Над планетой сгущался мрак Второй мировой войны, и время, как и авиация, требовало героев. За несколько дней до начала войны Сент-Экзюпери вернулся во Францию.
1 сентября 1939 года Германия вторглась в Польшу. 3 сентября Великобритания и Франция объявили Германии войну. 4 сентября Сент-Экзюпери предъявил свою мобилизационную повестку на военном аэродроме Тулуза-Монтодран. Его признали негодным к воинской службе по здоровью и назначили инструктором молодых пилотов. Целый месяц Экзюпери бомбил начальство рапортами с просьбой вернуться в строй, а среди друзей искал тех, кто бы мог ему составить протекцию. В конце концов его зачислили в авиацию дальней разведки — авиагруппа 2/33. 18 октября он выступил по радио: «Пангерманизм оправдывает себя ссылками на Гёте и Баха. Гёте и Бах, которых нынешняя Германия сгноила бы в концентрационных лагерях… призваны таким образом оправдать применение иприта и бомбардировки мирных городов…»
Однако его боевое воодушевление скоро сменилось разочарованием. Война, прокатившись по Польше, казалось, замерла у границ Франции. Около восьми месяцев стоящие вдоль линии Мажино (система французских укреплений) солдаты Франции и гитлеровского вермахта мирно стирали в водах Рейна белье — стрелять по противнику запрещалось. «Мы наблюдали эту войну с балкона…» — скажет позже Сент-Экзюпери. 10 мая 1940 года немцы внезапно обогнули линию Мажино с фланга и через Бельгию молниеносным броском вторглись во Францию (в точности повторив маневр 1914 года).
Почти через сорок лет после войны, в 1983 году, издательство «Галлимар» выпустило 650-страничный сборник «Записки о войне», объединивший публицистику и переписку Сент-Экзюпери 1939–1944 годов. Книга стала сенсацией — обнаружилось глубокое несоответствие между устоявшимся образом Экзюпери как автора возвышенных произведений, воспевающих героизм, и тем глубоким пессимизмом, которым веяло от его писем и выступлений военной поры. Судя по «Запискам», многие события он прозорливо угадал и предвосхитил.
Через неделю после вторжения немцев во Францию Сент-Экзюпери добивается аудиенции у премьер-министра Поля Рейно. Составители «Записок о войне» свидетельствуют: «…Он предложил немедленно пересечь Атлантику, чтобы попробовать добиться вмешательства Рузвельта. В самом деле, он думал, что только мощный заслон авиационной защиты может остановить германское наступление, значит, надо просить самолеты там, где они есть, — в США. Поль Рейно отклоняет предложение…»
Сент-Экзюпери продолжал выполнять боевые задания (как мы теперь знаем, совершенно бессмысленные — капитулянтское правительство Петэна не собиралось воевать). 23 мая Экзюпери совершил полет над Аррасом, где под яростным зенитным обстрелом с высоты всего триста метров фотографировал боевые порядки врага, добывая разведданные, которые никому уже не были нужны. Этот полет войдет в его повесть «Военный летчик». Через месяц под диктовку Гитлера Францию поделили на оккупированную зону (Франкрейх) и свободную (Виши). Приказ о демобилизации застал авиагруппу 2/33 в Алжире, и Экзюпери вернулся во Францию.
Режим Виши возглавил Петэн и, пытаясь укрепить его с помощью известных людей, предложил Сент-Экзюпери высокий пост в секретариате по народному просвещению. Военный летчик с возмущением от него отказался.
В начале декабря 1940 года Экзюпери отплывает в Соединенные Штаты, хотя не там, а в Англии формировалось движение «Свободная Франция», возглавляемое генералом де Голлем. Еще в июне между де Голлем и Экзюпери возникла полемика. В своем выступлении по лондонскому радио генерал заявил: «Франция проиграла сражение, но не проиграла войну». Капитан Сент-Экзюпери тут же откликнулся: «Скажите правду, генерал, Франция проиграла войну. Но ее союзники войну выиграют». Он считал, что союзников следует искать за океаном.
Соединенные Штаты не спешили с помощью. Чарлз Линдберг, числящийся когда-то у Экзюпери в друзьях, выступил с программой «Америка прежде всего!», призывая американцев наращивать военную мощь, но не ввязываться в войну до тех пор, пока не наступит благоприятный для Штатов момент.
Среди французских эмигрантов в Америке существовало множество враждующих между собой группировок. Сент-Экзюпери не примкнул ни к одной из них, призывая всех объединиться для борьбы с главным врагом: «Единственное достойное нас место — это место солдата…» Но это только сделало его мишенью для нападок со всех сторон. Эмигранты называли его «вишистом», а Виши объявили «иудео-большевиком».