В феврале 1918 года части красной гвардии заняли Коканд. Сторонники автономии рассеялись по Ферганской долине. Большевики стали называть их басмачами (по-тюркски — налетчиками), сами же они называли себя «воинами ислама». Во многом борьба здесь носила межнациональный характер, поскольку среди сторонников большевиков преобладали выходцы из Европейской России. В басмаческом движении участвовали десятки тысяч человек. Обычно они действовали небольшими отрядами в несколько десятков или сотен всадников и без единого командования, но иногда объединялись в многотысячные отряды для осады городов. Правда, здесь им редко сопутствовал успех из-за неравенства вооружения (у басмачей почти не было артиллерии и пулеметов и катастрофически не хватало боеприпасов). При царе жители Туркестана не служили в армии, не имели военного опыта и не могли противостоять Красной армии.
В 1920 году советские войска ликвидировали Бухарский эмират и Хивинское ханство, бывшие ранее вассалами Российской империи. В дальнейшем басмачи могли получать помощь только из Афганистана. Тем не менее сопротивление красным продолжалась все 20-е годы, так как местное население оказывало помощь повстанцам. Басмачи вели партизанскую войну, совершая набеги на войсковые посты и быстро отходя в горы или отдаленные оазисы в пустынях.
Особого размаха борьба достигла в 1922 году, когда во главе басмачества встал бывший турецкий военный министр Энвер-паша, ранее безуспешно заигрывавший с большевиками. Паше удалось создать из басмачей подобие регулярного войска. Его армии, финансируемой бухарским эмиром, удалось овладеть Душанбе — центром Восточной Бухары. Однако вскоре силы Эн-вер-паши были разгромлены, а сам он погиб в бою.
Другому предводителю басмачей, бывшему правителю Хивы Джанаид-хану, повезло больше: в конце 20-х ему удалось эмигрировать в Иран. Большевикам нередко удавалось привлечь на свою сторону большие отряды басмачей ценой сохранения их командирам прежних земельных владений и привилегий. Так, один из наиболее видных вождей басмачества Мадамин-бек, именовавший себя «правителем Ферганы» и «амир аль-муслимин» — «предводителем мусульман», был убит своими бывшими соратниками уже будучи красным командиром, когда приехал уговаривать их капитулировать.
Кроме того, советскую власть поддерживали очень немногочисленные пролетарии-мусульмане и часть крестьян (дехкан) бедняков. В конце 20-х годов благодаря проведению земельно-водной реформы, подорвавшей господство баев, а также массовых репрессий и депортаций и установлению дружеских отношений с властями Афганистана большевикам удалось в основном подавить басмачество. Оставшиеся отряды ушли в Иран и Афганистан.
Последней крупной операцией басмачей стал рейд Ибрагим-бека во главе более тысячи всадников из Афганистана в Таджикистан в 1931 году. В боях с кавалерией Красной армии отряд был разбит, а его предводитель (курбаши) взят в плен и казнен.
В связи с насильственной коллективизацией в начале 30-х активизировались басмачи в пустыне Каракумы в Туркмении. Здесь борьба в основном завершилась в 1933 году. Мелкие группы басмачей прекратили свою деятельность в 1942 году, когда СССР и Великобритания пришли к соглашению о ликвидации в Афганистане и Иране иностранной агентуры, враждебной двум странам.
Весной 1920 года Гражданская война в России казалось почти законченной. Остатки белых армий были вытеснены на окраины страны или в эмиграцию и большой опасности уже не представляли. Зато обострились советско-польские отношения. В период наибольших успехов Деникина большевики готовы были достичь мира с Польшей ценой уступки полякам почти всей Белоруссии и значительной части Украины. После же разгрома армии Деникина Ленин и его товарищи начали всерьез думать о возможности экспорта революции в Польшу, а оттуда — в Германию (успех германской революции считался ключевым для победы мировой революции).
Польский лидер маршал Юзеф Пилсудский, сам бывший социалист, вынашивал планы создания союза (федерации) Украины, Белоруссии, Литвы и Польши при ведущей роли последней. 21 апреля 1920 года он подписал в Варшаве союзное соглашение с главой Директории Украинской Народной Республики Симоном Петлюрой. Польша признавала независимость Украины и правительство Директории. При этом к польскому государству отходили Волынь и Восточная Галиция, а армия Директории подчинялась польскому командованию в войне против Советской России. Польская армия была снабжена значительным количеством французского оружия. Страны Антанты с ее помощью рассчитывали создать в Восточной Европе «санитарный кордон» против Советской России.