В 56 году триумвиры разделили между собой территорию империи. Красе получил в управление Сирию, Помпеи — Испанию, а Цезарь — Галлию. Помпеи, располагавший наиболее мощной армией, являлся сильнейшим членом триумвирата, против которого блокировались Красе и Цезарь. Красе предпринял большой поход против враждовавшей с Римом Парфии, и Цезарь дал ему в помощь часть своей кавалерии. После гибели Красса в битве в 54 году Помпеи стал фактическим диктатором в Риме. В 52 году он был избран единоличным правителем (консулом без коллеги), оставшись при этом наместником Испании.
В 49 году под давлением Помпея Сенат отказался продлевать полномочия Цезаря в Галлии и потребовал от него распустить легионы. Цезарь отказался подчиниться сенатскому постановлению и двинул войска на Рим. 10 января 49 года передовой легион Цезаря перешел через пограничную реку Рубикон, отделявшую Галлию от Италии. В связи с этим полководец произнес историческую фразу: «Жребий брошен».
Цезарь начал гражданскую войну. Основная армия Помпея находилась в Испании, и он не рискнул сразиться с Цезарем в Италии, а предпочел отправиться в Грецию. При Цезаре в тот момент был только один легион, тогда как остальные восемь оставались в Галлии. У сената и Помпея в Италии было до 10 легионов, но все они были в неполном составе. Поэтому один легион Цезаря по боеспособности равнялся трем легионам его противников. К тому же италийские легионы не воевали раньше под командой Помпея и не отличались личной преданностью полководцу. Их солдаты отнюдь не горели вступить в междоусобную борьбу против войска Цезаря и вполне могли перейти на его сторону. Поэтому Помпеи собрал свои старые легионы из Африки и Греции и навербованных на Балканах новобранцев. Войска сената в Италии, действительно, в большинстве приветствовали Цезаря и присоединились к его победоносной армии.
Тем временем Цезарь высадился в Испании, легко подавив сопротивление сторонников сената. Местные римские власти присягнули ему на верность. После долгой шестимесячной осады пала твердыня помпеянцев крепость Массилия (современный Марсель). Однако в Иллирии и Африке цеза-рианцы первоначально потерпели ряд чувствительных неудач. Легат Цезаря Курион разбил легата Помпея Аттия Вара, но потом на помощь Вару пришел нумидийский царь Юба, и вместе они уничтожили два легиона Куриона в сражении у реки Баград, а сам Курион погиб. Другой сторонник Цезаря Гай Долабелла в морском сражении у иллирийского побережья потерял всю свою эскадру из 40 кораблей. Пришедший ему на помощь Гай Антоний был блокирован помпеянцами на острове Курикте и вынужден был капитулировать со своими 15 когортами. В ноябре 49 года Цезарь с войском вернулся в Рим, накануне казнью 12 зачинщиков усмирив один из взбунтовавшихся легионов, требовавших выплаты вознаграждения за испанский поход. Получивший полномочия диктатора, Цезарь добился избрания консулами своих сторонников, а затем отплыл на Балканский полуостров. Здесь в 48 году развернулись решающие события.
Помпеи, в распоряжении которого оказался почти весь римский флот, имел 500 боевых и множество вспомогательных судов. В Македонии находились девять преданных ему легионов. Союзники из восточных провинций прислали 7-тысячный контингент кавалерии и отряды легкой пехоты. На помощь Помпею с двумя легионами спешил наместник Сирии Квинт Метелл. С этими силами весной 48 года Помпеи собирался вторгнуться в Италию и разбить Цезаря.
Цезарь обладал некоторым численным перевесом, располагая 12 легионами. Но у него не было достаточного количества судов для быстрой переправы на Балканы. 5 января 49 года Цезарь высадился в Эпире только с 20 тысячами солдат. Здесь он в последний раз предложил Помпею помириться, распустить войска и предоставить подготовку условий соглашения сенату и народу Рима. Трудно сказать, было ли это предложение искренним или только преследовало цель выиграть время для переправы основной части войска. Помпеи в переговоры вступать не стал, а, узнав о высадке Цезаря, поспешил к прибрежным городам Аполлонии и Диррахию.
На обратном пути к Брундизию флот Цезаря был настигнут помпеянской эскадрой под командованием Марка Кальпурния Бибула и почти целиком уничтожен. Только в апреле легаты Цезаря Марк Антоний и Фуфий Кален смогли перевезти остальное войско из Брундизия в Лисе. Цезарь пошел на соединение с Антонием, а Помпеи постарался этому воспрепятствовать, но не сумел.