В 1558 году, когда началась война между Испанией и Францией, монархи обеих держав встретились в небольшом аббатстве, где решили заключить перемирие, а в честь этого события помолвить своих несовершеннолетних детей: Карлоса и Елизавету. Испанскому наследнику в то время едва исполнилось тринадцать, а юная принцесса была на год моложе своего жениха. Все стали терпеливо ждать предстоящей свадьбы и изменений в королевском дворе.
Однако не прошло и нескольких месяцев, как 17 ноября 1558 года вторая супруга короля, Мария Тюдор Английская, неожиданно умерла. Филиппу было всего тридцать один, когда он остался вдовцом, но испанский король обладал ещё силой, энергией и страстью. Тогда же приближённые стали искать монарху новую супругу. Подходящей кандидатуры не находилось, и Филипп II решил жениться на невесте собственного сына.
Летом 1559 года состоялась помолвка короля Испании Филиппа II и юной французской принцессы, которая получила на новой родине имя Изабеллы. Спустя полгода, 2 февраля 1560 года, молодые были обвенчаны, а бывший жених играл на свадьбе родителя роль посажённого отца. Невесте исполнилось всего четырнадцать лет, а её красота и острый ум уже вызывали искреннее восхищение у испанцев. Казалось, в страну вновь вернулись счастливые времена.
Но был один, кто не радовался счастью испанского монарха — его сын, наследник престола дон Карлос. Страстно влюблённый в Изабеллу, чувствительный и эгоистичный, принц проливал горькие слёзы и, возненавидев отца, обещал отомстить тому за отнятое счастье. Он становился ещё более замкнутым, озлобленным и раздражительным.
Вызвать в инфанте радость могла лишь бывшая невеста, по злому року ставшая мачехой, которая всегда держалась с Карлосом просто, заботливо и старалась сгладить ненависть к отцу. В минуты разговоров с ней, наследник, казалось, менялся. Он становился терпимее, мягче, а на его всегда суровом и мрачном лице появлялась долгожданная улыбка.
До сих пор неизвестно, носили ли отношения Карлоса и Изабеллы лишь платонический характер. Скорее всего, молодая королева оставалась преданной своему супругу и ни в чём не нарушила обет верности, данный в день венчания. Тем не менее к принцу она всегда относилась слишком трепетно и с заботливой, материнской любовью. Однако были и те, кто, недолюбливая иностранку, пытался внушить царствующему монарху, что его супруга и сын связаны более тесными узами. Филипп II даже несколько раз следил за Изабеллой, однако ничего подозрительного так и не нашёл.
А Карлос, влюблённый в молодую королеву, сгорал от нежных чувств к бывшей невесте и ненависти к лицемерному родителю. Испанский король в самом деле слыл в Европе монархом лживым, хладнокровным и хитрым. Казалось, сын перенял у него самые плохие черты, став ещё более жестоким и бесчеловечным. А жизнь преподносила наследнику ещё более суровые испытания.
В начале мая 1562 года семнадцатилетний инфант, спускаясь по лестнице своего дворца, неосторожно оступился, покатился по ступеням и сильно ударился об пол. Принца, потерявшего сознание, отнесли в его спальню, а врачи, осмотрев дона Карлоса, посчитали, что жить ему осталось недолго. Однако королевский врач Андрео Басилио пошёл на крайние меры и вскрыл череп больного, выпустив оттуда жидкость. Тем самым врач вернул принца к жизни. К сожалению, наследник частично остался парализованным, а мучительные головные боли преследовали его всю жизнь.
Когда Карлос немного поправился, отец решил женить сына на принцессе Анне Австрийской, которая была младше наследника на четыре года и приходилась ему кузиной. Знакомый с ней с раннего детства, Карлос не стал противиться предстоящему союзу, однако события внезапно приняли совершенно иной оборот.
Инфант, сгорающий от ненависти к собственному отцу, имел неосторожность сообщить одному церковнику о намерении убить собственного родителя. Священник, испугавшись за жизнь своего покровителя, Филиппа II, не замедлил доложить тому о нависшей угрозе.
Испанский монарх, и раньше не питавший особых чувств к сыну, теперь нашёл удобный момент для отстранения дона Карлоса от престола и лишения его титула королевского наследника. Столь серьёзное решение должны были поддержать и государственные советники, которых монарх созвал к себе с тем, чтобы решить вместе с ними дальнейшую судьбу сына. Филипп II сообщал, что более не намерен терпеть выходки своего ребёнка, в судьбе которого он старался принимать самое активное участие, и просил Совет дать согласие на арест наследника.