С 1763 года Панин помимо Коллегии иностранных дел руководил еще и Тайной канцелярией, занимавшейся расследованием наиболее серьезных преступлений, в том числе и вопросами контрразведки.
Взяв в свои руки внешнюю политику, Никита Иванович быстро стал ее не только формальным, но и фактическим руководителем. Разработка внешней политики — изучение положения, обдумывание дальнейших шагов, подготовка детальных инструкций для русских представителей за границей — все это было сосредоточено в руках Панина.
Первым делом ему пришлось решать польский вопрос. После смерти Августа III Екатерина в инструкции своим агентам поставила задачу — добиваться избрания на польский престол Станислава Понятовского, короля, «интересам империи полезного, который бы, кроме нас, ниоткуда никакой надежды в достижении сего достоинства иметь не мог».
События в Польше развивались благоприятно для России. После того как сейм постановил выдвигать в кандидаты только поляков, иностранные послы — французский, австрийский, испанский и саксонский — в знак протеста покинули Варшаву. 26 августа 1764 года Коронационный сейм в спокойной обстановке избрал стольника литовского графа Станислава Понятовского королем.
Получив сообщение об этом событии, Екатерина написала Паниь записку: «Никита Иванович! Поздравляю Вас с королем, которого мы делали. Сей случай наивяще умножает к Вам мою доверенность, понеже я вижу сколь безошибочны были все Вами взятые меры; о чем я не хотела обойтш показать Вам мое удовольствие…»
У Панина были все основания быть довольным. Россия добилась избрания на польский престол своего кандидата, причем так, что и в Польша сохранялось спокойствие и прочие европейские державы восприняли событие как должное. Начинала складываться его, Панина, внешняя политическая система.
В ее основу легла идея создания Северного союза. Панин считал, что «…самое верное для поддержания в Европе равновесия против союза двух домов: австрийского и бурбонского, заключается в том, чтобы северные державы составляли между собою систему, совершенно независимую. Они гарантируют себя этим от вмешательства во внешние раздоры…» Иными словами, профранцузской коалиции следовало противопоставить союз северных держав — России, Пруссии, Англии, Дании, Швеции и Польши.
Автором этой программы, однако, нельзя считать одного Панина В феврале 1764 года барон Я.А. Корф представил Екатерине соответствующий проект о Северном союзе. Панин эти идеи оценил, взял на вооружение и с тех пор понятие Северный союз (Северная система) связывалось главным образом с его именем.
В проекте фигурируют понятия держав «активных» и «пассивных» Со стороны «пассивных» предполагалось довольствоваться их нейтралитом. «Активными» державами Панин считал те, которые могли решить вступить в прямую открытую борьбу со странами южного союза. К первым Панин относил Россию, Англию, Пруссию, отчасти Данию; под «пассивнь ми» подразумевались Польша, Швеция и другие страны, которые удалось привлечь к союзу.
Никита Иванович Панин рассчитывал с помощью Северной системы укрепить влияние России в Речи Посполитой и Швеции, а также в Турции, переложить на союзников часть расходов по борьбе с французским влиянием в этих странах. Пользуясь словами самого Панина, необходимо было «единожды навсегда системой вывесть Россию из постоянной зависимости, поставить ее способом общего Северного союза на такой степени, чтоб она как в общих делах знатную часть руководства иметь, так особливо на север тишину и покой ненарушимо сохранять могла».
В Петербурге отдавали себе отчет, что в полной мере осуществить задуманное нереально. Но благодаря идее Северного союза внешняя политика России приобретала программный характер. Действия, предпринимаемые в отдельных странах, увязывались в единое целое.
Первым серьезным шагом в деле создания Северной системы можно считать заключение в 1764 году союзного договора между Россией Пруссией. Фридрих II начал искать пути к сближению сразу же после вступления на престол Екатерины II. В Петербурге к его просьбам относились благосклонно, хотя Панин сознательно откладывал заключение соглашения, стараясь добиться от короля все больших уступок. Наконец, когда России потребовалось активное участие Пруссии в польских делах, договор был подписан. Союз с Пруссией позволил Петербургу влиять на польские дела, сдерживать Турцию, «первенствовав на севере» и «играть первую роль в Европе… без больших затрат со стороны России».