Взгляд «иосифлян» был понятней: аскетическая византийская церковь и языческое русское общество несколько веков шли навстречу друг другу, чтобы сойтись именно на обрядности, на освященных традицией и овеянных красотой формах, малиновом звоне, сладкоголосом пении, долгих церковных стояниях, строгих постах, старого письма иконах, драгоценных ризах. Тем более ожиданно было, что на сторону «иосифлян» стало государство — оно не тронуло монастырских земель, чего боялся Иосиф Волоцкий, но постепенно поглотило самое церковь, чего боялся Нил Сорский.
Победой «иосифлян» первый шаг к подчинению церкви государству был сделан. Но был сделан — хотя и подавленный — шаг в сторону «духовного делания», толкования Евангелия, живой проповеди. «Обрусение» церкви и победа «старины» оказались непрочными — в середине XVII века возникло в церковных кругах течение, стремящееся сблизить паству и пастырей не путем обрядов только, но путем проповеди, возникло сомнение в «благочестии» многих русских обрядов и богослужебных книг как явно расходящихся с греческими.
Сомнения эти патриархом Никоном разрешены были с русской решительностью — заменой многих обрядов и исправлением, а то и новым переводом богослужебных книг. Эта реформа повела к расколу, не только положив начало делению русских на «западников» и «славянофилов», но и сделав государство окончательным арбитром в делах церкви. Встав на сторону Никона против «раскольников», царь Алексей затем заменил его более послушным Иоасафом. Следующий шаг был сделан Петром, в начале XVIII века заменившим патриарха Синодом — коллегией высших церковных иерархов, назначаемых самим государем на время, с «обер-прокурором» в роли его представителя. Царь превратился в главу как светской, так и церковной власти, а Россия — в теократическое государство.
Далеко не все русские приняли новую церковь. Ни в народе, ни в западническом «образованном обществе» не прекращались поиски более глубокой и независимой от власти веры. Образованный класс качнулся в сторону «вольтерьянства», «безбожных сочинений ансиклопедистов», и в XIX веке «атеизм» стал исповеданием значительной части интеллигенции. Но параллельно шли и религиозные поиски — «общество» интересовалось то масонством, то католичеством, то протестантством, то мистическим сектантством, то сектантством рациональным, то принималось за составление собственных учений, а к концу XIX века возникло религиозно-философское движение за реформу православной церкви. В религиозно-философском обществе в Петербурге, где собирались писатели и философы вместе с иерархами церкви, Василий Розанов заговорил об «одухотворенности плоти», а Дмитрий Мережковский об «оплотнении духа». Все эти искания — в форме более упрощенной — захватывали и светские и обывательские круги.
Для народа дух религиозного протеста нашел прежде всего выход в «старообрядчестве». Отход старообрядцев от официальной церкви — или отход церкви от старых обрядов — и преследование старообрядцев государством повели к их дальнейшим расколам — на тех, кто желал сохранить традиционную структуру церкви, и тех, кто в ожидании скорого конца света ее отрицал. Начались «беспоповщина», самосожжение, воздержание от брака, ожидание в гробах Судного дня. Последние времена, однако, все не наступали, явился Антихрист в мир «чувственно» или только «духовно», было неясно, старообрядчество постепенно отказывалось от крайностей, но работа народному сомнению была дана.
Рубеж XVII–XVIII столетий был началом русского сектантства. Последователи отдельных сект были в России и раньше, главным образом под влиянием из Литвы и Швеции, но при склонности массы к обрядовой стороне религии учения их до поднятого расколом брожения отклика не получили. Первой русской рационалистической сектой — то есть основанной на разуме как посреднике и судьбе Откровения — были «евангелисты». Из их учения, что «человек есть живая церковь», был уже путь к «христианству духовному», имевшему подготовленную почву. Состояние, при котором человек чувствует себя во власти нечеловеческой воли, видит образы и произносит бессвязные слова, давно было известно русскому язычеству, в деревнях «пророки» и «пророчицы» тряслись, падали и кликушествовали. Объяснялось это силой дьявола, однако с конца XVII века некоторые «пророки» стали уверять, что говорят они «от Духа Святого».
Первой и наиболее известной русской мистической сектой — то есть основанной на эмоционально постигаемом Откровении — были «Божьи люди», как они сами себя называют в противоположность «мирским», или «хлысты» — прозвище, данное им «мирскими». Скорее всего «хлысты» — искаженное «Христы», ибо они считали, что Христос может воплотиться в каждом из них. Секта возникла на Верхней Волге, в местах, где шла проповедь самосожжения, быть может, из одного из направлений «беспоповщины», на что указывает двуперстное знамение и восьмиконечный крест у «хлыстов».