Однако в ожидании кончины мира руководителям раскола надо было определить возможные отношения с официальной «никонианской» церковью. В этом смысле Аввакум занимал строгую и последовательную позицию. «Не водитесь с никонияны, — писал он в одном из писем, — не водитесь с еретиками; враги они Богу и мучители христианам, кровососы, душегубцы». Он советовал избегать не только мирных и дружеских сношений с никонианами, но и всяких прений о вере. «Беги от еретика и не говори ему ничего о правоверии, — предписывал он, — токмо плюй на него».
Идеалом для него являлось полное отчуждение от никониан, распространяющееся как на церковную, так и на частную жизнь. Такая строгая изоляция рождала много проблем. Поскольку духовенство в большинстве своем приняло реформу, раскольники оказались без верховных пастырей и не могли получать таинств. Аввакум с товарищами много думал над тем, как помочь этому горю. В конце концов было решено, что младенца, крещеного попом-«новиком» (нового рукоположения, после 1666 г.), можно не перекрещивать, но следовало прочесть над ним дополнительные молитвы. Исповедоваться за неимением священника-старолюбца Аввакум советовал у благочестивых и сведущих в церковных делах мирян. «Исповедайте друг другу согрешения, по Апостолу, и молитеся друг о друге яко исцелите» — добавлял он, давая этим понять, что такая исповедь полностью заменяет исповедь у священника.
Даже причащаться он разрешал у иноков и «простцов», не имевших священства. Впрочем, совершенно обходиться без священников он не считал возможным. Учение его в этом важном пункте оставалось не до конца проясненным и как бы заключало в себе зародыши двух главных толков позднейшего старообрядчества: поповцев и беспоповцев. Аввакум несомненно понимал, что вводит в жизнь своей заочной паствы весьма необычные в православной жизни нравы и обряды, которые, по существу, были гораздо большим отступлением от устава, чем сами «никониянские» новшества, но он советовал их лишь как временное исключение, ввиду «нынешнево огнеопального времени».
Между тем раскол в стране набирал силу Собор 1666–1667 гг. определил жестокие меры наказания для тех, кто упорно придерживался старых порядков. Страх перед возможной казнью, ссылкой в монастырь и лишением всего имущества заставлял людей покидать обжитые места и строить свои «скиты» в труднодоступных лесных районах.
С 1668 г. многие крестьяне, забросив свои поля, стали готовиться ко второму пришествию, делая себе гробы и служа друг над другом заупокойные службы. Исход в скиты приобрел массовый характер, в них строились амбары, поварни и всякие тайники на случай прихода слуг антихриста. Так как не всегда в скиту были попы, религиозный культ оказался здесь до крайности упрощен. Практиковались самосожжения, которые превратились для «старолюбцев» как бы во второе, неоскверненное крещение, дающее мученический венец. У протопопа Аввакума было достаточно авторитета, чтобы осудить и остановить самоубийственные смерти, но он увидел в них доказательство преданности старой вере, стояние против «соблазнов никонианства» и сам деятельно возбуждал на мученичество своих единоверцев. «Само Царство Небесное валится в рот, — писал он, — а ты откладываешь, говоря: дети малы, жена молода, разориться не хочется. «Получив первые известия о самосожжении раскольников, Аввакум всецело одобрил их, величая умерших «самовольными мучениками». «Вечная память им во веки веков! — пишет он в одном из писем. — Добро дело содеяли — надобно так. Рассуждали мы между собой и блажим кончину их» «Добро почитати сожженных за правоверие отец и братии наших», — восторгается духовным бесстрашием своих единоверцев.
Пустозерские узники готовы были сами в любой момент принять мученическую смерть за веру, но при этом никогда не теряли надежды на освобождение. Однако их ожидания, что после смерти царя Алексея Михайловича никоновские нововведения будут отменены, не оправдались. Узнав о восшествии на престол Алексеева сына Федора, Аввакум в 1676 г. отправил ему письмо с призывом вернуться к старой вере. Послание осталось без ответа. А пять лет спустя, в 1681 г., в Пустозерск пришел указ о казни «соузников» через сожжение. Неизвестно, кто отдал его, но инициатором казни несомненно являлся патриарх Иоаким, бывший в царствование болезненного юноши-царя одним из самых влиятельных придворных и государственных деятелей. Проведенный Иоакимом в 1681–1682 гг. церковный собор создал особый «отдел постановлений» против раскольников, которым запрещалось собираться на молитвы. Царская грамота того же года давала епископату новые, расширенные полномочия по борьбе с расколом. Видимо, в связи с этими постановлениями Аввакум и его пустозерские единомышленники 14 апреля 1682 г. погибли на костре.