В острой борьбе между папами победили реформисты, а с ними в Милане и в ряде городов Северной Италии считали себя победителями и патарии, которые бурно торжествовали по поводу избрания в папы Николая II. Таким образом, Гильдебранду удалось объединить значительную часть Италии под папским верховенством.
В апреле 1059 года на соборе в Риме Николай II обнародовал знаменитый декрет. При активном участии Гильдебранда устанавливался новый порядок избрания пап — коллегией кардиналов — ближайших советников папы, епископов ряда главных церквей Рима. Собрание кардиналов, на котором производились такие выборы, стало называться конклавом (лат. Соп сlауе — с ключом, то есть запертый зал). За императором же оставалось лишь право утверждения папы, избранного кардинальской коллегией. Этот декрет ударял не только по правам феодалов, но и по императорской власти.
Реформу энергично поддерживала значительная часть монашества, во главе с аббатством Клюни (в Бургундии), и те слои духовенства, чьи интересы были больше связаны с Римом, чем с феодальными сеньорами. Папство почувствовало, что, опираясь на монастыри, можно с успехом вступить в борьбу с империей, во владениях которой в середине XI века насчитывалось более 3000 монастырей.
Противники реформы из римских баронов и приверженцев императорских прав образовали свою лигу. В июле 1061 года, когда умер Николай II, Феодальная партия решила поднести молодому Генриху IV звание патриция вместе с правом избрания папы.
Когда Гильдебранд заставил кардиналов избрать в папы Александра II, не спрашивая на то согласия императора, немецкие епископы и несколько ломбардских избрали в октябре 1061 года антипапу Кадала, епископа Пармского. Кадал вступил в Рим. Началась настоящая война, в которой Александр II одержал победу, и в 1064 году на соборе в Мантуе Германия признала его папой.
После смерти Александра II, последовавшей в 1073 году, на папский престол под именем Григория VII взошел Гильдебранд. Он хотел иметь в лице епископов покорных слуг «апостольского престола» и стремился распространить свою власть в глубь Священной Римской империи. Григорий VII пытался организовать некое «мировое государство» под властью папы. Он намеревался принудить всех христианских королей принести ему ленную присягу и обязать их к ежегодным денежным взносам в пользу папского престола.
При Григории VII получил развитие институт легатов, особых уполномоченных апостольского престола, которые стали одним из главных орудий папского управления и дипломатии. Они являлись повсюду, во все вмешивались, смещали епископов, провозглашали церковные кары против государей. Папа предписывал повиноваться легатам так, как повиновались бы ему самому. В то же время Григорий требовал отчета от легатов и проверял все их распоряжения.
Угроза отлучения от церкви заставила французского короля Филиппа I подавить антипапское движение. В Англии Вильгельм Завоеватель стал платить «вассальную» лепту св. Петра. Венгерскому королю Геизе I папа писал: «Королевство венгерское принадлежит святому престолу. Король Стефан отдал его блаженному Петру». Вотчиной святого Петра представлялась ему и Испания, где папа, едва вступив на престол, благословил рыцарей на отобрание земель у мавров, — но при условии, что будет признана его верховная власть над отвоеванными территориями.
Даже далекий киевский князь Изяслав, сын Ярослава Мудрого, изгнанный из Киева, послал своего сына в Рим с просьбой о помощи для своего восстановления на киевском престоле. Григорий VII, по-видимому, пообещал эту помощь при условии, что киевский князь признает себя вассалом римского престола и принесет присягу в верности князю апостолов, принесет царство свое в дар св. Петру, приняв его затем как лен из рук папы.
Польский король Болеслав Смелый, в угоду папе, вел враждебную Генриху IV политику и стремился вытеснить германское влияние из Польши, Венгрии и Чехии. Интересы Болеслава временами сталкивались с притязаниями Григория VII, о чем свидетельствует угроза Рима отлучить польского короля от церкви. Угроза эта была настолько действенна, что в конечном счете Болеслав Смелый во всем уступил папе.
В писаниях Григория VII духовная власть почти ничем не отличается от политического верховенства. Божья благодать, распоряжение которой он объявляет своей привилегией, подобно небесному «ключнику» Петру, становится как бы собственностью, вотчиной папы, и Григорий VII разъясняет чешскому королю Братиславу II, что человеческий род разделяется на немногих, призванных к властвованию и обладающих благодатью, и на очень многих, уделом которых является повиновение, так как они не обладают благодатью. «Если вы хотите, — обращается Григорий VII к христианскому миру, — сделать апостола Петра своим должником, жертвуйте в пользу церкви, защищайте ее от врагов ее и служите ей верой и правдой».