Обращение Джона Нокса произошло в ту же пору, в 1530-е гг. Убедившись в правильности протестантской доктрины, он оставил преподавательскую деятельность в Сент-Эндрюсе и нашел убежище на юге Шотландии в качестве домашнего учителя в семействе Дуглас. Следующие десять лет его жизни прошли в полной безвестности.
Если он и выступал тогда с проповедями, то лишь перед небольшими группами единоверцев. На большее он себя не считал способным и никому не навязывал своих взглядов. Понадобилось сильное внешнее воздействие, чтобы превратить никому неизвестного учителя в народного трибуна. В 1542 г. умер шотландский король Яков V, одобрявший идею реформирования церкви. После него осталась единственная наследница — малолетняя Мария Стюарт. Детство и юность она провела во Франции — на родине своей матери, урожденной герцогини де Гиз. В ее отсутствии регентом стал граф Арран. Поначалу он благосклонно относился к Реформации и даже разрешил свободную продажу Библии в шотландском переводе. Но эта пора религиозного либерализма продолжалась недолго. Во главе шотландской церкви тогда стоял умный и энергичный кардинал Яков Беатон, человек, обладавший выдающимся государственным умом, но слишком ревностный и жестокий католик. Вскоре ему удалось совершенно овладеть доверием регента и отклонить его от протестантского учения. Гонения на реформаторов возобновились. Выдающимся протестантским проповедником в то время был Джордж Визарт, отвративший от католичества многих шотландцев. Беатону удалось добиться его осуждения, и несчастный был в 1546 г. сожжен на костре под стенами кардинальского замка Сент-Эндрюс.
Эта жестокая расправа побудила протестантов на ответные действия. В следующем году 16 дворян, возглавляемые Норманом Лесли, пробравшись в замок, закололи кардинала кинжалами, а труп его повесили на стену. Сейчас же к смельчакам примкнули соседние дворяне, так что убийство Беатона послужило сигналом к настоящему восстанию. Регент с вспомогательными французскими войсками начал осаду. Среди тех, кто тогда укрепился в Сент-Эндрюсе, был и домохозяин Нокса.
Таким образом, он тоже оказался в этом замке. Здесь и проявился его дар проповедника. Однажды осажденные собрались на общую молитву. После нее проповедник сказал присутствующим, что среди них также, вероятно, найдутся люди, способные проповедовать. В нынешнее страшное время гонений, продолжал он, всякий человек с сердцем и дарованием священника должен проповедовать. «Разве один из нас, а именно Джон Нокс, не имеет такого дарования и такого сердца? — спросил проповедник, обращаясь ко всем. — В чем же заключается в таком случае его долг?»
Присутствующие ответили утвердительно: Джон Нокс настоящий проповедник, если он и дальше будет хранить молчание, то к нему следует относиться, как к трусу, в час испытаний покинувшему свой пост. Этот суровый приговор потряс Нокса. Он встал со своего места и пытался оправдаться, но не смог произнести ни слова, — слезы хлынули у него ручьем, и он бросился вон их капеллы. Несколько дней после этого Нокс испытывал крайне тяжелое состояние он чувствовал, как ничтожны были его способности по сравнению с величием новой обязанности. Но постепенно он совладал со своей слабостью и стал для гарнизона замка истинным духовным отцом.
В конце концов, стесненные превосходящими силами противника, защитники Сент-Эндрюса должны были капитулировать. Вместе с другими пленниками Нокса сослали на французские галеры, перевозившие грузы по реке Луаре. Однажды какой-то офицер или священник поставил перед галерниками образ Богоматери и потребовал, чтобы они поклонились ему. Многие покорно исполнили это требование, но когда очередь дошла до Нокса, он воскликнул: «Матерь Божия, говорите вы? Нет, вовсе не Матерь Божия; это — кусок раскрашенного дерева, приспособленный скорее для того, чтобы плавать, чем для поклонения!» И он бросил икону в реку.
В 1548 г. по ходатайству английского короля Эдуарда VI Нокс был освобожден из плена и пробыл два года в качестве проповедника в Бервике, куда его назначило английское правительство. Он вполне мог добиться высокого положения в англиканской церкви, однако отклонял все выгодные предложения. Английская Реформация казалась ему совершенно недостаточной. Нокса возмущали бесчисленные пережитки католичества как в богослужении, так и в самом устройстве англиканской церкви. После того как престол перешел к сестре Эдуарда, Марии I, яростной католичке, Нокс в 1554 г. отправился в Женеву. Здесь он вступил в тесные сношения с Кальвином и впервые занялся систематическим изучением богословия.