Гуго Обрио не довел возведение Бастилии до конца. Уличенного в любовной связи с еврейкой и в том, что, угождая ей, он плевал на Распятие, топтал его ногами и произносил при этом кощунственную хулу, его приговорили к сожжению на костре. Поэтому и спешил парижский народ в сентябре 1377 года на площадь, где на эшафоте прево Парижа встал на колени перед ректором университета, инквизитором и епископом Парижа, раскаиваясь в своих преступлениях и прося прощения. Из уважения к его прежним заслугам казнь Гуго Обрио заменили пожизненным заключением в крепости-тюрьме, которую он сам и возводил.
Это был первый узник, которому пришлось выдержать заключение в Бастилии. Но в 1381 году парижский люд, раздраженный новыми налогами, бросился убивать чиновников, которые эти налоги собирали, и освободил узников Бастилии, в том числе и Гуго Обрио. Ему даже предложили стать главой восставших парижан, но он уже так был потрясен тюремным заключением, что отказался и уехал к себе в Бургундию, где через год и умер.
Царствование Карла VI было одним из самых печальных периодов в истории Франции: постоянные войны с Англией и при этом страшные внутренние междоусобицы, во время которых крепость-тюрьма служила убежищем то одной, то другой стороне. В 1420 году Бастилией, Лувром и Венсенским замком завладел английский король Генрих V: англичане укрепились в Бастилии и продержались там 16 лет. После их изгнания французскому королю Карлу VII пришлось вести борьбу со своими непокорными вассалами. Он восторжествовал над ними, хотя его сын — дофин Людовик — был во главе непокорных и руководил заговорами против отца. Впоследствии и сам дофин Людовик вынужден был бежать к герцогу Бургундскому, у которого и находился до самой смерти отца.
Волнения сеньоров продолжались и после восшествия на престол Людовика XI. Ведя в течение всего своего царствования борьбу с вассалами, постоянно встречая с их стороны измены и черную неблагодарность, король в своем мщении тоже действовал коварно, и потому многие из них побывали в Бастилии.
При этом короле в крепости были введены два новшества — железные клетки и комната ублиеток. Железные клетки существовали и до Людовика XI, но именно при нем в Бастилии и других французских тюрьмах были устроены такие камеры, в которых нельзя было ни встать в полный рост, ни лечь — только сидеть согнувшись. Такие клетки король называл своими доченьками. Первым муки заключения в железных клетках испытал на себе Вильгельм де Горакур — епископ Верденский. Сначала он был в милости у короля, потом изменил ему и протомился в железной клетке целых 10 лет.
Ублиетками назывались камеры и глубокие колодцы, куда сажали приговоренных к смерти людей, поэтому они отличались еще более утонченной жестокостью. Комната ублиеток была устроена в одной из бастильских башен, которая по иронии называлась башней Свободы. Сначала приговоренного к смерти приводили к коменданту в комнату, называвшуюся «комнатой последнего слова». Она была довольно большого размера, но освещалась только одной лампой и так, чтобы можно было рассмотреть на стенах кинжалы, пики, шпаги и огромные цепи.
После допроса комендант и несчастный узник входили в комнату ублиеток — очень светлую и с запахом чудесных цветов. Здесь они оба садились, и комендант в разговоре подавал арестанту надежду на скорое помилование. Жертва немного успокаивалась и даже ободрялась, но уже в следующую секунду по знаку, данному комендантом, пол под несчастным опускался, и он падал на колесо, утыканное острыми ножами. Невидимая рука приводила это колесо в движение, и узника разрезали на кусочки…
В Бастилию никогда не заключали уголовных преступников, находившихся под следствием или отбывающих наказание по приговорам общих судов: для них существовали другие тюрьмы. «Высокой чести» попасть в Бастилию удостаивались только те, о ком давались именные королевские приказы — так называемые «letter de cachet» Такие приказы составлялись без указания срока: узник одинаково мог провести в крепости-тюрьме и несколько дней, и несколько десятков лет. Если у него не находилось влиятельных покровителей или они отказывались хлопотать за него, он рисковал просидеть в Бастилии большую половину своей жизни. Иногда о заключенном совсем забывали, и он оставался в тюрьме только потому, что им никто не интересовался.
Во времена правления Бурбонов придворные дамы получали от министров и других высокопоставленных лиц тайные приказы (иногда в качестве новогоднего подарка), в которых было пропущено имя осужденного. И в подходящий для себя момент, вписав нужное имя, дамы могли освободиться от надоевшего мужа или какого-либо другого неудобного лица. В царствование Людовика XV такие тайные приказы можно было получить и за деньги. Например, министр Ла Врийер сначала продавал их через графиню де Лонжак, но потом дошел до того, что стал продавать их через своих слуг, так что за 25 луидоров можно было кого угодно засадить в Бастилию.