В Италии Берругете пробыл с 1504 по 1517 год. Значительную часть итальянского периода своей жизни Алонсо был учеником Микеланджело, постигая у великого мастера искусство ваяния и живописи. Вазари неоднократно упоминает Берругете в числе учеников Микеланджело или среди помощников последнего в монументальных работах в Риме. От гениального мастера Берругете научился изображению экспрессивно заострённой формы, напряжённому ритму складок одежды и силуэтов фигур.
Гуманизм, явившийся предтечей Ренессанса в Италии и Германии, вместе с тем не получил там большого распространения. Поэтому в творчестве Берругете идеи ренессансного гуманизма нередко проявлялись только внешне. Великолепно разбирающийся в современном итальянском искусстве, Алонсо Берругете, тем не менее, облекал в итальянские одежды своих глубоко национальных героев. Художник талантливо сочетал внутреннее напряжение и внешнюю сдержанность надменных кастильцев с итальянской экспрессивностью и динамизмом.
В то время строившиеся храмы и монастыри обильно украшались скульптурным и живописным декором. В убранстве интерьеров роль рельефов, круглой скульптуры и настенной живописи была значительна.
Берругете, по всей вероятности, участвовал в создании ретабло гранадской капеллы вместе с Филипе Бигарни. Алонсо сотрудничал ранее с Бигарни в Сарагосе, а также значительно позже в Толедо. В 1522 году он посетил Гранаду и вполне мог помочь своему товарищу.
По желанию Карла V Берругете должен быт также украсить строгие стены капеллы пятнадцатью живописными композициями, но заказ не был осуществлён по финансовым обстоятельствам.
Особое распространение в начале XVI века получили большие многофигурные композиции в алтаре — ретабло. Именно они составляют большую часть работ Берругете.
Скульптор исполнил ретабло в капелле Архиепископской коллегии в Саламанке (раскрашенное дерево, 1529–1533), ретабло «Поклонение волхвов» в церкви Сантьяго в Вальядолиде (раскрашенное дерево, 1537), ретабло в церкви Сантьяго в Касересе (раскрашенное дерево, 1558).
В этом своеобразном жанре трудно отделить скульптуру от архитектуры. Чтобы добиться гармоничного сочетания архитектурного оформления алтарной части — колонн, карнизов сводов, заполненных рельефами, и круглой скульптуры помещённой в архитектурную раму, надо было свободно владеть искусством и ваяния, и зодчества.
В ретабло работы Берругете скульптура рождается из массы здания, как в готике. Хороший пример подобной работы в скульптуре церкви Сан-Бенито в Вальядолиде (1531). Кстати, в старой столице Кастилии, наряду с Толедо, протекала основная деятельность Берругете.
Образы святых в этой церкви полны рвущегося изнутри пафоса и напряжённого духовного горения. При этом пропорции вытянуты, а туловища неистово изгибаются. Линии развевающихся одежд перебивают закономерности строения формы жесты фигур, несоразмерных друг другу, патетичны и манерны.
В Толедо Берругете выполнил несколько заказов архиепископа города Алонсо де Фонсеки. В большом ретабло церкви Святой Урсулы выделяется своей жизненностью группа «Встреча Марии и Елизаветы». Бурный ритм складок одеяния падающей на колени Елизаветы полон реального движения и одновременно возвышенно-торжествен.
Помимо алтарных образов, Берругете занимался мелкой пластикой — вырезал рельефы на креслах для священства в соборе в Толедо, а также настенные барельефы, полные движения и словно вырывающиеся из лепных рам.
В 1561 году в церкви Сан-Хуан Батиста около Толедо Берругете изваял надгробие для кардинала Хуана де Таверы и спустя несколько недель в сентябре там же скончался.
Е. Штейнер пишет:
«Наследие Берругете интересно тем, что он фактически первый привёз на Пиренейский полуостров ренессансный стиль Донателло и Микеланджело и не копировал слепо их образцы, но выработал свой собственный глубоко эмоциональный почерк. В своих статуях Берругете преобразил материальность итальянской скульптуры в угловатые уплощённые экзальтированные образы, которые по их формальным признакам можно считать барочными. Но вместе с новейшими веяниями в творчестве Берругете уживались архаизирующие тенденции — так, он предпочитал старинную испанскую традицию полихромией скульптуры — эстофадо. В полумраке храмов, при мерцающем свете свечей ярко раскрашенные и обильно позолоченные статуи производили сильное впечатление на присутствующих.