К тому времени возросла напряженность в отношениях между Деникиным, отстаивавшим лозунг «Единая и неделимая Россия», и Кубанской Радой, отстаивавшей автономию Кубани. 20 ноября 1919 года в Екатеринодаре с санкции Деникина генерал Виктор Покровский произвел переворот, арестовав сепаратистски настроенных членов Рады, а одного из них, А. Калабухова, повесил. Это, однако, не улучшило положения. Кубанские станицы отказывались по мобилизации направлять пополнения в деникинскую армию, а на фронте росло дезертирство. Выход Добровольческой армии на Украину встревожил Польшу, чью независимость ни Колчак, ни Деникин так и не признали. Поляки временно прекратили боевые действия против Красной армии, в результате чего советское командование смогло перебросить дополнительные силы на московское направление.
И еще одно обстоятельство ослабило тыл ВСЮР. Повстанческая армия Махно 26 сентября под Уманью нанесла украинской группировке Добровольческой армии крупное поражение и двинулась в рейд, выбив деникинцев из Кривого Рога, Никополя, Мелитополя и нескольких других городов, захватив главные артиллерийские склады Добровольческой армии в районе Волноваха — Мелитополь, а в конце октября овладев Екатеринославом. В махновскую армию вступали крестьяне, недовольные продразверсткой и реквизицией всех воюющих сторон, привлеченные возможностью пограбить и не желавшие служить ни белым, ни красным.
Махновцы сражались обычно против тех, кто в данный момент одерживал верх в Гражданской войне и пытался занять их вотчину — часть Южной Украины с центром в Гуляй-Поле. Их рейд по деникинским тылам, наряду со многими другими факторами, сделал поражение Добровольческой армии на подступах к Москве лишь вопросом времени.
20 сентября белые заняли Курск, 6 октября — Воронеж и 13 октября — Орел. К тому моменту ВСЮР достигли своей максимальной численности в 150 тысяч человек. Однако уже 11 октября началось советское контрнаступление. 20 октября латышская дивизия освободила Орел. За день до этого конный корпус Семена Буденного нанес поражение донскому корпусу генерала Мамонтова и кубанскому корпусу генерала Шкуро, а 24 октября занял Воронеж. Добровольческая армия покатилась назад, за ней последовала Донская.
В январе — феврале 1920 года уменьшившиеся вдвое деникинские войска попытались задержаться на рубежах рек Дон и Маныч, но были разбиты и устремились к порту Новороссийску. Ряды белых косил сыпной тиф, процветали пьянство и грабежи. Кубанские части разошлись по домам. Эвакуация в Крым, который удалось удержать корпусу генерала Я. Слащева, проходила в панике. Большая часть белых не смогла эвакуироваться и попала в плен или ушла в Грузию. 22 марта 1920 года Деникин передал командование Врангелю и отправился в эмиграцию.
Одновременно произошло крушение других белых фронтов. В 1919 году Петроград дважды атаковала Северо-Западная армия генерала Николая Юденича. Во второй раз в октябре ей удалось достичь петроградских пригородов. Однако переброшенные из Москвы подкрепления под личным руководством Троцкого лишили дело в пользу Советов. В начале декабря остатки армии Юденича были интернированы в Эстонии. Еще в июне и повторно в ноябре 1919 года Колчак отклонил предложения главы Финляндии маршала Карла Густава Маннергейма двинуть 100-тысячную финскую армию на Петроград в обмен на признание независимости Финляндии, отказавшись поступиться идеей «великой неделимой России».
В феврале 1920 года после эвакуации английских войск с русского Севера Красная армия заняла Мурманск и Архангельск. Остатки белогвардейских войск во главе с генералом Евгением Миллером отправились в эмиграцию.
В Сибири остатки армии Колчака под командованием генерала Василия Каппеля совершили тяжелейший поход по сибирской тайге и в феврале 1920 года ушли в Забайкалье, соединившись с армией атамана Семенова. По аналогии с корниловским, этот поход был назван «вторым ледовым» (Каппель во время его умер от воспаления легких). Колчак 6 января передал верховную власть Деникину, а командование на Дальнем Востоке — Семенову. 14 января чехословаки, под охраной которых находился Колчак, из-за угрозы рабочих лишить их угля для эшелонов, выдали бывшего Верховного правителя вместе с российским золотым запасом в Иркутске созданному эсерами и меньшевиками Политцентру, а тот, в свою очередь, большевикам. 7 февраля по приказу из Москвы адмирал Колчак вместе со своим последним премьер-министром Виктором Пепеляевым был расстрелян.