Долгие годы Брандукову приходилось работать за рубежом. Наконец, он получил возможность применить свои силы и опыт в России — в 1906 году ему была доверена должность директора и профессора Музыкально-драматического училища Московского филармонического общества. Под его руководством это учебное заведение добилось значительных успехов, здесь было воспитано немало талантливых мастеров отечественного искусства. Один из них, А.В. Свешников, вспоминал позднее: «Мы, ученики, горячо любили своего директора, несмотря на его несколько неровный и подчас вспыльчивый характер. В Брандукове нас привлекал его огромный художественный авторитет, исключительная чуткость и отсутствие всякого формализма по отношению к нам, учащимся. Он обладал поразительной способностью как-то сразу выявлять степень и характер музыкальной одаренности ученика, что особенно проявлялось во время приемных испытаний».
Писательница P.M. Хин-Гольдовская так описывает в своих дневниках далеко не легкую московскую жизнь музыканта. Многолетней неофициальной женой Брандукова была Надежда Митрофановна Мазурина, «красавица, богачка, музыкантша». У них был сын Саша, «ребенок, которого они обожают». Несмотря на богатство Мазуриной, Брандуков оставался вечно нуждающимся, бедняком. Говоря о нем, как о «талантливейшем виолончелисте», Гольдовская добавляет, что он был очень добрым и в личной жизни слабохарактерным человеком, которого Мазурина нещадно третировала и «держала в ежовых рукавицах».
В годы Первой мировой войны музыкант часто выступал на благотворительных концертах в пользу раненых воинов. После революции 1917 года Брандуков входит в состав директории Большого театра, организует здесь симфонические, камерные вечера, выступает в концертных залах и клубах перед демократической аудиторией.
И его игра по-прежнему находила горячий отклик у слушателей. Г.Г. Нейгауз, один из его партнеров по выступлениям тех лет, говорил: «В Брандукове поражала исключительная артистичность, подкупающая искренность и художественность фразировки, творческая свобода и горячая эмоциональность в соединении с высокоразвитым чувством стиля. Особенно привлекал его благородный, мощный и предельно выразительный звук. Ярко запомнились наши репетиции к сонатным вечерам. Страстность и подлинное творческое горение, настойчивое искание правды выражения, беспокойное, подчас нервное настроение, ни тени ремесла и „академичности“, — таков был Брандуков в процессе работы. Ему в большой мере было свойственно „ощущение целого“. В сонатах он не „играл партию“, а органично участвовал в ансамбле, живо чувствуя художественное произведение в целом».
Столь же высоко ценили поющую виолончель Брандукова и другие выдающиеся артисты.
А в ансамбле с ним выступали Л. Собинов, А. Нежданова, А. Гольденвейзер, Ф. Шаляпин.
Шаляпин очень высоко ценил Брандукова. О взаимоотношениях Брандукова с Шаляпиным тепло вспоминала дочь певца — Ирина Шаляпина: «Любимейшим музыкальным инструментом Федора Ивановича была виолончель… На этой почве возникла дружба с знаменитым виолончелистом А.А. Брандуковым, игру которого Федор Иванович ценил необычайно высоко и любил выступать с ним в концертах. Впоследствии мне самой довелось слышать этого замечательного артиста. Истинное наслаждение испытывали все, кто слушал его „поющую виолончель“, да и, кроме того, Анатолий Андреевич был очень красив и благороден…
В связи с А.А. Брандуковым мне вспоминается следующий случай. Это было в начале 1919 года, Федор Иванович давал концерт в консерватории; в этом же концерте принимали участие Брандуков и Кенеман… Не спеша, мы наконец дошли до консерватории… Все ждали А.А. Брандукова, но время шло, а Анатолия Андреевича все не было. Публика заполнила до отказа зрительный зал. Пора было начинать концерт. Вдруг мы услышали в коридоре какой-то шум, не то стон, не то плач. Отец поспешно вышел, и через минуту мы увидели его возвращающимся с А.А. Брандуковым, которого он вел под руки, а за ним кто-то нес виолончель Анатолия Андреевича.
Идя на концерт, он поскользнулся и упал на свою виолончель.
Когда сняли брезентовый футляр, то увидели, что инструмент был поврежден. Анатолий Андреевич обнял свою виолончель, как живое существо, и слезы лились из его глаз… Дирекция была растеряна — кем заменить Брандукова? Тогда отец сказал, что выручит концерт и будет петь один в двух отделениях… А.А. Брандукова, находившегося в тяжелом душевном состоянии, проводила домой я и долго сидела у его кровати, как около тяжело больного».