословили. Понимание богослужения как своего рода мистического общения человеческой души с Богом было чуждо не только большинству мирян, но и многим духовным. Новый митрополит велел прекратить эти обычаи и повел упорную борьбу с многоголосием, невзирая на то, что его распоряжения не понравилось ни духовным, ни мирянам. Для придания службе большего благочиния Никон заимствовал киевское пение. Каждую зиму он приезжал в Москву со своими певчими, от которых царь был в восторге. В 1650 г. во время новгородского бунта горожане показали сильную нелюбовь к своему митрополиту: когда он вышел уговаривать мятежников, его принялись бить и кидать в него камнями, так что едва не забили до смерти. Никон, однако, просил царя не гневаться на виновных.
В 1652 г., после смерти патриарха Иосифа, духовный собор в угоду царю избрал Никона на его место. Он упорно отказывался от этой чести до тех пор, пока сам царь в Успенском соборе на виду бояр и народа не поклонился Никону в ноги и не умолил его со слезами принять патриарший сан. Но и тогда он посчитал нужным обговорить свое согласие особым условием. «Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховного и дадут ли мне устроить церковь?» — спросил Никон.
Царь, а за ним власти духовные и бояре поклялись в этом. Только после этого Никон согласился принять сан. Просьба Никона не была пустой формальностью. Он занял патриарший престол, имея в голове сложившуюся систему взглядов на церковь и государство и с твердым намерением придать русскому православию новое, невиданное прежде значение. Вопреки явно обозначившейся с середины XVII в. тенденции к расширению прерогатив государственной власти за счет церковной (что должно было в конце концов привести к поглощению церкви государством), Никон являлся горячим проповедником симфонии властей. В его представлении светская и духовная сферы жизни должны были сохранять полную самостоятельность. Патриарх в религиозных и церковных вопросах, по его мнению, был таким же неограниченным властителем, как царь в мирских. В предисловии к Служебнику 1655 г. Никон писал, что Россия получила от Бога «два великих дара» — царя и патриарха, которыми все строится как в церкви, так и в государстве. Впрочем, и на светскую власть он смотрел через призму духовной, отводя ей только второе место. Архиерейство он сравнивал с солнцем, а царство — с месяцем и пояснял это тем, что церковная власть светит душам, а царская — телу. Царь, по его понятиям, был призван от Бога удержать царство от грядущего антихриста и для этого ему надлежало снискать Божию благодать. Никон, как патриарх, должен был стать учителем и наставником царя, ибо, по его мысли, государство не могло пребывать без высших, регулирующих его деятельность церковных идей.