Экипаж экспедиции быстро таял. «Тринидад» обветшал и давал сильную течь. «Виктория» оставила его среди островов под командой Эспиноса и ушла вперед. Эспиноса сделал было попытку вернуться в Америку, но затем повернул назад и кое-как сумел добраться до Молуккских островов.
Эль-Кано с сорока семью испанцами и тринадцатью туземцами отправился на «Виктории» через Индийский океан. Корабль давал течь и притом был сильно перегружен приобретенной в дороге большой партией гвоздики. Провизии у моряков было недостаточно. Из шестидесяти человек часть умерла от болезней, некоторые были казнены за провинности, многие убиты в стычках с туземцами. Несколько раз корабль подвергался нападению португальцев. Когда «Виктория» зашла за припасами на острова Зеленого Мыса, португальцы хотели задержать ее под предлогом выяснения истинного происхождения и названия корабля. Тогда Эль-Кано бежал из порта, оставив большинство своих людей на берегу.
8 сентября 1522 года, после трехлетнего отсутствия, «Виктория» причалила к набережной Севильи. Из пяти кораблей, отправившихся в кругосветное плавание, вернулся один, из двухсот сорока трех человек — восемнадцать, причем все они были измучены до крайности.
Моряки сошли на берег. Босые, одетые в лохмотья, по словам очевидца, «более худые, чем самая заморенная кляча», они шли, едва волоча ноги, к церкви Санта-Мария де ла Виктория — туда, где три года назад они присягали на верность королю и Кастилии. Теперь они шли, чтобы вознести молитвы за упокой души Магеллана, погибших товарищей, чтобы возблагодарить Бога за свое спасение.
Сразу после прибытия «Виктории» в Севилью на берегу Гвадалквивира у Торре д'Оро состоялось народное празднество в честь мореплавателей. Возглавляемые священником, оборванные матросы брели по улицам города, неся зажженные свечи, которые им вручили горожане.
Немного времени спустя в Севилью вернулись тринадцать человек, оставленных на островах Зеленого Мыса. Через год до Испании добрались еще четыре человека с «Тринидада».
В день возвращения Эль-Кано написал краткое донесение на имя короля. Он сообщал об итогах экспедиции, о смерти Магеллана, беспокоился о судьбе своих товарищей, оставшихся на островах Зеленого Мыса.
«Обращаюсь к вашему величеству со смиренной просьбой вызволить из плена тринадцать человек, которые так долго служили вашему величеству, потребовать их освобождения, как людей вам нужных. Ведь и их заслуга есть в том, что мы на деле доказали, что Земля есть шар, поплыв на запад, мы обошли вокруг нее и вернулись с востока. Смиренно прошу ваше величество в признание тяжких трудов, голода и жажды, стужи и жары, которые наши люди терпели, верно служа вашему величеству, милостиво споспешествовать их освобождению и приказать выдать им их долю пряностей из груза, который мы доставили в Испанию».
Между тем от продажи привезенных Эль-Кано пряностей испанская корона получила — за вычетом всех расходов на снаряжение флотилии Магеллана — довольно значительную прибыль. Король был доволен главным образом тем, что теперь Испания получила реальные права (с королевской точки зрения) на Острова Пряностей. Через семь лет эти «права» будут проданы португальцам за 350 тысяч золотых дукатов. А пока король наградил всех моряков «Виктории», настоял на выдаче пленных, и через пять месяцев они вернулись на родину. Эль-Кано была назначена ежегодная пенсия в 500 дукатов и пожалован герб с гордой надписью.
Однако спустя некоторое время Карл V вновь начал подумывать об организации экспедиции к Островам Пряностей. Несмотря на все перенесенные тяготы, Эль-Кано был готов вновь уйти на долгие годы в плавание и с полным основанием предполагал, что именно ему будет поручено возглавить экспедицию. Но король предпочел назначить Лоайсу, а Эль-Кано назначил кормчим. Эль-Кано хотел получить «дарованную» пенсию, но король приказал отсрочить ее выплату до возвращения из второй экспедиции. Эль-Кано не было суждено вернуться из этого плавания.
Этот человек был честен в словах и поступках — и тогда, когда давал показания в пользу Магеллана, и тогда, когда согласился принять участие в бунте. Он был хорошим моряком и опытным навигатором, умел сохранять мужество в самых безысходных ситуациях. До нас дошло только его донесение королю, несколько малоинтересных прошений и его завещание:
«Я, Хуан-Себастьян Эль-Кано, капитан, уроженец города Гетарии, больной телом, но здравый духом, изъявляю свою последнюю волю…»