Получив все необходимые инструкции, в ноябре 1813 года Каподистрия под видом путешественника отправился в Швейцарию. Успешно выполнив свое официальное поручение, он попутно выступил в роли посредника во внутриполитической борьбе в Швейцарии. После выполнения своей чрезвычайной миссии Каподистрия еще около полугода провел в Швейцарии в качестве посланника России.
Каподистрия, использовав «конституционную дипломатию», помешал Австрии расчленить швейцарские кантоны. В результате в Швейцарии было восстановлено монархическое правление.
В октябре 1814 года Каподистрия по указанию царя прибыл в Вену. Формально он не входил в число уполномоченных России на Венском конгрессе. Фактически же все наиболее сложные и ответственные дела поручались именно ему. На протяжении девяти месяцев работы конгресс имея столь серьезных противников, как Меттерних, Талейран и Каслри. Каподистрия с большим искусством добивался выполнения царской программы послевоенного устройства Европы. Во время Венского конгресс Александр нередко советовался с ним по наиболее сложным политическим вопросам и тактике дипломатических переговоров.
14 сентября 1815 года в Париже Александр I, австрийский император Франц I и прусский император Фридрих Вильгельм III подписали так назваемый «Акт Священного союза», по которому его участники обязались «во всяком случае и во всяком месте… подавать друг другу пособие, подкреплёние и помощь».
Доверие и расположение к нему Александра I все более увеличивались. 11 сентября 1815 года царь подписал указ о назначении Каподистрии стат-секретарем по иностранным делам. Ему были поручены заключительные мирные переговоры с Францией. От имени России Каподистрия подписал Парижский мирный договор от 20 ноября 1815 года. «Каподистрия сыгра большую роль в переговорах по заключению 2-го Парижского мира 1815 г. — именно ему Франция обязана главным образом смягчением первоначальных жестких условий, выдвинутых союзниками», — отмечает американская исследовательница Кеннеди-Гримстед. В переговорах в Париже российские уполномоченные Каподистрия и Разумовский, вопреки позиции Англии, настаивали на необходимости ясно заявить в преамбуле договора, что под восстановлением легитимного порядка, временно низвергнутого Бонапартом, подразумевалась не только «законная королевская власть» но и «конституционная хартия».
Александр I не хотел поднимать греческого вопроса на Венском когрессе. Однако он быстро согласился на придуманную Каподистрией новую весьма завуалированную форму помощи грекам. Иоанн Антонович предложил открыть в Вене подписку для «оказания пособия молодым грекам, которые жаждут образования». Античность была в моде. Поэтому мысль о возрождении греческого образования, исходившая от победителя Наполеона, была с энтузиазмом подхвачена. Сам Александр I назначил для этой цели ежегодную сумму в 200 голландских червонцев, русская императрица 100 червонцев, другие государи, их министры, сановники и вся аристократу рангом ниже последовали их примеру. Эта подписка положила начало греческому обществу «Филомузос Этерия» («Общество любителей муз»). 10 октября 1815 года Каподистрия писал своей знакомой Р. Стурдзе: «Государь желает иметь меня при своей особе. Зачем? Затем, чтобы пользоваться мною как орудием в деле великих реформ в своей империи».
В январе 181б года Каподистрия вернулся в Петербург. Здесь в доме на Дворцовой площади его уже ждали апартаменты, которые прежде занимал государственный канцлер Н.П. Румянцев. Как пишет А.А. Васильчиков, он сделался «любимым статс-секретарем, доверенным советником и, можно сказать, другом императора. Совершенное его бескорыстие в денежных и служебных отношениях, всегдашняя скромность, воздержанность и большая откровенность, ловко соединенная с чувством повиновения, с каждым днем укрепляли и увеличивали его влияние на Александра Павловича».
9 (21) августа 1816 года Каподистрия был назначен управляющим Министерством иностранных дел. Александр I высоко ценил дипломатические способности Каподистрии. Кроме того, в глазах Александра грек, не имевший в России ни семьи, ни собственности и полностью зависевший от его расположения, должен был служить ему со всей преданностью и старанием.
Управление Министерством иностранных дел И.А. Каподистрия делил с другим статс-секретарем — К.В. Нессельроде. В ведении Каподистрии находились отношения России с восточными странами, включая Османскую империю, в ведении Нессельроде — сношения России со странами Запада. Но практически функции Каподистрии были гораздо шире. Французский поверенный в делах Ламуссе 3 апреля 1816 года писал: «Господин Нессельроде обычно связан с дипломатическим корпусом и ведет официальные беседы, но ничего сегодня не делается без господина Каподистрии, у которого тайком получают частную аудиенцию».