Сознавая справедливость их упреков, Лопес решил заняться своим образованием. Он переехал в Барселону и в возрасте 33 лет поступил в тамошнюю школу. Два следующих года он вместе с детьми местных горожан упорно занимался изучением латыни. Достаточно преуспев в этом нелегком деле, он некоторое время обучался на курсах при университете Алкала де Генарес, а в 1528 г. отправился продолжать образование в Париж, в коллегии Монтегю. В число студентов он записался под фамилией Лойолы, образовав ее от названия своего родового замка. Через полтора года он перешел на философские курсы в коллегию Св. Варвары. В 1532 г. он закончил их с ученой степенью магистра искусств и поступил на богословские курсы в доминиканский монастырь на улице Св. Иакова.
Занимаясь богословием у доминиканцев, Лойола приступил к созданию духовного братства, мысль о котором родилась у него, видимо, еще во время паломничества в Палестину. Вскоре к нему присоединились шестеро молодых людей, очень религиозных и фанатично преданных католической религии. Много повидавший и испытавший на своем веку Лойола пользовался среди них непререкаемым авторитетом, и они были готовы следовать за ним туда, куда он укажет. 15 августа 1534 г., в одном из подземелий Монмартра, где, по преданию, был замучен епископ парижский св. Дионисий, все семеро дали торжественный обет целомудрия и вечной бедности. По окончании учения все они обещали ехать в Палестину или отдаться в полное распоряжение Римского Папы. Фактически в этот день родился орден иезуитов.
В январе 1537 г. Лойола вместе со своими учениками, число которых к этому времени выросло до девяти человек, приехал в Венецию, откуда они собирались плыть в Палестину. Время, когда они предприняли путешествие, отличалось особенной напряженностью. Заразительный пример Лютера вызвал появление сотни религиозных реформаторов, благодаря которым престол римского первосвященника заколебался в самом своем основании. От папы отпали Англия, Швейцария, Франкония, Гессен, Бранденбург, Дания, Швеция и Норвегия. Идеи протестантизма нашли отклик в Пьемонте, Савойе, Франции, Шотландии и Польше. Гугеноты обосновались в Наварре. В самой Италии феррарская герцогиня Рене, кузина Маргариты Наваррской, училась богословию у Кальвина. В ожидании отъезда в Палестину члены братства решили получить благословение Рима.
Ближайшие сподвижники Лайолы Лефевр и Ксавье добились аудиенции у папы Павла III. Тот благосклонно принял их, благословил на миссионерский труд и разрешил принять сан у любого епископа. 24 июня 1537 г. в Венеции состоялось торжественное рукоположение в священники самого Лойолы и его единомышленников.
Тринадцать священников, связанных между собою клятвой, были готовы ехать в землю Обетованную, но в это время вспыхнула война с турецким султаном. Поездка откладывалась на неопределенное время, и Лойола предложил членам братства рассеяться по Италии, вербуя сторонников, а потом собраться в Риме и отдаться в распоряжение папы, как они и договаривались в монмартрских катакомбах. В скором времени ученики Лойолы появились в Виченцо, Тревизо, Бассано, Падуе, Вероне и других городах, проповедуя против ересей, распущенности духовенства и вербуя новых членов в свой кружок. Сам Лойола выбрал местом проживания Альбанетту, расположенную под стенами аббатства Монте-Кассино в области Терра ди Лаворо Неаполитанского королевства. С этого времени он начинает из простого члена братства и учителя превращаться в полновластного владыку и поступать как подобает генералу будущего всемирного ордена. Оставаясь по-прежнему в обращении с людьми тихим, мягким и ласковым, при надобности Лойола обнаруживает непреклонную стойкость и пламенное красноречие, называя своих сторонников «боевой дружиной», а религиозный кружок — «Братством Иисуса».
Осенью 1538 г. Лойола отправился в Рим, получил аудиенцию папы и предоставил себя самого и своих сторонников в полное распоряжение папского престола. Павел III был польщен покорностью людей, уже снискавших себе некоторую известность.
Лойола выразил желание создать духовный орден, члены которого имели бы своей задачей обходить весь свет, поражать дурных людей словесным мечом, исправлять возникающее зло, разрушать дьявольские наваждения и всеми силами стараться возвратить католической церкви ее блеск и величие. Хотя папа был противником создания новых орденов, эта идея ему понравилась. В пост 1539 г. в Риме начались заседания будущего Духовного братства. На первом же из них Лойола сказал: «Небо закрыло нам путь в землю Обетованную с той целью, чтобы отдать нам весь мир.