Благоволили к Киево-Печерскому монастырю и другие князья, делавшие ему богатые вклады, но все эти украшения были разграблены татарами в 1240 году, и «небеси подобная» церковь оставалась в запустении более 200 лет. В 1470 году усердием князя Симеона Олельковича она была восстановлена и украшена, но через 12 лет — после нашествия Менгли-Гирея — снова запустела и начала восстанавливаться только во второй половине XVI века.
Важной святыней Великой церкви являются святые мощи угодников Божьих, почивающие в разных местах ее. Например, в правой стороне, перед алтарем святого архистратига Михаила, в кипарисовой раке покоится череп великого равноапостольного князя Владимира, просветившего Русь верой Христовой. Глава князя была обретена митрополитом Петром Могилою между развалинами Десятинной церкви, основанной самим князем Владимиром.
Эта церковь, возводившаяся во имя Рождества Пресвятой Богородицы, строилась на десятую часть доходов, выделенных князем Владимиром от своего имения, поэтому ее часто называли Десятинной. После смерти он был погребен в ней в великолепной каменной гробнице: кисть руки святого князя находится в Софийском соборе, а нижняя челюсть — в Успенском соборе Московского Кремля.
Церковь существовала до 1240 года, а потом татары под предводительством хана Батыя разорили ее. От храма не уцелело ни одной стены, и почти 400 лет он лежал в развалинах. В 1635 году митрополит Петр Могила захотел восстановить храм Святого равноапостольного князя Владимира и в новопостроенной церкви поставил образ Святителя Николая, отчего в народе она стала называться Церковью Николая Десятинного.
…Митрополит Петр Могила, по обыкновению своему посещавший святые храмы каждую субботу, однажды пошел в церковь Святителя Николая. После молитвы он вышел из храма и, обозревая окрестности, случайно увидел недалеко от церкви небольшую ямку. Когда по повелению митрополита ее раскопали, то нашли два каменных гроба, в которых (как потом установили ученые) лежали останки князя Владимира и супруги его — греческой царевны Анны. Голову князя сначала положили в церкви Преображения Господня, а потом перенесли в Киево-Печерскую лавру.
В левой части церкви, у южной стороны придела святого архидиакона Стефана, в серебряной раке открыто почивают нетленные мощи святителя Михаила — первого митрополита Киевского, который был сподвижником князя Владимира и в 988 году крестил 12 его сыновей и весь русский народ. В этом же приделе, возле южной стены, под золотой сенью стоит серебряный ковчег с изображением святого первомученика Стефана, побитого камнями еще в первые века христианства за проповедь среди евреев веры Христовой. В раке находится часть мощей (в частности указательный палец) святого первомученика Стефана; мощи эти были в 1717 году принесены из молдавского Нямецкого монастыря архиепископом романским Пахомием, который потом 7 лет жил в лавре и скончался в 1724 году.
В приделе Иоанна Богослова, под золотой сенью, находится кенотафия с частицами мощей некоторых святых пророков, апостолов, святителей и мучеников. Здесь же хранятся часть древа трапезы Христовой, часть ризы Господней, капля крови Иоанна Крестителя, часть миро великомученика Дмитрия Солунского.
В правой стороне притвора Великой церкви, под золоченой сенью, стоит окованный серебряными позолоченными листами древний чудотворящий гроб преподобного Феодосия — устроителя Печерской обители, давшего ей древний устав православной иноческой жизни. Сначала преподобный Феодосии был погребен в Дальних пещерах, но в августе 1090 года, через 17 лет после его смерти, мощи святого перенесли в Великую церковь и положили в раку, богато украшенную в 1130 году на средства суздальского князя Георгия Симоновича. Впоследствии раку ограбили татары, но мощи преподобного Феодосия еще перед угрозой нападения были скрыты под спудом, где и остаются поныне.
На левой стороне притвора, под золоченой сенью, находится гроб с частицами мощей всех преподобных Печерских, изображенных на потолке в рассеянных звездочках. Кенотафия эта была устроена в XIX веке для симметрии с гробом преподобного Феодосия.
В нижнем этаже Успенской церкви расположены усыпальницы представителей многих именитых княжеских родов, украинских гетманов, православных киевских воевод, епископов и архимандритов лавры. Например, блаженный Павел, митрополит Тобольский и Сибирский, 10 лет пробыл на митрополии, а потом удалился в Киево-Печерскую лавру и два года подвизался здесь в иноческих трудах и подвигах богоугодной жизни. Скончался он в 1770 году, и тело его, с тех пор почивающее нетленно во всем архиерейском облачении, является предметом глубокого набожного поклонения. Портрет блаженного митрополита Павла (во весь рост) хранится на хорах Великой церкви, где можно видеть портреты разных настоятелей и благотворителей лавры.