В XVIII веке на Чусовой главной опасностью для горных заводов (и вообще для русских поселений) были башкирские набеги. Башкирия была присоединена к Руси ещё в 1557 году, при Иване Грозном. Утверждается, что это было сделано добровольно, но вряд ли можно судить о добровольности по заверениям старинных грамот. В Башкирии не было государства, а вся территория была поделена между разными родами. Какие-то из них, видимо, были рады приходу русских, какие- то — нет, а какие-то даже и не знали о существовании Московии. Единого национального мнения о приходе русских попросту не существовало. Впрочем, даже если бы оно и существовало, вряд ли Иван Грозный к нему прислушался бы.
В уже упомянутом обзоре «Россия» говорится: «Колонизация Башкирии носила по преимуществу земледельческий характер. Это обстоятельство в связи с многоплемённостью населения и с грубыми грабительскими приёмами политики местных русских властей, преследовавших долго исключительно своекорыстные интересы, определило дальнейшую, полную кровопролитного разорения историю этого края».
Осознание того, что случилось, к башкирам пришло только во второй половине XVII века. До русского засилья, до крепостного права, до «самозахватов» и обманов заводчиков, до крепостей и солдат было ещё очень далеко, но уже тогда начались башкирские восстания. В советское время они туманно назывались феодальными (ведь провозглашалась дружба народов), хотя по сути были национально-освободительными. Но в отличие от многих других народов, бунтовавших против колонизаторов, башкиры во время своих мятежей наносили «превентивные» удары. То есть не просто истребляли русских на своих землях, но и сами обрушивались набегами на уже обрусевшие территории.
Одним из самых крупных был бунт 1662–1664 годов. Его возглавил башкирский старшина Сеит Садиир. Обзор «Россия»: «Но вот в 1662 году знамя восстания поднял пламенный Сеит, увлёкший башкир идеей восстановления мусульманской независимости в пределах всего Казанского края и Сибири». Хотя национально- освободительное движение, как это часто бывает, началось с борьбы за право грабежа.
На юге Западной Сибири кочевали калмыки, принявшие русское подданство, и русские власти запретили башкирским старшинам их традиционный «промысел» — грабёж калмыков. Масло в огонь подливали и сибирские царевичи Кучук и Абугай, внуки хана Кучума. Тогда башкирские вожди подняли мятеж против русских властей и русских поселенцев. Летом 1662 года объединённые отряды башкир напали на Далматов монастырь, Катайский острог и Мурзинскую слободу. Начались бунты среди ясачных татар и вогулов Зауралья. Русские отряды не смогли привести бунтовщиков к покорности.
В 1662 году в бассейне Чусовой бунтовщики разорили Сылву. Тогда на реке Ирени погиб маленький острожек Кунгур. Он был основан возле Степанова острога (ныне село Ленск) в 1647 году, когда «выборный человек» Суровцев и подьячий съезжей избы Вахтин поселили здесь 1222 беглых «души», «чтобы им за государем жить и никуда не збежать». «Души», кстати, сбежали из владений Пыскорского монастыря, Строгановых и Елисеевых (тех, кому потом в Москве будет принадлежать магазин «Елисеевский»). О том разорении повествует купеческая «Кунгурская летопись Пиликиных»: «…уфимские башкирцы и кунгурские татары, сообщаясь вместе, учинили бунт, и как город Кунгур и другие селения стояли в смежности с уфимскими башкирами и между кунгурскими татарами, то великое множество башкирцев и татар приступили к городу и, одолев оный, на посаде и уезде его ещё прежде оного разорили церкви Божии, сёла и деревни пожгли без остатка, и многих людей побили до смерти и в полон жён и детей взяли».
Уцелевшие жители Кунгурского острожка обратились к царю с челобитной, и дьяк Алмаз Иванов на их грамоте начертал: «Велено на Кунгуре, отыскав место, где крепь, и к крепи устроить острожек». Место, «где крепь», отыскали на высоком гористом мысу, где сливаются Ирень и Сылва. В 1663 году здесь основали новый Кунгур. На горе построили деревянный кремль. Дьяк Семён Ремезов, посетивший Кунгур в 1703 году, в описании «Чертежа земли Кунгурского города» сказал: «А ныне город новый Кунгур стоит на красовитом месте и крепком от воинских воровских людей меж реками Сылвою и Иренью в мысу. А вокруг видети близко высокие каменные известные горы с красовитыми раздольи».