Кроме экономических противоречий между союзами, существовали и политические противоречия. Афины были оплотом демократии, Спарта ориентировалась на аристократическую олигархию.
Пелопонесская война делится на два периода: 431–421 годы до н. э. и 415–404 годы до н. э. В 421–415 годах соблюдалось перемирие. Обе стороны имели большой военно-экономический потенциал: 300 кораблей и 60-тысячная армия у Пелопонесского союза и 400 кораблей (триер) и 32-тысячная армия и 1200 всадников у Афинского морского союза. (История Древней Греции. М., 1986. С. 194) Поскольку силы противников были приблизительно равны, то военные действия отличались особым ожесточением, велись на пределе сил, с переменным успехом.
Морское сражение при Аргинусских островах произошло во второй период войны. Инициатором возобновления военных действий стали Афины, которые стремились установить свое господство в Южной Италии и Сицилии. Афинский флот должен был обеспечить достижение намеченной стратегической цели: включить в состав Афинского морского союза сицилийские города. Вдохновителем возобновления войны со Спартой и захватнических действий Афин стал Алкивиад, избранный стратегом в 420 году. Он говорил: «…Походом на тамошние народы мы усилим наше могущество здесь, а потому предпримем поход, чтобы смирить гордость пелопонессцев». Алкивиад добился реализации своего плана: для похода на Сицилию был снаряжен большой флот и войско, насчитывающие 230 триер и 38 тысяч матросов и воинов.
В 415 году афиняне приступили к осаде главного города Сицилии — Сиракуз. Из Пелопонесса прибыл трехтысячный отряд под командованием Гилиппа, что способствовало сплочению враждебных афинянам сил. Гилиппу удалось окружить афинскую армию. Афинские стратеги Никий и Ламах попросили подкрепления, и афиняне вынуждены были послать в Сицилию вспомогательную эскадру, под командованием стратега Демосфена в составе 75 триер с 5 тысячами воинов. Но пелопонессцы тоже усилили свой флот и добились превосходства над афинянами. Предпринятая афинянами попытка штурма Сиракуз успеха не имела. Сухопутная армия Афин была разгромлена, афинский флот разбит в 413 году в морском бою, командующие афинскими войсками Никий и Демосфен казнены, остальные пленники проданы в рабство или брошены в каменоломни.
Поражение Афин в Сицилии стало настоящей катастрофой и явилось переломным моментом всей Пелопонесской войны. Военные потери оказались огромными: 200 превосходных триер, то есть две трети афинского флота, 10 тысяч воинов, то есть треть ополчения, колоссальные финансовые средства. Влияние Афинской державы в греческом мире резко упало.
Инициатива в ведении войны перешла к Спарте. Чтобы построить боеспособный флот, не уступающий афинскому, Спарта обратилась за помощью к Персии, до этого времени считавшейся национальным врагом греков. Тем самым Спарта предавала общегреческие интересы. Наместник Малой Азии, брат персидского царя Кир Младший, дал спартанцам деньги для постройки флота и содержания войска. Новый спартанский флот во главе с Лисандром начал активные действия против афинян в Ионии и проливах.
Лисандр проявил себя талантливым военачальником и ловким дипломатом. Он с молодости отличался умом, блестящими способностями, железной волей и исключительным честолюбием. На деньги, полученные у персов, Лисандр немедленно вдвое повысил жалованье своим матросам. Затем он объявил, что в случае, если афинские матросы-наемники перейдут к нему на службу, они получат такую же плату. Афинские матросы-наемники массами стали перебегать к спартанцам. В короткое время афинский флот остался почти без гребцов.
Командуя флотом, Лисандр неизменно руководствовался правилом: нападать только тогда, когда у него перевес в силах, и уклоняться от сражения, если численный перевес у противника. Афинский флотоводец Антиох, вопреки приказанию Алкивиада, с частью флота ввязался в сражение у мыса Нотии в Малой Азии, и Лисандр нанес ему решительное поражение. Вину за это поражение афинское народное собрание возложило на Алкивиада, и тот должен был уйти в изгнание. Так Спарта избавилась от самого талантливого и опасного из своих врагов. Лисандр в Эфесе собрал представителей аристократов, живших в союзных с Афинами греческих малоазийских городах. Он щедро раздавал деньги для организации в них тайных союзов, которые должны были подготовить свержение демократии. Простые матросы, хотя и были довольны щедростью Лисандра, не одобряли его способов ведения войны. Они упрекали Лисандра, говоря, что не подобает знатному спартанцу, род которого восходит к легендарному Гераклу, воевать с помощью хитрости. В ответ на это Лисандр, смеясь, отвечал: «Где не годится львиная шкура, там надо подшить лисью», — то есть там, где не помогает сила, надо применять хитрость.