В консерватории Ауэр был ведущим профессором и бессменным членом художественного совета вплоть до 1917 года. Он также вел сольный скрипичный и ансамблевый классы. Почти сорок лет, с 1868 по 1906 год, Ауэр возглавлял Квартет Петербургского отделения РМО, считавшийся одним из лучших в Европе. Ежегодно скрипач давал десятки сольных концертов и камерных вечеров. Но, что особенно важно, Ауэр создал всемирно известную скрипичную школу, блиставшую такими именами, как Я. Хейфец, М Полякин, Б. Цимбалист, М. Эльман, А. Зейдель, В. Сибор, Л Цейтлин, М. Банг, К. Парлоу, М. и И. Пиастре.
Большая дружба и взаимное уважение связывали Ауэра с Чайковским. Последний сразу же высоко оценил мастерство скрипача: «Г. Ауэр, — писал Чайковский, — исполнивший концерт Бетховена, имел большой успех. Этому артисту пришлось бороться с подавляющим воспоминанием об исполнении Лауба, которое невольно завладевало слушателем при звуках пьесы, так часто исполнявшейся покойным виртуозом. Из этой борьбы г. Ауэр вышел с честью. Он играет с большой выразительностью, с высокопоставленной чистотою техники, с тонкой обдуманностью и поэтичностью в фразировке».
В другой статье — «Четвертая неделя концертного сезона» — Чайковский писал: «Г. Ауэр, произведший на нашу публику самое благоприятное впечатление в Музыкальном обществе, имел и на этот раз успех, выходящий из ряда обыкновенных. Преобладающие качества этого виртуоза — его задушевность, прочувствованность в передаче мелодии и нежная певучесть смычка…»
Современники особо ценили у Ауэра художественный вкус и тонкое ощущение классической музыки. «В игре Ауэра постоянно отмечались строгость и простота, умение вжиться в исполняемое произведение и передать его содержание в соответствии с характером и стилем, — пишет Л Н. Раабен — Ауэр считался очень хорошим интерпретатором сонат Баха, скрипичного концерта и квартетов Бетховена. На его репертуаре сказывалось также воспитание, полученное у Иоахима, — от своего учителя он воспринял любовь к музыке Шпора, Виотти».
В одной из рецензий 1880 года можно прочитать: «У г-на Ауэра нет той силы, энергии, того размаха, которыми обладал покойный Венявский, нет той феноменальной техники, которою отличалась игра Сарасате, но у него есть не менее ценные качества; это — необыкновенное изяществе и округленность тона, чувство меры и в высшей степени осмысленна музыкальная фразировка и отделка самых тонких штрихов; оттого его исполнение отвечает самому строгому требованию».
Игра скрипача неизменно вызывала восхищение слушателей: «Г. Ауэр сделал, кажется, еще успехи в технике… Чистота его игры поразительна… Серьезный и строгий художник… одаренный способностью к блеску и фации… вот что такое г. Ауэр». Так отзывались о нем в прессе после концертов 1901 года. А через год в другой рецензии было написано, что Ауэр «с годами, кажется, играет все сердечнее и поэтичнее, все глубже захватывая слушателя своим прелестным смычком».
В газете «Новое время» в 1904 году был напечатан русский перевод одной шутливой рецензии о концерте Ауэра в столице Голландии: «…Русский, и притом в единственном числе, выиграл сражение, взявши в плен не менее 2000 пленных. Что еще более поразительно, это отсутствие раненых и убитых. Оружием был Страдивариус, место боя — „Дворец искусств и наук“, пленные — большей частью женщины. Победителем явился г. Ауэр…»
Наиболее точную характеристику исполнительского мастерства Ауэра дал Оссовский: «Небольшой от природы, но обаятельный в своей нежной певучести тон скрипача с годами стал еще меньше. Пальцы утратили уже, часть былой упругости и смелой беглости. В правой руке моментами также, уж не хватает полной уверенности… Но зато какое наслаждение любоваться этой дивной законченностью художественной передачи. За нею забываешь и все безжалостные изъяны времени. Каждая фраза спета с изяществом и выразительностью, такими, — в которых ни единой ноты нельзя тронуть, чтобы не испортить выдержанности и убедительности целого…
Колоссальностью темперамента Л. Ауэр никогда не поражал, — это не Венявский и не Изаи. Но сколько непосредственной жизни в его игре и какою теплотою проникнута она, начиная уже с самого тона! При этом на ней лежит один общий, трудно определимый словами, но только одному Ауэру свойственный отпечаток вкрадчивой мягкости и округленности, с одной стороны, и задорной грации, порой даже щеголеватости, с другой».