После этих побед Мухаммед Али обратился к мирной деятельности и продолжил дело цивилизации страны по-своему. В годы его правления строились каналы, он завел военные школы и арсеналы, создал многие отрасли промышленности, запретил вывозить из Египта произведения древнего искусства. Мухаммед Али предпринял меры к обновлению Каира: в городе начали расчищать руины, прокладывать улицы, сажать сады, за городскую черту удалили кладбища. На месте лагуны Эзбекия возникла одноименная площадь, от которой к Цитадели провели прямую магистраль, а в самой крепости построили дворец по европейскому образцу. Грандиозный комплекс дворца включает зал для приемов, зал правосудия, гарем и множество служебных и жилых помещений Большие внутренние дворы, напоминающие европейские курдонёры, высокие стены, сочетание арочных перекрытий с плоскими потолками — все свидетельствовало о подражании дворцам французской и итальянской знати. Но желание применить европейский способ оформления интерьера к дворцу восточного правителя порой приводило к курьезам. Например, большие четырехугольные проемы были нецелесообразны в условиях жаркого климата, или другой пример — изображение одной и той же битвы, подобно орнаменту, повторялось на 20 панно.
В 1824 году в Цитадели взрывом был разрушен возведенный Салах-ад-Дином дворец, чтобы расчистить место для мечети Мухаммеда Али. Но и сейчас ниже основания мечети можно еще заметить остатки этого замечательного дворца, сводчатый зал которого и стены с контрфорсами напоминают сирийские замки крестоносцев. Строительство мечети было завершено уже после смерти основателя — в царствование Сеида. Возведением ее руководил грек Юсуф Башна из Константинополя с помощниками — тоже греками. Здание строилось в формах османской архитектуры, и нетрудно заметить, что прототипом его являлись мечети Стамбула.
Мечеть Мухаммеда Али окружают легкие фонтаны и тонкие грациозные минареты, поднимающиеся в высоту на 82 метра. Особенно красива она в часы заката, когда белые минареты сверкают, как стрелы, ясно выделяясь на темном фоне горы Мукаттам. Внутри — резные двери, арабские надписи, стихи из Корана, разноцветные поливные кафели с прекрасным рисунком… Кругом — безмолвие и тишина, поражающие европейцев при входе в мусульманский храм.
С юго-западной стороны терраса мечети огорожена парапетом. Стены самой мечети, как и ограда двора, на высоту 11 метров 30 сантиметров облицованы белым гладким алебастром, отчего она и стала называться Алебастровой. Выше идет рельефный орнамент — позолоченный и покрашенный. В мечети находится мраморное надгробие Мухаммеда Али.
С правой стороны от входа во двор Алебастровой мечети возвышается башня, которая оканчивается своего рода китайским павильоном. На башне установлены часы, подаренные Мухаммеду Али французским королем Луи Филиппом.
Недалеко от мечети располагается «колодец Иосифа» — квадратная шахта со спиральным спуском вокруг. По преданию колодец был выкопан Иосифом — сыном Иакова, ставшим министром у фараона, так что сооружение это очень древнее. Султан Салах-ад-Дин восстановил колодец и дал ему свое имя: глубина колодца равняется 88 метрам, так что дно его находится на одном уровне с дном Нила. Колодец разделен на два этажа широкой площадкой, по которой ходил бык, приводивший в движение водоподъемное колесо. Другое колесо находилось на поверхности и поднимало воду в обширный каменный бассейн уже с верхней площадки.
В конце XIX века, когда Египет был оккупирован англичанами, в Цитадели разместился британский комендант Каира. Русский путешественник А. Картавцев в начале XX века так описывал Цитадель:
Мы вышли на внутреннюю площадь у Цитадели. Отсюда весь Каир как на-ладони. Мало того, виден Нил верст на двадцать вверх и вниз по течению, видны пирамиды: три ближайшие к городу весьма ясно, другие, более отдаленные, как бы окутаны дымкой. Вид, надо отдать ему справедливость, великолепный. Мы долго не могли от него оторваться.
В Цитадели теперь многое переделано. Въезд в Цитадель широк и удобен. Но не сила египетских хедивов владеет Цитаделью, она занята англичанами. На бастионах ее стоят повернутые на город пушки; и пушки эти, и подходы к ним охраняются «красными мундирами».
Английские «красные мундиры» покинули Египет только в 1936 году, но с началом Второй мировой войны в Цитадели вновь появился английский гарнизон. В крепости была установлена и зенитная артиллерия, так как ожидались налеты немецкой авиации на Каир. Здесь же частично размещался и танковый парк англичан.