Черноморское войско, собравшись за Бугом, организовало у себя войсковой кош, по примеру бывшего в войске запорожском. Первым кошевым атаманом за-Бугского коша был избран, по древнему обычаю казаков, старшина войска Сидор Игнатьевич Белый. Несмотря на войсковой выбор, Белый в звании кошевого был утвержден еще и со стороны правительства начальником края и военных сил там расположенных, фельдмаршалом князем Потемкиным-Таврическим.
После смерти кошевого Сидора Белого между черноморскими казаками образовались две партии: одна желала поставить во главе войска Головатого, другая Чепегу. Оба эти старшины были уважаемы в круге войскового общества, как первые народные представители; оба отличались военными достоинствами, и оба пользовались общею любовью и привязанностью казаков. И по положению в войске оба были из числа первых: Головатый, отличный администратор, был войсковым судьею, что давало ему, по службе в войске, первенство после кошевого атамана; Чепега, напротив, отличившийся в последнюю войну особенною храбростью, был одним из первых военачальников верных черноморских казаков, — что в тогдашнее военное время ценилось выше гражданских заслуг.
После долгих колебаний между мнениями войскового товарищества выбор пал на Чепегу. Известная во всем войске личная храбрость, распорядительность в бою и молодецкая отвага дали ему перевес над Головатым. Несмотря, однако, на соперничество Чепеги с Головатым из-за выборов в кошевые, оба они остались друзьями.
Эта борьба двух сторон была только слабым отблеском того, что происходило некогда в Запорожье, где выборы кошевых отличались необузданным разгулом и нередко сопровождались кровопролитием при разногласии рады казаков. За Бугом ничего подобного не было. Воля начальства приковывала всех и каждого к порядку и военной субординации. При таких гарантиях тишины и спокойствия само начальство не могло не принять на себя решения игры партий скорым назначением кошевого атамана одного из двух выбиравшихся войсковых старшин, тем более что, по тогдашним военным обстоятельствам, нужно было безотлагательно поставить человека во главе молодого войска, находившегося лицом к лицу с неприятелем.
По переходе казаков на Кубань высшее правительство один только раз требовало от войска выбора кошевого атамана, на место Чепеги, да и то утверждение избранного зависело от воли Императора; затем уже назначение войсковых атаманов постоянно зависело от Высочайшей власти.
Образовавшийся за Бугом кош Черноморских казаков не имел, по военному времени, прочных оснований; власть кошевого атамана была настолько несамостоятельна, что, несмотря на покровительство князя Таврического, черноморцы часто находились в зависимости от лиц, мало уважавших достоинство кошевого атамана. Казацкое самолюбие было задето за живое, и однажды дело дошло до взрыва. Это было по следующему случаю.
Для отыскания путей препровождения пленных турок, взятых на Дунае 6 июня 1789 года, генерал Голенищев-Кутузов предписал кошевому атаману Чепеге следовать с конницею Черноморского войска, вместе с бригадою полковника Исаева и с Бугским казачьим полкам полковника Скаржинского, чрез Тилигул, Куяльники и далее к открытию Бендер; для видимости же о всех распоряжениях по этой экспедиции Кутузов прислал в копии ордер, данный им по сему предмету полковнику Исаеву. По смыслу ордера, Чепега и Скаржинский должны были поступить под команду Исаева, от которого Чепега получил в то же время и отзыв о выступлении по назначению.
Вот от слова до слова ответ Чепеги Кутузову, отражавший в себе чувство оскорбленного достоинства кошевого атамана и всего войска Черноморского. Захарий Алексеевич 8 июня 1789 года писал: «Ныне прибывши я в кош как объявил старшинам и казакам, вашего превосходительства, — о походе и о бытии мне с войском подведомственным господину полковнику и кавалеру Исаеву — ордер, то старшины и знатные казаки, будучи о походе довольны, сказали мне громко, что эта подведомственность в крайнейшую нам обиду, разорение и в вечное бесчестие, — так как будто бы Черноморское войско ничего незначащее и само собой справиться не может; а при том ведая прошлогоднюю от Донских войск обиду — приговорили: об увольнении от вышеписанной подведомственности и о бытии под одним только вашего превосходительства начальством, куда подлежит отнестись просьбою. О чем вашему превосходительству под высокое рассмотрение за долг почитаю сим поднесть».