За всем этим Новиков не забывал и о периодической печати. Руководимые им «Московские ведомости» превратились из казенной и скучной газеты в интересное издание, в котором каждый факт подавался живо и занимательно.
Уже в 1780 г. количество подписчиков газеты увеличилось в шесть раз. В качестве приложения к «Московским ведомостям» стал выходить журнал «Экономический магазин» — своеобразный сборник различных агрономических советов на самые разные случаи жизни. В 1785 г. Новиков наладил издание первого русского детского журнала «Детское чтение для сердца и разума».
Кроме того, в разные годы выходили другие приложения к «Московским ведомостям»: специальный женский журнал «Библиотека для дамского туалета», «Городская и деревенская библиотека», а также первый научно-популярный журнал «Магазин натуральной истории химии и физики». Выпускал Новиков и масонские журналы под разными названиями, в которых печатались религиозные и нравственные сочинения. Он очень серьезно относился к идеалам масонства и провозглашаемой им цели нравственного совершенствования и исправления человека.
Между тем деятельность масонских лож, окруженная таинственностью и глубоко законспирированная, стала вызывать большое беспокойство в правительственных сферах. Это беспокойство усилилось, когда открылась связь масонов с иностранными политическими деятелями и в особенности когда было установлено, что масоны пытались привлечь в свой орден наследника престола Павла. Екатерина II, зорко следившая за кружком Новикова, начала постепенно стеснять его издательскую деятельность. В 1785 г. по указанию императрицы специально назначенным светским и духовным цензорам было поручено просмотреть выпущенные Новиковым книги. При этом 40 названий были запрещены к печатанью и распространению, а 6 масонских конфискованы. В июле 1787 г. был издан указ, запрещавший частным издательствам продажу книг «до святости касающихся». Под это определение подходила вся духовная и религиозно-нравственная литература. Вскоре духовная цензура изъяла из книжных лавок Новикова и уничтожила огромное количество книг — 168 названий. В их число попали даже такие совершенно невинные сочинения, как «Житие Сергия Чудотворца», «Краткий Катехизис», «Духовные сочинения» Ломоносова, несколько произведений архиепископа Платона и др.
Ущерб, понесенный Новиковым в результате этой акции, был очень значительным. С этого времени начинается постепенной упадок «Типографической Компании». В 1789 г., когда истек десятилетний срок аренды университетской типографии, Екатерина II особым указом запретила продлевать его. В распоряжении Новикова осталась типография «Типографической компании», которая с трудом сводила концы с концами. В 1790 г. здесь было выпущено всего 16 названий книг, а в 1791-м — только 8.
В том же году «Типографическая компания» была ликвидирована. Новиков принял на себя ее долги — около 300 тыс. рублей. Несмотря на постигшие его удары он надеялся в скором времени поправить свои дела. Но в апреле 1792 г. был издан указ об аресте Новикова. Официально издателя обвинили в том, что в 1788 г. он анонимно выпустил раскольничью книгу «История о страдальцах Соловецких». Обыски в его типографии, книжных лавках и имений Авдотьино не дали никаких материалов для подтверждения выдвинуто! обвинения. Зато было обнаружено 20 названий скрытно продававшихся масонских и других книг, запрещенных указами 1786 и 1787 годов, и еще 48 книг, отпечатанных без разрешения цензуры По своему духу и направлению это были совершенно невинные сочинения, не заключавшие в себе никакой угрозы для православия или монархии, но императрица была в гневе и решила наказать Новикова по всей строгости закона. Арестованного тайно доставили в Петербург и заключили в Шлиссельбургскую крепость. Следствием руководила сама Екатерина. Сохранившиеся протоколы допросов свидетельствуют, что ее интересовала совсем не издательская деятельность Новикова Все ее вопросы касались масонских лож, их политических целей и связей В августе того же года Екатерина приговорила Новикова к 15-летнему заключению в крепость. Любопытно, что такую исключительную строгость она применила только к нему. Остальные московские масоны, привлеченные к следствию, отделались легкими наказаниями. И дело было не в том, что Новиков оказался «виноватее всех», в этом приговоре выразилась застарелая личная неприязнь Екатерины к известному и талантливому издателю. Вскоре рукой палача было сожжено около 20 тысяч конфискованных у Новикова книг В 1795 г. был подписан указ о продаже его имущества. Всего Новиков провел в тюрьме около четырех лет. Екатерина II умерла б ноября 1796 г. Уже на другой день император Павел распорядился выпустить Новикова на свободу. В течение нескольких последующих лет Новиков употребил значительные усилия на то, чтобы распутать свои финансовые дела и рассчитаться с кредиторами. К 1798 г, продав часть своего имущества, он вернул долги казне. Однако за ним оставались еще большие долги разным частным лицам. К 1805 г. Новиков сумел расплатиться и с ними и тогда же попытался вновь взять в аренду университетскую типографию. Но сделка не состоялась. Последние годы жизни Новиков провел безвыездно в своем имении Авдотьино, занимаясь сельским хозяйством Умер он в августе 1818 г.