17 октября 1832 года в одном из боев вблизи аула Гимры Гази-Магомед был убит. Его преемником стал Гамзат-бек, два года спустя зарубленный аварцами в мечети в отместку за убийство аварских ханов. В 1834 году имамом был избран ближайший друг Гази-Магомеда Шамиль. Ему первому из имамов удалось организовать горцев в регулярную армию, состоявшую из десятков и сотен. Сотни, в свою очередь, объединялись в более крупные отряды разной численности. Он ввел на подвластной территории законы шариата и установил в армии железную дисциплину. Малейшее ослушание каралось телесным наказанием или смертью. Шамиль оснастил свои войска артиллерией как из трофейных пушек, так и из новых, которые научились отливать дагестанские мастера. Однако ему случалось терпеть и тяжелые неудачи. В 1839 году русские после трехмесячной осады штурмом овладели укрепленной резиденцией имама — аулом Ахульго. Во время штурма погиб младший сын Шамиля Сагид и многие другие родственники имама. Своего младшего 7-летнего сына Джамалутдина Шамиль вынужден был отдать в заложники русскому царю. Но восемь месяцев спустя имам поднял новое восстание в Чечне. Его сторонникам также удалось в 1840 году захватить несколько русских укреплений на Черноморском побережье. В 1845 году Шамиль разбил экспедиционный корпус, предводительствуемый самим наместником на Кавказе князем Михаилом Воронцовым. Горцы при этом захватили богатую добычу.
В 1848 году закубанские горцы объединились вокруг соратника Шамиля Магомеда-Эмина, ставшего правителем Северо-Западного Кавказа. Во время Крымской войны, летом 1854 года, сын Шамиля Гази-Магомед совершил рейд в Грузию, надеясь соединиться с турецкими войсками. Но русская Кавказская армия не допустила турок в Грузию, и воины Гази-Магомеда вынуждены были ограничиться богатой добычей. Они захватили около 900 пленных, среди которых были представители знатных грузинских родов. Более тысячи грузинских ополченцев и мирных жителей погибли. Княгини Чавчавадзе и Орбелиани были обменены на сына Шамиля Джамалутдина, вернувшегося из Петербурга, где он служил поручиком в гвардейском Уланском полку. За остальных пленников также был выплачен большой выкуп. После этого в Грузии наступил кризис денежной наличности, а в Чечне и Дагестане серебряная монета, наоборот, обесценилась.
Как ни странно, успешный рейд в Грузию приблизил прекращение борьбы с горцами. Сознавая, что такой добычи во второй раз им уже не захватить, воины требовали мира, при условии, что никто не заставит их вернуть награбленное. Новый наместник на Кавказе князь Александр Барятинский, личный друг императора Александра II, применял гибкую политику, привлекая на свою сторону местных феодалов (наибов) обещанием сохранить в неприкосновенности их владения и привилегии.
Трехлетнее наступление в горах южной Чечни завершилось окружением Шамиля в высокогорном ауле Гуниб. Сказалось превосходство в артиллерии и стрелковом вооружении. Новые нарезные винтовки образца 1856 года превосходили ружья горцев дальностью и скорострельностью. 7 сентября 1859 года Шамиль во главе 400 защитников Гуниба сдался многотысячной армии Барятинского. При этом гордый имам заявил Барятинскому: «Я тридцать лет дрался за веру, но теперь мои народы изменили мне, а наибы разбежались. Сам же я утомился. Мне шестьдесят три года, я уже стар и сед, хоть борода моя черна. Поздравляю вас с покорением Дагестана. Пусть государь император владеет горцами на благо их».
После Шамиля настал черед Магомед-Эмина. Десант, высаженный с кораблей, овладел Туапсе — единственным портом, через который горцы Северо-Западного Кавказа снабжались вооружением и боеприпасами. 2 декабря 1859 года Магомед Эмин и старейшины абадзехов присягнули на верность Российской империи. Однако появление на Кавказе русских поселенцев привело к недовольству местного населения и восстанию в 1862 году народов Абхазии. Оно было подавлено только в июне 1864 года. После этого отдельные партизанские отряды на Кавказе вели борьбу против русских вплоть до 1884 года, но широкомасштабные боевые действия завершились 20 годами раньше.
За время Кавказской войны русская армия потеряла 25 тысяч человек убитыми и более 65 тысяч ранеными. От болезней же умерло около 120 тысяч солдат и офицеров. Точных данных о потерях вооруженных горцев нет, однако не приходится сомневаться, что они были в несколько раз меньше русских, особенно в части умерших от болезней. Кроме того, некоторое число мирного горского населения стало жертвами русских карательных операций. Но и в результате горских набегов были потери среди мирных жителей казачьих станиц и укреплений и среди христианского населения Грузии. Никаких точных данных на этот счет нет.