В 1804 году Питт вновь возглавил правительство. Каннинг стал одним из деятельнейших его помощников. Но после смерти Питта в январе 1806 года снова оказался в оппозиции. В кабинете Фокса и Гренвилла Каннинг отказался работать из-за неприязни к вигам, вошедшим в министерство. Однако борьба с Наполеоном требовали более энергичного руководителя страны Гренвилла.
Весной 1807 года герцог Портленд образовал торийский кабинет, в котором Каннинг стал министром иностранных дел, лорд Каслри — министром, а первым лордом адмиралтейства — Мельгрев. Ведущей роли Каннинг здесь не играл, ибо Мельгрев, Каслри и Портленд фактически заправляли внешней политикой.
После Тильзитского мира Дания не решалась примкнуть к Англии, как требовал этого английский кабинет. В глубокой тайне была снаряжена морская экспедиция против Дании. Копенгаген подвергся страшной бомбардировке, в результате которой погибли около двух тысяч мирных граждан. Некоторые историки возлагают часть вины за этот варварский акт на Каннинга.
В это же время обострились отношения Каннинга с военным министром Каслри. 21 сентября 1809 года между ними состоялась дуэль. Каннинг был легко ранен. После этого скандала кабинет Портленда вышел в отставку.
Один кабинет сменялся другим; ушел враждебный Каннингу Перси, пришел дружественный ему лорд Ливерпуль, но Каннинг по-прежнему оставался в оппозиции.
30 ноября 1812 года лидер небольшой, но влиятельной группы «канненгитов» раскритиковал внешнюю политику кабинета. По мнению Каннинга, правительство должно было оказать реальную помощь России в ее борьбе с наполеоновской Францией.
Кратковременное пребывание в качестве посланника в Лиссабоне (1814–1816) позволило Каннингу ближе познакомиться с континентальми делами. В 1821 году он представлял Англию на Лайбахском конгрессе Священного союза.
Каннинг объявил себя «сторонником безусловного нейтралитета» в разыгравшихся революционных событиях. Британии, по его мнению следовало осудить реакционеров, но не более. Он говорил в парламенте: «у самих в конституции достаточно демократизма, чтобы смягчить власть монархии, и достаточно монархизма, чтобы ограничить демократию».
После самоубийства Каслри лорд Ливерпуль в сентябре 1822 года пригласил Каннинга на пост статс-секретаря по иностранным делам, предоставив ему полную свободу действий.
Новый глава Министерства иностранных дел не скрывал своего недовольства «ареопагом», как он называл Священный союз, и его назначение не вызвало энтузиазма у дипломатов континентальных держав Союза, что писал по этому поводу российский посол во Франции К.О. Поццон-Борго: «Вступая в Кабинет, вопреки желанию государя и значительной части членов совета, он объявил, что интересы Англии будут для него всегда законом. Несомненно, таков долг любого хорошего министра в любой стране, но манера Каннинга использовать эту традицию как орудие борьбы с противником вызовет к нему враждебное отношение всех государств Европы… Его диктаторский тон пришелся по душе английскому народу».
Каннинга отличала сильная воля и холодный, расчетливый ум. Он пришел к власти с особой программой действий, которая могла, по его убеждению, дать новый импульс развитию промышленности, торговли, банковского дела. По его мнению, следовало не бороться с национально-освободительными движениями в Европе, в Испанской (Латинской) Америке, а, напротив, использовать эти движения в своих интересах. Освобождающиеся народы, образуя новые государства, нуждаются и в промышленности, и торговом флоте, и в финансах, — и за всем этим они будут обращаться прежде всего к Англии.
В то время внимание крупнейших держав Европы было приковано к поднятому в 1821 году греками восстанию против османского ига и продолжавшейся с 1820 года революции в Испании.
В ноябре 1822 года состоялся Веронский конгресс Священного союза. Его участники склонялись в пользу интервенции в Испанию. По этому вопросу Англия сразу же заняла особую позицию. Ее представитель Веллингтон заявил, что ни в какой интервенции его страна участвовать не будет. Это повлияло и на позицию других держав. В итоге 25 декабря Франция заявила о решимости действовать в одиночку, что встревожило Санкт-Петербург, Вену и Берлин: усиления Франции никто не хотел. Перед послами Австрии, Пруссии и России была поставлена задача убедить британский кабинет действовать заодно с континентальными державами Священного союза.