Детективы, которые посвятили несколько недель изучению «замка» и составлению его плана, не нашли ничего необычного на первом и третьем этажах; на третьем этаже находились маленькие комнаты, в которых никто никогда не жил, а на первом этаже находились большие комнаты, использовавшиеся для каких-нибудь деловых целей. Три или четыре комнаты Холмс использовал под аптеку, ресторан и ювелирный магазин. А вот второй этаж представлял собой настоящий лабиринт с узкими, извилистыми проходами, ведущими к потайным лестницам, с хорошо скрытыми дверьми и комнатами, тупиками и ловушками, в общем, все было устроено так, чтобы там можно было легко скрыться от погони. Апартаменты самого Холмса, в которых были спальня, ванная и два маленьких кабинета, которые он использовал как офисы, располагались на втором этаже и выходили окнами на Шестьдесят третью улицу. В полу его ванной под тяжелым половиком полиция обнаружила почти незаметную потайную дверь, за которой шли ступеньки, ведущие в маленькую комнату площадью восемь квадратных футов. В его кабинете было две двери: из одной был выход на улицу, а из другой был спуск, ведущий в подвал.
Помимо тех комнат, которые занимал Холмс, на втором этаже было еще тридцать пять комнат. С полдюжины их, кажется, были обыкновенными спальнями, некоторые признаки указывали на то, что там проживали женщины, которые работали на монстра-хозяина или с которыми он занимался любовью, ожидая возможности их убить. В некоторых комнатах не было окон, и туда вообще не проникал воздух, если плотно закрыть двери. Одна из комнат представляла собой огромный сейф, не меньшего размера, чем в банках, и в него вела газовая труба. Другая комната была отделана листовым железом, покрытым асбестом, на котором остались следы от огня. Одни комнаты были звуконепроницаемыми, у других же были очень низкие потолки и люки в полу, из которых лестницы вели в маленькие комнаты, находящиеся под ними. Во всех комнатах на втором этаже, так же как и в огромном сейфе, были газовые трубы с вроде бы закрывавшимися створками. Но на самом деле эти створки были бутафорскими, а поток газа регулировался задвижками, которые находились в уборной в спальне Холмса. Явно одним из его любимых способов убийства было запереть жертву в одной из комнат, а затем включить газ; полиция полагала, что в той комнате, которая была отделана асбестом, он мог вызывать огонь, что в сочетании с подачей газа из трубы превращало комнату в пылающую печь, из которой не было выхода. Еще в уборной Холмса был электрический звонок, который звенел, когда открывалась дверь на втором этаже.
Подвал в «замке», глубиной семь футов, занимал пространство подо всем домом и захватывал территорию тротуара на Шестьдесят третьей улице. Это была мрачная лаборатория маньяка, где он сжигал или расчленял тела своих жертв или отделял мясо от костей и подготавливал скелет для сборки. В углу огромной подземной комнаты под мусоропроводом, который шел со второго этажа, располагался стол для вскрытия тел и чемоданчик со сверкающими хирургическими ножами, по которым было видно, что их часто использовали. Под столом лежала коробка с несколькими скелетами, принадлежавшими женщинам. В одну из стен был встроен крематорий с тяжелой железной решеткой для поддержания огня и решетчатым поддоном на роликах, чтобы можно было легко поместить в огонь тело. «Любопытной особенностью этой реторты, – писала нью-йоркская «Уорлд», – было то, что оттуда шел железный огневой ход, который вел в бак, другого входа в который не было. На дне этого бака была обнаружена жидкость, которая выделяла сильный запах». Под полом подвала полиция нашла зарытый огромный чан с разъедающей кислотой и два чана с негашеной известью, в любом из которых тело могло разложиться за несколько часов. Большое количество гашеной извести нашли в маленькой комнате, встроенной в стену, и в ней был отпечаток босой женской ступни. В разных местах подвала стояли странные конструкции, о назначении которых так никогда и не узнали, хотя были предположения, что одно из них, по форме напоминавшее средневековое пыточное устройство, называлась «определитель эластичности», с помощью которого Холмс проводил опыты. У него была теория, что человеческое тело, при правильных манипуляциях, можно растянуть в два раза больше, чем оно есть на самом деле; он утверждал, что применение этого процесса произвело бы расу гигантов. С другой необъяснимой загадкой столкнулись рабочие, которые рыли туннель через стены подвала к Шестьдесят третьей улице. Нью-йоркская «Уорлд» писала: «...Они натолкнулись на стену, за которой была пустота. Как только стену сломали, оттуда пошел ужасный запах и испарения, как будто там находился склеп. Сразу же послали за слесарем-сантехником. Рабочие обступили его, как только он приступил к работе, и первое, что он сделал, – это чиркнул спичкой. Сразу же раздался взрыв, от мощности которого содрогнулось здание, и в подвал ворвалось пламя. Единственным, кто не пострадал, был сам слесарь, а остальных рабочих отправили в больницу. Затем полиция тщательно исследовала сама это место. Полицейские обнаружили, что в кирпичной стене был спрятан бак, в котором находилось вещество, чьи испарения, как говорили химики, могли убить человека менее чем за минуту. Ряд очевидных фактов указывал, что это вещество активно использовали. <...> В центре бака была обнаружена маленькая коробка. Когда ее открыл начальник пожарной команды Джеймс Кенион, на него пахнули испарения с ужасным запахом. Все выбежали вон, кроме Кениона, которого пары лишили сил. Его вынесли на воздух, но еще два часа он вел себя как умственно отсталый».