В 1780-е годы он создает великолепную резьбу по камню и дереву на фасадах. Однако позже, в 1790—1800-е годы, он работает в основном как зрелый и оригинальный скульптор, а архитектурой занимается только с целью создания необходимой среды для своих скульптурных ансамблей или декорируя интерьеры.
Этот переход от зодчества к ваянию, по-видимому, был связан и с личными причинами – усилением болезни, из-за которой он работал, прикладывая инструмент к перчаткам, и растущей изоляцией от людей, что затрудняло руководство строительными коллективами. Были, однако, и внешние причины. В восьмидесятые годы в краях, где воспитывался и работал Алейжадинью, разгорается национально-освободительное движение, создается «Инконфиденсиа Минейра». С одним из руководителей «Инконфиденсии», поэтом Клаудиу Мануэле да Коста, который погиб в тюрьме после раскрытия заговора и допроса под пытками, Антониу был много лет дружен. Очевидно, что Алейжадинью был связан с «инконфидентами». Быть может, именно в этом кроется разгадка творчества скульптора, особенно в последний период, наступивший после героической гибели руководителя движения и мученической смерти его друга.
В многоцветном скульптурном цикле «Страсти Христа» в часовнях в саду церкви Бон-Жезус-ди-Матузиньюс и в группе статуй двенадцати пророков на парадной лестнице перед главным фасадом церкви уже больной Алейжадинью создал своеобразный – лишь ассоциативно читаемый – памятник героям и мученикам «Инконфиденсии» и шире – антиколониального национально-освободительного движения в Бразилии. Высокая идея одухотворила творчество Алейжадинью, обогатила его мастерство.
Монументально-символичен весь замысел ансамбля в Конгоньяс-ду-Кампу (ныне Конгоньяс). Комплекс святилища, центром и завершением которого является паломническая церковь Бон-Жезус-ди-Матузиньюс, расположен на холме и включает также своего рода священную дорогу для пилигримов и религиозных процессий, обсаженную пальмами и окруженную двенадцатью кубическими часовнями, перекрытыми сомкнутыми сводами, открытый парадный двор и несколько небольших вспомогательных сооружений. Объемы часовен, явно подчиненных главному храму, тонко вписаны в пейзаж склона холма и в окружающую зелень.
Святилище, может быть, не является архитектурным ансамблем в обычном смысле слова, но представляет собой сложный, лишь постепенно воспринимаемый художественный ансамбль. Он объединяет природный ландшафт, лестницы, дороги, площадки, расположенные в нем архитектурные объекты, их интерьеры, пластические детали и декорацию, произведения скульптуры, живописи, декоративно-прикладного искусства.
Построение комплекса отвечает не только композиционному замыслу, но, прежде всего, функционально-литургическому «сценарию» места паломничества. Последовательностью библейских и евангельских текстов определено, например, размещение статуй пророков и сцен пути на Голгофу. Само шествие паломников к церкви в гору символизировало этот путь. При всем разнообразии выразительных средств художественная целостность ансамбля была достигнута выполнением несущих главную образно-символическую нагрузку архитектурных, скульптурных и, вероятно, живописных элементов единым коллективом скульпторов, резчиков и живописцев под руководством одного мастера – Алейжадинью.
Церковь с необычно раскрытым планом поставлена на вершине холма, по склону к ней ведут парадные лестницы, аллеи королевских пальм, а ансамбль дополняют кубические капеллы с пирамидальными завершениями и многочисленные скульптуры, изваянные Алейжадинью.
Вскоре после возведения основного объема церкви началось сооружение платформы с ведущими на нее лестницами, а также переделка ее фасадной части. Фасад церкви Бон-Жезус-ди-Матузиньюс, который надстраивался и отделывался в те годы, когда уже началось строительство по проекту Алейжадинью пластичной церкви Сан-Франсиску в Ору-Прету, сохранил, тем не менее, изначально задуманную плоскостность. И это, возможно, не случайно. Фасад, особенно портал, выполненный Алейжадинью, орнаментирован столь же богато, динамично и рельефно, как и в Ору-Прету, но крупная пластика объемов этого храма в церкви в Конгоньясе словно оторвана от фасада – перенесена во внешнее пространство святилища: в статуи, их пьедесталы, изломы лестниц. Она усилена мягкостью кривых линий в парапетах, скамьях, ступенях.
При общем спокойствии фасада церкви Бон-Жезус с двумя стройными башнями-колокольнями и высокими, вытянутыми вверх крестами, образующего фон скульптурной композиции, силуэт церкви динамичен, расчленен, перекликаясь со статуями, которые своими размерами (около 2, 5 метра высоты) создают масштабный переход от человека к архитектуре.