Отличия текста «В овраге», вошедшего в том XII приложения к «Ниве», от журнального многочисленны и разнотипны. Всего их свыше 120. Подавляющая часть — в расстановке знаков препинания (около 80) и написании отдельных слов (более 30). В основном Чехов исправлял погрешности типографского набора и работы корректора. Смысл фраз не менялся. В пяти случаях добавлены отдельные слова, сокращены союз и предлог. В речи героев восстанавливалось разговорное произношение слов и присловий, устраненное корректором. В процессе пунктуационной правки уточнялся ритм авторского повествования (см. варианты). В XI, посмертный том марксовского издания (1906 г.) повесть вошла без изменений.
Ряд мемуаров, писем и документов указывает на реальные источники повести.
Открывающая ее история с дьячком, съевшим два фунта икры, была рассказана Чехову И. А. Буниным (ЛН, т. 68, стр. 672; И. А. Бунин. Собр. соч. в 9-ти т. Т. IX. М., 1967, стр. 224).
В обрисовке характеров и жизненного уклада фабричного села Уклеева исключительную роль сыграли мелиховские впечатления. Об этом писал П. И. Куркин, подчеркивая, что преломленные в повести «лучи народной души» «душа писателя восприняла» в «моменты деятельности А<нтона> П<авлови>ча как земского врача Мелиховского участка» (подпись: К. Антон Павлович Чехов как земский врач. Материалы для биографии (1892–1894 гг.). — «Общественный врач», 1911, № 4, стр. 68). М. П. Чехов, отмечая наряду с этим и значение участия Чехова в народной переписи 1897 г., позволившей писателю изучить «мужицкую жизнь во всех проявлениях», близко сойдясь с крестьянами, писал в мемуарах: «…семь лет „мелиховского сидения“ не прошли для него даром. Они наложили на его произведения этого периода свой особый отпечаток, особый колорит. Это влияние Мелихова признавал он и сам. Достаточно вспомнить о его „Мужиках“ и „В овраге“, где на каждой странице сквозят мелиховские картины и персонажи» (Вокруг Чехова, стр. 280. Ср.: Антон Чехов и его сюжеты, стр. 128). Как явствует из мемуаров, например М. П. Чеховой (Из далекого прошлого), хорошо узнал писатель и запечатленную в повести жизнь купцов и фабрикантов окрестных сел. С некоторыми из них Чехов состоял в деловом знакомстве и переписке (см., напр., его письмо от 10 октября 1893 г. к С. Е. Кочеткову; письма С. Е. Кочеткова к Чехову — ГБЛ), характеризовал их поведение в письмах к другим лицам (к Л. С. Мизиновой от 23 июля 1893 г. и др.).
Происхождение множества реалий повести (описание фабрик, жизненного уклада села, положения трудового люда, быта и нравов уклеевских хозяев и блюстителей порядка и т. д.) выясняется при обращении к документам, зафиксировавшим факты, известные Чехову по его общественно-медицинской деятельности в период холерной эпидемии 1892–1893 гг., а также в связи с его избранием в 1894–1895 гг. в комиссию уездного санитарного совета по осмотру фабрик. Среди документов — два служебных медицинских отчета по временному мелиховскому участку за 1892 и 1893 гг., представленные в совет Чеховым, возглавлявшим участок, и такие официальные материалы, как «Дело Серпуховской земской управы о сафьяно-лаично-кожевенном заведении кр<естья>н Шелагуровых в с. Крюкове» (ГБЛ), «Доклад Серпуховского уездного земского санитарного совета уездному собранию. Октябрь 1892» (М., 1892) и почти ежегодно издававшиеся уездным земством в 1890-х годах «Обзоры Серпуховской земской санитарно-врачебной организации». (Обзор за 1892–1893 гг. М., 1894, хранится в Доме-музее А. П. Чехова в Ялте. См: Чехов и его среда, стр. 362.)
М. П. Чехов указывал, что изображенное место — «близ Мелихова» (Антон Чехов и его сюжеты, стр. 146). С. М. Чехов уточнял: «…прототипом села Уклеева <…> послужило село Угрюмово, что в 3 километрах от Мелихова» (Вокруг Чехова, стр. 323). П. И. Куркин же узнавал в повести «местный колорит с. Крюкова» (письмо к Чехову от 23 февраля 1900 г. — ГБЛ).
Как можно судить по мемуарам С. Н. Щукина, сам Чехов признавал, что в повести отразились реальные факты, лица, события, и в то же время подчеркивал ее художественно обобщающий смысл. Он говорил: «Я описываю тут жизнь, какая встречается в средних губерниях, я ее больше знаю. И купцы Хрымины есть в действительности. Только на самом деле они еще хуже. Их дети с восьми лет начинают пить водку и с детских же лет развратничают; они заразили сифилисом всю округу. Я не говорю об этом в повести, <…> потому что говорить об этом считаю нехудожественным. <…> А знаете, <…> вот то, что мальчика Липы обварили кипятком, это не исключительный случай; земские врачи нередко встречают такие случаи. Впрочем, я решил больше ничего не писать из жизни крестьян» (подпись: С. Щ. Из воспоминаний об А. П. Чехове. — «Русская мысль», 1911, № 10, стр. 46–47; Чехов в воспоминаниях, стр. 464–465).