Убийство Линкольна вызвало смятение в правительственных сферах. Джонсон – второе после президента лицо в государстве – самоустранился от руководства действиями властей в ночь с 14 на 15 апреля. Следующий по рангу – государственный секретарь Сьюард лежал тяжело (как полагали, смертельно) раненный Пейном. Фактическим главой исполнительной власти в эти часы и дни оказался военный министр Стентон.
Начальнику контрразведки Лафайету и его людям в конце концов посчастливилось напасть на след Бута. Актер и Геролд были настигнуты в ночь с 25 на 26 апреля на ферме Гаррета. Сарай, запертый на висячий замок, где скрывались Бут и Геролд, был окружен отрядом солдат под командованием лейтенанта Эдварда Догерти и разведчиками, возглавляемыми подполковником Эверто-ном Конджером и лейтенантом Лютером Бейкером, двоюродным братом шефа секретной службы Бут отказался сдаться, но Геролд поспешил выбраться из амбара и был немедленно схвачен преследователями. Актер все еще продолжал упорствовать, и сарай подожгли. Неожиданно раздался выстрел, и Бут был смертельно ранен. Солдаты взломали дверь и вынесли его из горящего строения.
Джон Уилкис Бут застрелил Авраама Линкольна 14 апреля 1865 года, и в ту же секунду появились вопросы, действовал ли Бут по собственной инициативе или за его спиной стоял заговор? Был ли он одиночкой или инструментом в чьих-то могущественных руках?
Линкольн в качестве президента был одновременно главнокомандующим вооруженными силами и фактически руководил ведением войны. Поэтому его убийство было сочтено преступлением, входившим в компетенцию военного суда. Новый президент Эндрю Джонсон назначил членами военного трибунала девять заслуженных офицеров. В качестве прокурора выступал генерал Джозеф Холт, главный судья в армии (руководитель юридического отдела военного министра).
9 мая 1865 года в старом здании "тюрьмы Арсенала в Вашингтоне начал свою работу военный трибунал. Только что закончилась победой северян четырехлетняя кровопролитная Гражданская война.
Среди подозреваемых – главарь рабовладельческой Конфедерации Джеф-ферсон Девис, арестованный 9 мая в штате Джорджия, его сподручные, а также руководители разведки южан, находившиеся в Канаде и организовывавшие на протяжении всей войны шпионаж и диверсии на территории северных штатов.
Перед трибуналом предстали восемь человек, обвиняемых в том, что в сообществе с Джефферсоном Девисом, Джоном Уилксом, Бутом и рядом других лиц (южных разведчиков в Канаде) они были причастны к убийству Авраама Линкольна, к покушению на государственного секретаря Уильяма Сьюарда и к планам покушения на вице-президента Эндрю Джонсона, командующего армией Соединенных Штатов генерала Улиса Гранта.
Наиболее ясной была виновность 20-летнего солдата южной армии Льюиса Пейна (настоящее его имя было Льюис Торнтон Пауэлл). Именно этот уроженец Флориды проник в дом Сьюарда, нанес ему ножом страшную рану, лишь по случайности не ставшую смертельной, выстрелил в сына Сьюарда, которого спасла лишь осечка пистолета, наконец, тяжело изувечил других обитателей дома.
Второй обвиняемый – аптекарский ученик Дэвид Геролд – утверждал, что его не было в Вашингтоне, когда прозвучал роковой выстрел в театре Форда. Однако Геролд не мог отрицать, что присоединился по дороге к Буту, бежавшему из Вашингтона, сопровождал его до фермы, где убийца был настигнут солдатами. По утверждению Геролда, Бут обещал отпустить его, когда к ним присоединятся 35 других заговорщиков из Вашингтона. Правда, он назвал только одно имя – некоего Эда Хенсона, который входил в летучий отряд южан полковника Мосби, еще продолжавшего партизанскую войну в нескольких десятках миль от Вашингтона.
Третий подсудимый – шпион и контрабандист Джордж Эндрю Этцеродт – еще на предварительном следствии признал свою причастность к заговору, участники которого намеревались похитить Линкольна (план убийства возник позже). Этцеродт не отрицал, что 14 апреля встречался с Пейном и Бутом, причем последний приказал ему убить вице-президента Джонсона. Обвинение доказало, что Этцеродт снял номер в отеле Кирквуд, где проживал Джонсон. В номере находился потайной склад оружия. Было доказано, что Этцеродт интересовался тем, какое помещение занимал вице-президент. Однако Этцеродта обвиняли прежде всего не в попытке убийства Джонсона, а в соучастии в убийстве Авраама Линкольна. Интересно, что, по признанию Этцеродта, сделанному после ареста, главой группы заговорщиков наряду с Бутом был шпион южан Джон Саррет, скрывшийся за границу.