В результате чешские последователи Уиклифа вновь усилились. Победа над немцами сделала имя Гуса необычайно популярным в Чехии, а особенно в Праге. В октябре 1409 г. прошли выборы первого после раскола ректора университета. Им вторично стал Ян Гус. Собравшийся в то же время при поддержке Вацлава собор прелатов в Пизе, избрал (в пику Григорию и Бенедикту) новым папой Александра V.
Архиепископ, после тщетной борьбы с королем, вынужден был признать этот выбор.
Но он продолжал оставаться врагом Гуса. В марте 1410 г. Збынек добился от папы буллы, осуждавшей ересь Уиклифа и дававшей ему самые широкие полномочия в ее искоренении. Спустя четыре месяца он велел публично сжечь все книги Уиклифа, которые ему удалось заполучить, а затем изрек проклятие Гусу и его сторонникам.
Но когда священники стали, согласно его распоряжению, провозглашать отлучение Гуса, народ силой воспротивился этому во всех церквях. Большинство пражских священников было так запугано, что уже не осмелилось повторять проклятие. Но кое-где сторонники архиепископа осилили. Почти целый месяц в пражских церквах продолжались беспорядки и замешательство. Наконец король строгими мерами прекратил их. В общем, в Чехии победа осталась за последователями Гуса. На его стороне всецело был университет и королевский двор, его горячо поддерживали жители Праги. Но за пределами королевства отношение к нему оставалось прямо противоположным — под влиянием папских булл здесь постепенно утверждалось мнение, что Гус настоящий еретик. Его стали требовать в Рим для разбирательства, но Гус не поехал, так как опасался расправы. Тогда в феврале 1411 г. его предали папскому проклятию. Однако Гус, не обращая внимания ни на архиепископские, ни на папские отлучения, продолжал проповедовать в своей часовне. В последние годы своей жизни он, подобно Уиклифу, много сил отдал переводу на чешский язык Библии. К этому времени уже имелись чешские переводы многих книг Священного Писания, но не все они были удовлетворительного качества, разнились по стилю и языку (единого литературного чешского языка в то время еще не существовало, бытовало несколько диалектов). Гус внимательно просмотрел все эти переводы, исправляя ошибки и огрехи, и, подобно Уиклифу, создал наконец для народа Библию, которую тот мог читать без затруднений.
Между тем гонения на Гуса усиливались. В 1412 г. папа Иоанн XXIII велел предать его новому отлучению. Проклятие должны были повторить при колокольном звоне, с зажжением и погашением свечей. В формуле проклятия говорилось, что отныне никто не должен давать Гусу ни пищи, ни питья, ни приюта, и место, на котором он стоит, подвергается интердикту. Всем верным сынам церкви вменялось в обязанность задерживать Гуса везде, где бы они его ни встретили, и отдавать в руки архиепископу или епископу. Вифлеемскую часовню, как рассадник ереси, папа велел уничтожить. Осуществить эти угрозы в Праге, где у Гуса насчитывалось множество сторонников, не было никакой возможности. Когда однажды враги Гуса попытались сорвать богослужение в Вифлеемской часовне, мгновенно сбежались толпы народа, и устрашенные противники ушли ни с чем. Король также оставался покровителем Гуса, хотя ссора последнего с папой ему очень не нравилась — она бросала тень на репутацию Вацлава, ибо враги распространяли о нем в Европе слухи как о защитнике еретиков. В конце 1412 г. он уговорил Гуса уехать из Праги и тем положить конец смуте. Находясь за пределами столицы, тот написал свое главное сочинение «О церкви». Оно стало его завещанием для чешских реформаторов.
Осенью 1414 г. по требованию императора Сигизмунда в Констанце собрался церковный собор, который должен был покончить с затянувшемся расколом западной церкви. (Пизанский собор не смог этого сделать; фактически он даже усилил его, так как вместо двух пап оказалось три). Попутно в Констансе решались другие запутанные церковные дела. Дело Гуса было одним из них, и император отправил ему личное приглашение на собор. Сигизмунд писал, что предоставит Гусу возможность высказать свои взгляды, и обещал отпустить его на родину даже в том случае, если Гус не подчинится решению собора. Многие друзья Гуса, зная непостоянство Сигизмунда, отговаривали его от этой поездки. Однако Гус решил ехать. Ему казалось, что, явившись на собор, он оправдает себя перед обвинителями и убедит в истинности своих идей не только мирян, но и прелатов.
Когда Гус приехал в Констанс, здесь уже было шумно и многолюдно, хотя собор еще не открылся. Первое время на него не обращали внимания и казалось, никому нет до него дела. Но это была только иллюзия. Враги слишком ненавидели его, чтобы позволить вырваться из своих рук. Расправа над чешским реформатором была предрешена. Гус ожидал справедливого суда или публичного диспута и был уверен в своем успехе. Однако, судьба его решилась совсем другим способом. 28 ноября 1414 г. кардиналы, собравшись к папе Иоанну XXIII, келейно обсудили учение Гуса и решили, что он должен быть взят под стражу. В тот же день несчастного заключили в доминиканском монастыре, в мрачной сырой камере, примыкавшей к клоаке. Это произошло без ведома императора.