Тогда Нур Джахан восстановила против Махабат-хана могольских военачальников. Дело кончилось тем, что моголы (кабульцы) в стычке из-за пастбищ для коней перебили две тысячи раджпутов. Махабат-хан, лишившись лучших своих воинов, перешел на сторону Шах Джахана.
В 1627 году умирают Парвиз и падишах. Шах Джахан легко восходит на отцовский престол и «на всякий случай» приказывает убить всех своих родных и двоюродных братьев. Нур Джахан, к которой не питал ненависти, он оставил крупное земельное владение.
Новый правитель династии Великих Моголов продолжил войны против индийских государств Декана, персов и узбеков в афганских горах. Но теперь не стало заботы о развитии артиллерии, крепости брались не штурмом, а голодом и подкупом.
Почти сразу же с восхождением на престол Шах Джахану пришлось столкнуться с серьезными мятежами против него. Первым взбунтовался в горах Виндхья Джуджхар Бундела, бежавший из столицы в крепость Орчха. Падишах послал против мятежника три многотысячные армии, и тому пришлось откупаться 10 тысячами золотых рупий, полутора миллионами рупий серебром и 40 слонами. За это ему оставили владение и даже две тысячи воинов.
Затем поднял мятеж против Шах Джагана отцовский любимец Хан Джахан Лоди. Ему пришлось бежать из столицы со своим войском из афганцев. Погоня настигла беглецов у реки Чамбал. В бою Хан Джахан Лоди был ранен, потерял двух сыновей и зятя, бросил гарем, но сумел укрыться в Ахмаднагаре.
Шах Джахан лично выступил на подавление этого мятежа во главе 50 тысяч всадников. Мятежник и ахмаднагарцы выставили 40 тысяч всадников. Начался период дождей, и две огромные армии стояли друг против друга, опустошая округу в поисках корма для коней. Когда период муссонов завершился, могольская армия перешла в наступление. Разгромленный Хан Джахан Лоди попытался пробиться на родину, в афганские горы, но был убит.
После этого падишаху пришлось пойти войной на португальцев, которые строили на берегах Индостана укрепленные пункты, откуда стали подчинять себе окрестное население. К тому же европейцы занимались прибрежным пиратством.
Могольские войска в 1632 году штурмом взяли портовый город Хугли, где в португальских тюрьмах освободили около 10 тысяч индийских крестьян, которые противились насильственному обращению в католичество. 4 тысячи пленных португальцев были отправлены в город Агру, где правитель предложил им принять ислам; отказавшиеся были публично казнены.
В 1633 году поднял мятеж раджа Бунделы – Джуджхара. Для начала тот напал на своего соседа раджу Чаурагарха, истребив его семью. Шах Джахан не мог оставить без наказания за такие действия своего подданного. Против ослушника было послана 22-тысячная конная армия. Раджа имел всего 5 тысяч всадников и 10 тысяч пеших воинов. Битву он проиграл и бежал, предварительно взорвав порохом свой дворец. Однако вскоре он лишился головы, которая была послана Шах-Джахану.
После этого падишах решил покончить с независимостью государств Декана, решив разгромить их поодиночке. Первой его жертвой стал Ахмаднагар, который после ряда поражений и сдачи многих крепостей отдался на милость победителя, лишившись всех боевых слонов и казенных драгоценностей.
Затем могольские войска вторглись в Биджапур. После ряда успехов армия падишаха осадила столичный город. Но длительная осада привела к голоду и эпидемиям в стане моголов, и им пришлось уйти из Биджапура.
Войны в Декане возобновились в 1636 году. Шах-Джахан выступил в поход во главе 58-тысячной армии. Правителю Голконды Кутб-хану пришлось покориться и, среди прочего, согласиться на ежегодную дань деньгами, слонами и драгоценностями в размере 700 тысяч рупий.
После этого могольские войска с трех сторон ворвались в Ахмаднагар, предавая все мечу и огню. Ахмаднагарцы выставили 12-тысячную армию, но потерпели полную неудачу. Падишах ушел из их земель, оставив там наместником своего сына Аурангзеба.
Затем началась борьба за возвращение Кандагара. Дело кончилось тем, что персидский наместник Али Мардар, опасаясь за свою жизнь со стороны шаха Сефи, сдал город моголам и перешел на службу к Шах Джахану. Персидская армия осадила Кандагар, который сдался через полтора месяца. Две попытки падишаха отвоевать Кандагар (в 1652 и 1652 годах) успеха не имели.
Затем Шах Джахан вмешался в борьбу за Балх, которая ему ничего не дала, кроме воинских потерь. Трижды ему пришлось посылать войска в Пенджаб для приведения в повиновение сикхов. Тем временем возмужал его сын Аурангзеб, который лишил отца-падишаха власти, сделав его почетным дворцовым узником.