Первая гробница от западных ворот к северной стене — царя Василия Ивановича Шуйского. Возведенный на престол после низложения Лжедмитрия, он, однако, не сумел приобрести расположения народа, к тому же в его царствование появился второй самозванец. Князь М.В. Скопин-Шуйский разбил войско Лжедмитрия II, и народ готовился к торжественной встрече его из похода. Однако во время торжеств пришла весть, что прославленный герой внезапно скончался, это всех сильно поразило и возбудило подозрения. Народ взбунтовался, и во время бунта царь В.И. Шуйский был свергнут с престола, насильно пострижен в монахи и отвезен в Польшу, где через несколько месяцев скончался.
Рядом с надгробием царя В.И. Шуйского расположены три так называемые «неизвестные» гробницы. Они стоят без надписи, нет даже преданий о том, кто в них погребен, поэтому в разное время их приписывали разным лицам, в основном основываясь на предположениях. Одни считали, что в двух из них покоятся братья В.И. Шуйского, а в третьей — князь В.В. Голицын, тоже умерший в польском плену. Прах последнего 23 года покоился в Варшаве, а в 1635 году по желанию царя Михаила Федоровича был перевезен в Москву. Однако многие исследователи считают, что прах князя В.В. Голицына и братьев царя В.И. Шуйского никак не мог быть погребен в Архангельском соборе — священной усыпальнице русских царей. Если гробница М.В. Скопина-Шуйского, находящаяся, впрочем, в приделе церкви Иоанна Предтечи, и указывает на подобное отступление, то надо все-таки помнить, что он был племянником царя В.И. Шуйского и погребен еще при жизни этого государя.
В летописях значатся имена великих князей, похороненных в Архангельском соборе, но гробниц этих князей в соборе нет. Ученые предполагают, что, может быть, они и похоронены в «безымянных» гробницах. Это могли быть тверской князь Дмитрий Михайлович, убитый в Орде, и Иван Иванович Малой — брат Дмитрия Донского. Последнее подтверждается и изображением на стене его ангела — святого Иоанна Богослова. В третьей гробнице, почти достоверно можно сказать, похоронен великий князь Андрей Иванович Старицкий, о чем сказано на надгробном камне, найденном при реставрации собора в 1835 году: «Въ лето 7045–1537 декабря въ 11 день преставися благоверный князь Андрей Ивановичъ Старицкш», сын Ивана III. Великий князь был человеком слабохарактерным и блестящих свойств не имел никаких, поэтому при дворе пользовался лишь внешними знаками достоинства и уважения. Однако он решился на бунт, за что был заключен в «тесную палату», где и умер через 6 месяцев.
Из 54 захоронений Архангельского собора 52 находятся под землей. Князья, великие и удельные, похоронены в тесаных белокаменных гробах, скрытых под полом, а над захоронениями возведены кирпичные надгробия. В XVIII веке на них были установлены белокаменные плиты с надписями и орнаментом. В 1903 году, чтобы охранить надгробия от разрушения, их заключили в медные чехлы.
На полу собора расположились две раки со святыми мощами. В одной из них покоятся останки святого благоверного князя-мученика, убитого в Золотой Орде в 1245 году, в другой — святого страстотерпца царевича Дмитрия (младшего сына царя Ивана Грозного), убитого в 1591 году в Угличе.
В царствование Екатерины II по воле императрицы была устроена рака для мощей святых черниговских чудотворцев — благоверного князя Михаила и боярина его Федора, погибших в Орде. Мощи черниговских чудотворцев сначала привезли во Владимир, потом в Чернигов, где они и почивали 330 лет. В 1572 году по желанию Ивана Грозного их привезли в Москву и сначала положили в построенный для них у верхних Тайницких ворот Черниговский храм. Когда же все строения и приказы, окружавшие этот собор, снесли, то мощи святых чудотворцев перенесли во дворцовый Сретенский собор, а уж оттуда — в ноябре 1774 года — в Архангельский собор.
Для сооружения раки из Коллегии экономии в распоряжение Экспедиции строений Кремлевского дворца было отпущено 12 000 рублей. Наблюдать за исполнением работ поручили архитектору В.И. Баженову, который представил и рисунки барельефа, по его собственному признанию, «скорыми мыслями» за недостатком времени, но в точном соответствии с размерами гробницы. Первый рисунок представлял, как воины Батыя ведут князя Михаила через огонь, чтобы он поклонился идолам. На втором за князем следует его боярин Федор, и оба они от поклонения идолам отвращаются; на третьем изображено, как отступник-христианин отрубает благоверному князю голову, на четвертом — тела святых брошены на съедение псам, а над телами изображен сходящий с небес огненный столп.