Получая диплом, Богданов был уже достаточно сведущ и в естественных науках, и в русской литературе. Но, кроме всего прочего, он вырос одним из тех радикальных мыслителей, кто уже оторвался от традиционного российского социума и был поглощен поисками новых общественных идеалов и целей.
Поступив в Московский университет, Малиновский стал свидетелем и участником возрождения революционной деятельности среди молодого поколения. Голод, вызванный неурожаями 1891 и 1892 годов, толкнул юных мыслителей на путь профессиональных революционеров. Выдающийся публицист того времени Соловьев-Андреевич описывал состояние умов интеллигенции следующим образом: «Идея пролетариата была единственным путем вперед и единственной поддержкой для запутавшихся мыслящих людей. После долгих лет горя, скуки, цинизма и безразличия вдруг появилась надежда, что все проблемы можно решить (мы жили в ожидании этих великих решений). Возникла идея с огромными организаторскими возможностями» (1906).
Нашлись и организаторы. Студент Малиновский, еще не сделавший своего выбора между народничеством и марксизмом, вступил в Совет профсоюзов студенческих землячеств, сформировавшихся в 1892 году на основе фондов взаимопомощи. В ноябре 1894 года Совет профсоюзов публично осмеял почтенного историка Василия Ключевского, произнесшего панегирик в честь покойного Александра III. В отместку местная Охрана арестовала активистов Совета профсоюзов, в том числе и Малиновского. Будучи высланным в Тулу, он объединился с рабочим-инженером Савельевым и организовал кружки изучения политэкономии на местных заводах вооружения и боеприпасов. Он все более определялся как профессиональный революционер, установив связи с рабочими организациями в Москве и Харькове. В то же время Малиновский завершал свое обучение как студент-заочник медицинского факультета Харьковского университета.
В 1896 году Малиновский вступил в социал-демократическую партию, а после 1903 года примкнул к большевикам и на трех партийных съездах (III, IV и V) избирался членом Центрального Комитета РСДРП.
Одной из обязанностей настоящего революционера Малиновский считал повышение образовательного уровня пролетариата. Так на свет появился писатель Богданов, а его первый труд «Краткий курс экономической науки», в популярной форме пересказывающий «Капитал» Маркса, увидел свет в 1897 году и стал обязательным чтением для подрастающего поколения российских социал-демократов.
Во время революции 1905 года Богданов-Малиновский возглавил боевую техническую группу большевистской партии. Однако, после поражения революции, дали о себе знать общефилософские разногласия с ортодоксами-материалистами, которых представлял сам Ленин. Дело в том, что Богданов отказался от чистого материализма, не приняв аксиому о независимом существовании объектов («вещь-в-себе») и доказывая, что если человечество, изменяя мир, способно к теоретическому исследованию и практическому воспроизводству любого вида материи, то нет никакой необходимости в концепции материи, которая стоит над научным познанием. Ленин, наоборот, утверждал, что философствования Богданова – это уход в махизм, перерастающий в эмпириокритицизм (два философских течения, рассматривающих научное познание как способ прямого созидания реальности из хаоса, а не его изучения) и в субъективный идеализм (философское течение, описывающее вселенную не как реально существующий объект, а как сумму наших субъективных представлений о различных объектах).
Поэтому нет ничего удивительного в том, что и роман «Красная звезда» был воспринят лидером большевиков в штыки. Но рядовым членам революционных партий этот роман был нужен как воздух.
«Был ноябрь 1907 года, – вспоминал старый большевик в рецензии под инициалами С. Д., – когда появилась „Красная звезда“: реакция уже вступила в свои права, но у нас, рядовых работников большевизма, все еще не умирали надежды на близкое возрождение революции, и именно такую ласточку мы видели в этом романе. Интересно отметить, что для многих из нас прошла совершенно незамеченной основная мысль автора об организованном обществе и о принципах этой организации. Все же о романе много говорили в партийных кругах…»
А Владимир Ульянов-Ленин ревниво бросил: «Надо обладать поистине гениальным узколобием, чтобы верить в немедленный социализм.(…) Ха-ха-ха! Где там! Нам ведь вынь да положь вот сию же минуту „Красную звезду“ моего друга Александра Александровича(…) на меньшее мы не согласны!(…) и зря он написал этот роман, ибо он только окончательно совращает с пути истины всех скорбных главой, имя же им легион, и заставляет их лелеять(…) несбыточные мечтания.»