Книга воспоминаний «Зеница ока» (2005) написана в форме личного дневника. Последние публикации В. Аксенова — роман «Таинственная страсть» и незаконченный роман «Ленд-лизовские».
Пятнадцатого января 2008 года в Москве В. Аксенов внезапно потерял сознание за рулем автомобиля, был госпитализирован в больницу № 23, где был диагностирован инсульт. Только через несколько часов Аксенов был перевезен в НИИ им. Склифосовского, где ему провели операцию по удалению тромба сонной артерии, затем Аксенова перевели в НИИ им. Бурденко. Позже Аксенова снова перевели в НИИ им. Склифосовского, где он скончался 6 июля 2009 года.
Василий Аксенов был похоронен 9 июля 2009 года на Ваганьковском кладбище в Москве. В Казани восстановлен дом, где в отрочестве жил писатель, создается музей Аксенова.
В США В. Аксенову было присвоено почетное звание Doctor of Humane Letters. Он являлся членом ПЕН-клуба и Американской авторской лиги. В 2004 году В. Аксенову была присуждена премия «Русский Букер» за роман «Вольтерьянцы и вольтерьянки». В 2005 году Василий Аксенов был удостоен французского ордена Искусств и литературы.
Почетный член Российской академии художеств.
Проза
• 1958 — «Полторы врачебные единицы» (рассказ)
• 1959 — «Коллеги» (повесть)
• 1961 — «Звездный билет» (роман), экранизация — «Мой младший брат» (1962)
• 1962 — «Апельсины из Марокко» (повесть)
• 1963 — «Пора, мой друг, пора» (повесть)
• 1964 — «Катапульта» (повесть и рассказы)
• 1965 — «Победа» (рассказ с преувеличениями)
• 1965 — «Жаль, что вас не было с нами» (повесть)
• 1966 — «На полпути к Луне» (книга рассказов)
• 1968 — «Затоваренная бочкотара» (повесть)
• 1969 — «Любовь к электричеству» (повесть о Л. Б. Красине)
• 1971 — «Рассказ о баскетбольной команде, играющей в баскетбол» (очерк)
• 1972 — «Поиски жанра» (поиски жанра)
• 1972 — «Мой дедушка — памятник» (повесть)
• 1973 — «Золотая наша Железка» (роман)
• 1975 — «Ожог» (роман)
• 1976 — «Сундучок, в котором что-то стучит» (повесть)
• 1979 — «Остров Крым» (роман)
• 1982 — «Бумажный пейзаж» (роман)
• 1983 — «Скажи изюм» (роман)
• 1986 — «В поисках грустного бэби» (записки)
• 1989 — “Yolk of the Egg” (англ., перевод на русский — «Желток яйца», 2002)
• 1993 — «Московская сага» (роман в трех книгах)
• 1996 — «Новый сладостный стиль» (роман)
• 2000 — «Кесарево свечение» (роман)
• 2004 — «Вольтерьянцы и вольтерьянки» (роман, премия «Русский Букер»)
• 2006 — «Москва Ква-Ква» (роман)
• 2007 — «Редкие земли» (роман)
• 2007 — «Таинственная страсть. Роман о шестидесятниках»
• 2008 — «Ленд-лизовские. Неоконченный роман»
Киносценарии
• 1962 — «Когда разводят мосты»
• 1962 — «Коллеги»
• 1962 — «Мой младший брат»
• 1970 — «Хозяин»
• 1972 — «Мраморный дом»
• 1975 — «Центровой из поднебесья»
• 1977 — «О, этот вьюноша летучий»
• 1978 — «Пока безумствует мечта»
• 2007 — «Татьяна»
• 2009 — «Шут»
Пьесы
• 1965 — «Всегда в продаже»
• 1966 — «Твой убийца»
• 1968 — «Четыре темперамента»
• 1968 — «Аристофаниана с лягушками»
• 1980 — «Цапля»
• 1998 — «Горе, горе, гореть»
• 1999 — «Аврора Горелика»
• 2000 — «Ах, Артур Шопенгауэр»
Глава вторая
Когда был Вася маленький…
ЕВГЕНИЙ ПОПОВ: Давай для начала поговорим о семье Аксенова, о его происхождении, о его корнях. Ты знаешь, что в 1938 году Андриан Васильевич Аксенов после посадки своего родного брата написал в Казанский НКВД довольно странное письмо относительно судьбы своего племянника?
АЛЕКСАНДР КАБАКОВ: Дядя Васин? Брат Павла Васильевича?
Е.П.: Ну да. Написал, подчеркиваю, в Казанский НКВД, хотя в это время наш Василий Павлович уже пребывал в доме для детей «врагов народа» в славном городе Костроме. Это письмо недавно в Казани опубликовали, я его раньше не читал, но знал о его существовании от самого Василия. Дело в том, что в начале 90-х мы с ним частенько ездили в Самару на фестиваль «Из века XX в век XXI». И вот однажды возвращаемся в Москву, ведем для избывания дорожной скуки всякие разговоры. Я его вдруг ни с того ни с сего спрашиваю — с какого времени он помнит себя? Он мне четко отвечает: «С 20 августа 1937 года, потому что меня в этот день увезли чекисты в детдом». Все, говорит, помню. Еврейскую бабушку, русскую няньку. Тряпичного львенка, ему только что подаренного. Машину «эмку», чекистку в кожаном реглане, которая его все уговаривала: «Поехали, мальчик, тебе будет хорошо, маму увидишь».