По словам Белецкого, «незлобие и отношение к иноверцам создали ему на месте его служения глубокое к нему почитание со стороны последних… Во время приездов своих в Петроград он посещал всех своих знакомых и бывших в милости, и впавших в немилость, относясь так же к последним, как и тогда, когда они были в силе». Хотя и затрудняя ему доступ к царю, но «сделавши ту или иную неприятность владыке, Распутин через некоторое время старался чем-либо исправить ее».
В январе 1915 года Варнава ходатайствовал перед царем и Синодом о «причтении» Иоанна к двухсотлетию со дня его кончины, т. е. к 10 июня 1915 года. Синод, недолюбливая честолюбивого Варнаву, тянул, постановив после частичного открытия тела «продолжать запись и исследование чудес». Варнава решил обойти Синод, и 26 августа царь получил телеграмму: «Владыко просит Ивану Максимовичу пропеть величанье своеручно благим намереньям руководит бог Григорий новый» — и прошение от Варнавы «совершить не открытие, а пока хоть прославление, то есть пропеть величание святителю митрополиту Иоанну, о чем горько скорбит народ».
Как и с канонизацией Серафима Саровского, не берусь судить, в какой степени тут играли роль вопросы веры, а в какой политики, — но открытие нового святого отвечало как интересам Варнавы, так и царской семьи. Для нее было и некоторое добавочное личное чувство в том, что новый святой — из епархии «нашего Друга». 27 августа царь телеграфировал Варнаве: «Пропеть величание можно, но не прославление». Тонкость эта была едва ли доступна сибирским богомольцам, и торжественное богослужение у гробницы Иоанна было понято как открытие Св. мощей.
По словам Варнавы, «величание было встречено удушливыми газами злобы злобных синодских анархистов» — на 7 сентября он был вызван в Синод для отчета, и новый обер-прокурор Самарин решил дать бой «распутинству» в церкви. «Какие ужасы принужден был выслушивать Суслик от своего начальника в течение 3-х часов… — телеграфирует царица царю. — Они почти смеялись над твоей телеграммой, игнорировали ее и запретили продолжать величание». «Я предстал как преступник перед этими синодскими бейлисами кровопийцами родной государь, — описывает сам Варнава эту встречу, — это было сплошное глумление циничный смех и особенно злобствовали Ярославский Агафангел и Финляндский Сергий подойдут к оберу и вполголоса говорят, но так что мне слышно пора спросить как Григория руку целовал, а тот говорит это на следующий раз».
Чувствуя поддержку царя, «на следующий раз» Варнава в Синод не явился, сообщив, что выехал к больной сестре, а на самом деле отсидевшись в Петрограде у князя Андронникова. Уже после смещения Самарина найден был компромисс: «прославление» Иоанна Тобольского было торжественно совершено митрополитом Московским Макарием 9-10 июня 1916 года. Варнава, чьи действия Синод, по желанию царя, «ради мира церковного» покрыл «прощением и любовью», в том же году был возведен в сан архиепископа.
Щербатов не угодил царю и царице разрешением в Москве земского и городского съездов, где один из депутатов сказал, что они понимают власть «с хлыстом, но не такую власть, которая сама находится под хлыстом». «Докажи им теперь всюду, где можешь, что ты самодержавный правитель!» — восклицает царица в письме к мужу, а по поводу «хлыстовского каламбура» добавляет: «Это — клеветническая двусмыслица, направленная против тебя и нашего Друга. Бог их за это накажет. Конечно, это не по-христиански так писать — пусть Господь их лучше простит и даст им покаяться!»
По окончании съездов их представители попросили аудиенцию у царя. «Самозванных уполномоченных», как он их назвал, Николай II принять отказался, а на заседании Совета министров в ставке 16 сентября дал понять, что выбирает новый курс. Царица очень беспокоилась, не спасует ли он перед министрами, несколько раз заклинала перед заседанием расчесаться гребенкой Распутина, писала: «Помни — ты властелин, а не какой-нибудь Гучков». После встречи с министрами царь успокоил ее, что «строго высказал им в лицо свое мнение», и сообщил, что по его возвращении в Совете министров будут перемены.
Вопрос о смене министров — прежде всего министра внутренних дел — обсуждался между царем и царицей еще в августе, и здесь снова возникла кандидатура А. Н. Хвостова, царю симпатичная, но после смерти Столыпина отвергнутая и Распутиным, и Коковцовым. Выжитый Щербатовым из Петрограда, Распутин теперь мог смотреть на Хвостова по крайней мере как на меньшее зло, но Горемыкин был о Хвостове того же мнения, что и Коковцов. «Я надеюсь, что Горем[ыкин] одобрит назначение Хвостова — тебе нужен энергичный министр внутренних дел, — пишет царица 22 августа и успокаивающе добавляет: — Если он окажется неподходящим, можно будет его позднее сменить, беды в этом нет. Но если он энергичен, он может очень помочь, и тогда со стариком нечего считаться».