В 1890—1896 гг. Ференци изучал медицину в Вене, а после окончания университета отправился в Будапешт, где сначала работал ассистентом врача в госпитале Св. Роха, а затем — помощником врача в неврологическом отделении при приюте Св. Елизаветы. Его врачебная карьера развивалась достаточно быстро, в 1904 г. он стал руководителем неврологической амбулатории при общей клинической больнице в Будапеште, а еще через три года — главным специалистом по неврологии в будапештской судебной палате.
Примерно в то же время он начал читать психоаналитическую литературу, а после того как познакомился с основными трудами психоаналитиков, стал искать встречи с Зигмундом Фрейдом, который охотно принимал учеников. Именно он в 1908 г. предложил Ференци сделать доклад на Международном психоаналитическом конгрессе в Зальцбурге, после которого имя Ференци стало известным в психоаналитических кругах.
Теория связи психоанализа и общества, которую Шандор Ференци изложил в своем докладе «Психоанализ и педагогика», стала основополагающей в этой сфере психоаналитической науки и оставалась такой на протяжении почти полувека. Речь шла о «дополнительном подавлении», возникающем вследствие различных педагогических воздействий и, по мнению Ференци, «пестующего вытеснение». В результате происходит освобождение сил влечения, которые служат основой для возникновения тоталитарного образа мышления. Несмотря на то что этот доклад был первой работой, посвященной воспитанию, он остался в забвении и только после смерти Ференци был переведен с венгерского языка на немецкий.
С этого доклада начинается не только активное занятие Ференци психоанализом, но и его сотрудничество с Фрейдом. В 1908 г. они вместе проводят каникулы, а в 1909 г. Ференци вместе с Юн-гом сопровождает Зигмунда Фрейда в его поездке по США.
Помимо зальцбургского доклада, еще только одна статья Ференци посвящена критике общества. В отличие от Фрейда и многих других психоаналитиков политические события также не нашли отражения в его творчестве. Интересы Ференци были направлены не на исследование истории культуры, а на изменение «истории» органической жизни.
Во время Первой мировой войны Ференци работал полковым врачом в западной Венгрии. В это время он продолжал заниматься психоанализом и на материале «военных» неврозов разработал психологическую теорию травмы. После войны он прекратил свои исследования по этому поводу и вернулся к ним только в последние годы своей жизни
В 1914 и в июне 1916 гг. Ференци навещал в Вене Зигмунда Фрейда, чтобы дополнить самоанализ учебным анализом. В это же время он переводит «Очерки по теории сексуальности», и работа над этим переводом помогает ему в создании собственной «Теории гениталь-ности» (опубликованной в 1923 г.). В то же время он работает над циклом статей аналогичной тематики («К вопросу о генитальной символике»). Этот цикл публикуется в печати в период с 1913 по 1916 г.
В это время обостряется разделение наук «о душе» и «о природе». Ференци выступал против этого и считал, что для достижения объективности наука должна использовать как опыт естественно-научный, так и опыт психологии, подкрепляя его взаимными аналогиями. На этом основывалось и его использование биоанализа как метода психической терапии. Теоретической основой для создания такого метода послужила фрейдовская теория влечений. Биоанализ, по мнению Ференци, становится возможным, когда внутренние психические конфликты изображаются через перефункционализа-цию органов, событий, действий, как это происходит в сновидениях. Этот механизм — механизм конверсии — Ференци считал всеобщим принципом эволюции.
В 1919 г. Шандор Ференци женился на женщине, в которую был влюблен уже давно. Ее муж был знаком с родителями Ференци, которые и познакомили сына с Гизелой. Несмотря на то что она отвечала Ференци взаимностью, муж не давал ей развода. В 1919 г. он умер, и тогда Шандор и Гизела смогли узаконить свои отношения.
В 1918—1920 гг. Ференци читал лекции в Будапеште, а после того как город был занят румынскими войсками, он был вынужден прекратить выступления. Кафедра психологии была упразднена, а самого Ференци исключили из Будапештского медицинского общества.
В 1920-е гг. Шандор Ференци был известен в психоаналитических кругах как специалист по «безнадежным случаям». В это время он занимался объяснением и терапией патоневрозов, тиков, психозов, эпилепсии и паралича Ференци писал, что ему пришлось «разрушить мистику». Под «мистикой» он понимал то, что некоторые факты объявлялись психоаналитиками «последней данностью», а потому не могли далее подвергаться анализу.