Девяностые годы XVIII века — важный рубеж в истории русской культуры. Со времен Петра I она развивалась в русле идей Просвещения. Мироощущению этой эпохи были свойственны оптимизм, твердая вера во всесилие человеческого разума и исторический прогресс. Конец этим представлениям положили кровавые события французской революции. В 1793 г., в год якобинского террора, многие мыслящие люди во всем мире, взиравшие до этого с сочувствием на парижские события и видевшие в них реальное воплощение своей мечты, пережили сложный духовный кризис: они вдруг почувствовали, что великая эпоха Просвещения, которая открыла человечеству столько истин и возбудила столько надежд, закончилась, так и не принеся ожидаемого счастья. Карамзин, который как никто в России ощущал свое духовное родство с европейской цивилизацией, переживал крах идеалов Просвещения как свою личную трагедию. В эти дни он пишет исполненное тихой скорби историкополитическое размышление в двух письмах: «Милодор к Филарету» и «Филарет к Милодору».
«Помнишь, друг мой, — пишет Милодор, — как мы некогда рассуждали о нравственном, ловили в истории все благородные черты души человеческой, питали в груди своей эфирное пламя любви, которого веяние возносило нас к небесам, и, проливая сладкие слезы, восклицали: человек велик духом своим! Божество обитает в его сердце!.. Кто более нашего славил преимущества XVIII века: свет философии, смягчение нравов, тонкость разума и чувства, размножение жизненных удовольствий, всемерное распространение духа общественности… Конец нашего века почитали мы концом главнейших бедствий человечества и думали… что люди, уверясь нравственным образом в изящности законов чистого разума, начнут исполнять их в точности, и под сению мира, под кровом тишины и спокойствия насладятся истинными благами жизни». В этих словах заключена живая вера поколения конца XVIII века, его религия, то, что давало цель и смысл жизни. Что же теперь? «О Филарет! — восклицает Милодор, — где теперь сия утешительная система?.. Она разрушилась в своем основании! XVIII век кончается: что же видишь ты на сцене мира? — XVIII век кончается, и несчастный филантроп меряет двумя шагами могилу свою, чтобы лечь в ней обманутым, растерзанным сердцем своим и закрыть глаза навеки!.. Где люди, которых мы любили? Где плод наук и мудрости? Где возвышение кротких нравственных существ, сотворенных для счастья? — Век Просвещения! Я не узнаю тебя — в крови и пламени не узнаю тебя!» Это письмо — свидетельство крушения целой эпохи. Хотя Карамзин и в дальнейшем не утратил просветительского оптимизма и вера в прогресс у него осталась непоколебима, однако его мироощущение приобрело трагический оттенок — да, человечество движется к какому-то далекому светлому, но неведомому для него идеалу, однако путь к нему страшно труден и извилист, а каждый шаг отмечается кровью и страданием. Острое чувство драматизма жизни — одна из основополагающих черт великой русской литературы, и Карамзин был первым русским писателем, творчество которого отмечено его печатью.
Девяностые годы были для автора «Писем русского путешественника» временем духовного надлома. В 1792 г. он прекратил издание журнала и уехал из Москвы в деревню. Столетие он завершил выпуском двух литературных альманахов — в 1794–1795 гг. в двух томиках вышла «Аглая», а в 1796–1799 гг. читатели получили три части «Аониды». В эти альманахи Карамзин включил все достойные внимания новинки современной литературы, преимущественно поэзии. Подобные сборники в то время были новостью в России и стали для нее заметным культурным событием.
В апреле 1801 г. Карамзин женился на Елизавете Ивановне Протасовой.
Но счастье с ней не было продолжительным — уже на другой год, после рождения дочери, она умерла. (В 1804 г. Карамзин женился второй раз на Екатерине Андреевне Колывановой, внебрачной дочери князя Вяземского, с которой и прожил до самой смерти.) В 1802 г. Карамзин вернулся к журналистике и стал выпускать «Вестник Европы», продолжавший и развивавший традиции «Московского журнала». С первых же номеров он стал популярнейшим в России периодическим изданием. Число его подписчиков за несколько месяцев перевалило за 1000 человек — по тем временам цифра очень внушительная. Круг затрагиваемых в журнале проблем был очень широк. Помимо литературоведческих и исторических статей Карамзин помещал в своем «Вестнике» политические обозрения, разнообразную информацию, сообщения из области науки, искусства и просвещения, а также занимательные произведения изящной словесности. В 1803 г. он опубликовал в нем свою лучшую историческую повесть «Марфа Посадница, или Покорение Новагорода», рассказывавшую о великой драме смиряемого русским самодержавием города, о вольности и непокорстве, о сильной и властной женщине, величие которой проявилось в самые тяжкие дни ее жизни. В этой вещи творческая манера Карамзина достигла классической зрелости. Слог «Марфы» ясный, сдержанный, строгий. Здесь нет даже следа слезливости и умиления «Бедной Лизы». Речи героев полны достоинства и простоты, каждое слово их весомо и значимо. Важно подчеркнуть также, что русская история была здесь уже не просто фоном, как в «Наталье», — она сама явилась объектом осмысления и изображения. Было видно, что автор много лет вдумчиво занимался изучением истории и глубоко чувствовал ее трагический, противоречивый ход.