За время отсутствия Цезаря в Риме произошли серьезные изменения: Красе погиб на войне с парфянами; Юлия, дочь Цезаря и жена Помпея, умерла. В Риме Помпеи был самым могущественным человеком, и сенат был ему покорен.
Срок полномочий Цезаря в Галлии истекал. Он хотел, чтобы либо ему продлили полномочия, либо разрешили заочно выставить свою кандидатуру на выборах в консулы на 48 год до Р X. Но сенат постановил, чтобы Цезарь сложил с себя командование, распустил все свои войска и как частный человек вернулся в Рим.
Помпеи хорошо понимал, что Цезарь не только не распустит войска, а постарается стянуть их со всей Галлии и начнет гражданскую войну. Столкновение между Цезарем и Помпеем становилось неизбежным.
Летом 48 года до Р. X. в решающей битве при Фарсале Помпеи был разгромлен. Победа Цезаря была полной. Сам Помпеи бежал на Лесбос, оттуда попытался проникнуть в Египет. Желая извлечь политические выгоды из ситуации, ближайшие советники египетского царя организовали убийство Помпея и передали его голову Цезарю.
Оказавшись в Египте, Цезарь был втянут во внутриегипетские проблемы. Дело в том, что в 51 году до Р. X умер царь Птолемей XII, и между его детьми — 12-летним сыном Птолемеем XIII и 18-летней дочерью Клеопатрой VII (вернее, между их придворными кликами) — разгорелось соперничество. Победу одержали сторонники юного Птолемея, Клеопатра была отстранена от власти и выслана из Александрии. Однако энергичная царица не смирилась со своей участью. Воспользовавшись прибытием Цезаря, Клеопатра сумела увлечь римлянина своей красотой, а также выгодностью политического союза между ею как повелительницей Египта и римским командующим.
Покоренный красотой и незаурядным умом юной царицы и понимая необходимость решения внутридинастических отношений, Цезарь провел в Египте девять месяцев, бросив на самотек все другие военные и политические дела. Правда, в Египте ему удалось подавить сопротивление противников Клеопатры и утвердить ее власть, причем в этой междоусобной борьбе Цезарь чуть не погиб. И хотя благодарная Клеопатра предоставила в распоряжение римлянина все свои огромные богатства, длительное пребывание в Египте позволило политическим противникам Цезаря оправиться от поражения и вновь собрать свои силы.
Как и в прошлые годы, Цезарь и его единомышленники действовали решительно, смело и дальновидно. После затянувшегося пребывания в Египте римский диктатор выступил против новоявленного восстановителя Понтийского царства Митридата и его сына Фарнака, и в битве при Зеле римские легионы без особого труда разгромили армию боспорского царя (47 год до Р. X.). Именно об этой победе Цезарь написал знаменитые слова: пришел, увидел, победил — подчеркивая решительность действий и скоротечность всей кампании. Эта стремительная победа стабилизировала военно-политическую ситуацию во всех восточных провинциях.
Пользуясь полученными от сената полномочиями диктатора на 10 лет (вместо 6 месяцев по римской конституции), Цезарь не только смог изыскать огромные денежные средства для раздачи щедрых наград, он смог решить еще более сложную задачу — вывести своих многочисленных легионеров (более 100 тысяч человек) на земельные участки.
В 46 году до Р. X. Цезарь торжественно праздновал 4 триумфа — победы в четырех крупнейших военных кампаниях (галльские завоевания, александрийская война, понтийская победа и африканская кампания). Несколько дней в столице проходили роскошные представления, дорогостоящие гладиаторские игры. Каждый житель Рима получил по нескольку сотен сестерциев в качестве подарка.
В марте 45 года до Р. X. Цезарь подавил последнее восстание в Испании. После сражения при Мунде и празднования испанского триумфа Цезарь стал единоличным правителем Средиземноморской державы. В 45 году до Р. X. он был провозглашен римским сенатом вечным диктатором, то есть неограниченным в своей компетенции единоличным правителем.
Несмотря на это Цезарь, возможно, один из немногих политиков мировой истории, который не дал развиться в своей душе жестокости, мести и ненависти и всеми доступными ему средствами стремился к согласию и консолидации во имя высших государственных интересов.
Политика Цезаря преследовала цель более органического объединения центра — Рима, Италии и многочисленных провинций, их превращения из доходных поместий римского народа в полноправные части огромного Римского государства. С 49 года до Р. X. территория Италии стала простираться до Альпийских гор. Наконец, кардинальное решение о выводе демобилизованных ветеранов в провинции, бесспорно, стимулировало процесс романизации этих областей и их органического включения в структуру Римского государства.