Однако взгляды Декарта во многом вызывали неодобрение, и, предполагая возможные гонения, молодой человек покинул Париж и поселился в голландском городке, где всерьёз занялся написанием своих известных миру трудов по философии. В чужой стране Рене Декарт провёл около тридцати лет. В то же время он основал собственную школу, которая стала называться картезианской (от латинского названия «Де Карт» — Cartesius).
Декарта любили. Он был интересным собеседником, обладал чувством такта, умел общаться с женщинами и вызывать у них неподдельный интерес. Всегда элегантный, аккуратно одетый, с длинными чёрными волосами и большими, выразительными глазами, Рене нравился женщинам. Однако он не был сердцеедом. Романтичный и чувственный, философ слишком бережно и трепетно относился к особам противоположного пола.
В его жизни было не так много женщин, и когда в Девентере Декарт встретил красавицу фламандку Елену Янс, он и вовсе забыл о бывших подругах, которыми всегда являлись знатные и богатые аристократки. Елена же происходила из очень бедной семьи и в 1632 году, когда состоялась её встреча с французским философом, была полной сиротой. Она рано потеряла родителей и была вынуждена работать на ферме, у своего дальнего родственника, однако тяжёлая работа, казалось, вовсе не изменила прекрасной внешности Елены. В тот год ей исполнилось двадцать семь лет, однако она казалась ещё совсем юной девушкой, наивной и простой, с обворожительной белоснежной улыбкой.
Рене увлёкся молодой фламандкой. Своей непосредственностью, простотой, весёлым нравом она слишком отличалась от роскошных, часто вульгарных француженок, которые любили играть, плести интриги и обманывать влюблённых поклонников. Философ стал каждый день наведываться на ферму, где работала Елена, и подолгу говорить с ней, рассказывая о своих путешествиях, открытиях и книгах. Девушка, далёкая от науки и едва умевшая писать, слушала нового знакомого с неподдельным интересом.
Проходило время, а Декарт всё больше привязывался к новой знакомой. Он нередко приглашал её к себе в дом, где собирались местные чиновники, знатные люди и друзья философа. То, что его подруга была совершенно необразованна и бедна, Рене, казалось, вовсе не смущало. И даже его идеи, которые много лет спустя назовут философией рационализма, в то время словно бы не касались самого учёного, знатного французского дворянина, одного из самых известных философов Европы.
Через три года после встречи с Рене, 19 июля 1635 года, Елена родила дочь, которую родители назвали Франсина. С тех пор фламандка жила в доме философа и они почти не расставались. Однако сделать возлюбленную законной супругой учёный не решался, а та, казалось, и не стремилась к законному браку.
Те годы, которые Рене Декарт прожил с Еленой Янс, оказались самыми счастливыми в его жизни. Она полностью оградила друга от ненужных забот, создавала уют в доме и была рада, когда возлюбленный часами писал за своим столом, иногда прерываясь лишь на обед.
В 1637 году влюблённые переселились на север Голландии, в маленькую деревню близ большого города Гаарлема. Декарт желал отправить любимую дочь Франсину во Францию, чтобы та получила достойное образование, однако 7 сентября 1640 года девочка неожиданно скончалась от скарлатины. Горе родителей было безутешным, а жизненные потери для философа не закончились: вскоре умер его любимый отец, а спустя несколько месяцев скончалась и сестра. Рене Декарт поседел за несколько месяцев, замкнулся в себе и не хотел больше никого видеть. Даже любимая Елена больше не могла утешить его разрывающееся от боли сердце.
В 1644 году Декарт вернулся в Париж. С Еленой Янс, которую он оставил в Голландии, философ решил расстаться. Он провёл во Франции около пяти лет, а в 1648 году принял приглашение шведской королевы Кристины поселиться в Стокгольме. Спустя год французский философ переехал в Швецию. Елена ещё надеялась, что возлюбленный вернётся за ней, однако он поспешил забыть белокурую фламандскую красавицу и перестал даже слать ей письма. Но пробыть долго в Стокгольме ему не пришлось.
Спустя несколько месяцев знаменитый философ сильно простудился. О своём тяжёлом состоянии беспечный Декарт никому не сказал, а когда спустя девять дней ему стало совсем плохо — ни лучшие придворные доктора самой королевы, ни сильнейшие лекарства уже не могли остановить слишком тяжёлую форму воспаления лёгких. 11 февраля 1650 года французского философа не стало. Рене Декарта похоронили на кладбище для некрещёных детей, а на надгробном камне была выбита надпись: «Невинная жизнь, которую погубили злые недруги». Ещё много лет ходили слухи, что неугодного философа отравили, подсыпав в стакан с водой мышьяк.