Военные события показали, что во время осад и сражений устоять удавалось лишь мощным каменным замкам, поэтому при возведении новых оборонительных сооружений полагались уже на новый тип крепостной архитектуры — жилую башню. На руинах старых дворцов на Братиславском холме построили башню, фундамент которой заложили глубоко в земле. Квадратная в плане (со сторонами 22 метра), эта постройка своими размерами выделялась среди подобных ей в Западной Европе: по периметру она имела 12 опорных столбов.
Вход в башню Братиславского замка вел через специальную пристройку, в которой была лестница, соединявшая ее этажи. В низком первом этаже установили небольшую цистерну, вода в которую поступала с крыши башни, поэтому защитники могли выдержать длительную осаду. Верхние этажи башни, по всей вероятности, были жилыми. Через несколько лет на замковом холме построили вторую башню, которая защищала первую с той стороны, откуда удобнее всего было вести атаку. Вторая башня была 4-этажной, имела подземелье, а наверху — галерею с зубчатой стеной.
Во время правления Анжуйской династии (1308–1382) значение Братиславского замка несколько упало, хотя в его истории и продолжались бурные периоды. Не один раз его осаждали и захватывали, а после падения Анжуйской династии король отдал весь Братиславский комитат в залог. Жупаном стал Смил из Кунштата, который разместил в замке моравский гарнизон.
На рубеже XIV–XV веков Братиславский замок уже не отвечал требованиям своего времени ни как крепость, ни как жилище. Поэтому его заново стали укреплять, а позднее возвели и новый дворец. На северо-западной и северной сторонах была возведена большая стена, новые укрепления усилили двумя выступающими полукруглыми бастионами. Один из них остался без имени, а другой (северо-восточный) благодаря своему выгодному положению с видом на обширный край назвали Лугинсландом.
На внутренней стороне новых укреплений находилась галерея с бойницами, частично сохранившаяся и до наших дней. От бастиона Лугинсланд укрепление ровной линией проходило над рыбацким поселением, расположившимся возле церкви Святого Микулаша, и тянулось до места, где находился вход в крепость со стороны города. В 1430-е годы там построили новые входные ворота с башней — ворота Жигмонда, другая проездная башня появилась в юго-западном углу крепости. Эти надвратные башни соединялись между собой стеной с бойницами, от которой до настоящего времени сохранилось всего несколько метров. Со временем юго-западные ворота были уничтожены, а на их месте в середине XVII века построили большой бастион с тоннелем.
В 1430-е годы на месте старой жилой башни возвели новый дворец. Император и король Жигмонд Люксембургский хотел основать в Братиславе новую резиденцию венгерских королей — вблизи императорской Вены. Вход во дворец шел через богато украшенный готический портал, над которым парил высеченный в камне герб с императорским орлом. В четырех крыльях дворца должны были располагаться самостоятельные, функционально различающиеся его части. Например, в южном крыле — с видом на Дунай и Придунайскую низменность — размещались жилые помещения правителя; в северном крыле, по предположениям ученых, были кухни, подсобные помещения и т. д.
Готический дворец для короля Жигмонда возводился под руководством мастера Конрада из Эрлинга, и на его строительстве работало около 300 ремесленников. К 1437 году, когда король умер, коробка здания была уже готова, но отделочные работы еще не закончены. Дело подвигалось медленно, а когда начались споры за королевскую корону, и вовсе остановилось. Строительная артель распалась: некоторые из ремесленников продолжили работу на других стройках Братиславы, остальные — ушли.
Помещения, предназначавшиеся для короля Жигмунда, остались недостроенными. Когда в замке должен был поселиться Ладислав Погребок — молодой внук короля, то архитектурный вкус уже был другим, изменились и требования, которые стали предъявлять к отделке дворцовых интерьеров. Будущего правителя воспитывали в Вене, и только в 1453 году он переселился в Венгрию. Кроме королевского замка в Буде, для Ладислава оборудовали и Братиславский замок, в парадных помещениях которого уже стояли роскошные кафельные печи, привезенные из Австрии и Южной Германии.
В период правления Ягеллонов замковый дворец пустовал. Он сильно пострадал во время распрей между Габсбургами и Запольскими, и поэтому при императоре Фердинанде в нем была начата большая реконструкция. Дворец был перестроен под руководством придворного живописца и архитектора Л. Феррабоско. Рыцарский зал во дворце ликвидировали, из больiого зала на первом этаже сделали несколько небольших помещений, в которые со двора вели новые порталы. На втором этаже был устроен просторный Тронный зал, парадные залы и жилые помещения императора богато отделали лепниной и украсили фресками.