Использование английских послов за рубежом было любимым способом манипуляций Сесила. В 1562 году «передовые» советники подталкив Елизавету к тому, чтобы она оказала военную поддержку французским протестантам и присоединилась к международной Протестантской лиге. Сесил действовал не напрямую, а через Кристофера Мундта, посла в Германии. Сесил подучил Мундта уговорить немецких монархов-протестантов послать Елизавете эмиссара, чтобы предложить совещание и союз. Сам Мундт должен был предупредить королеву, что поражение французских протестантов необходимо предотвратить: ему предписывалось сообщить Елизавете, «если она сейчас не постарается помочь Вере во Франции и не предотвратит союз Франции и Испании, ее гибель будет столь же близка, сколь любого другого монарха в христианском мире». Ясно, что политику определял Сесил, а потом пытался вынудить Елизавету проводить ее. Личные суждения по вопросу о браке и наследстве в 1566 году привели его к вывод «Самое разумное в этом выборе — решиться на заключение целесообразно брака, а если этого не получится, то переходить к обсуждению вопроса наследовании».
Сесил действовал через парламент, стараясь заставить Елизавету выбрать тот или другой шаг. Другие члены Совета тоже пытались оказывать давление на Елизавету — хотя и не всегда успешно.
Как только стало очевидным нежелание Елизаветы выходить замуж, от нее стали настойчиво требовать объявления наследника престола. Тайный совет разделился на три группы, каждая из которых поддерживала своего претендента, а Елизавета еще более ухудшила положение вещей, предлагая Роберту Дадли стать регентом королевства. Уильям Сесил, ожидая писал в 1563 году парламенту: «Я думаю, что следует предпринять все возможное, чтобы утвердить наследника престола, но я боюсь, что нежелание Величества объявить его может стать препятствием на этом пути». Так и случилось.
Палата Лордов и Палата Общин обратились к королеве с просьбой назначить наследника.
Отказ Елизаветы провозгласить наследника не мог не вызвать неод рения. В 1565 году проповедник Томас Сэмсон предложил: «Если король не в силах помочь нам выйти из затруднительного положения, тогда парламент должен проявить всю свою власть и мудрость с тем, чтобы сделать все возможное и разрешить, наконец, вопрос с наследником».
В 1566 году Вильям Сесил подписал меморандум, в котором говорилось о важности улаживания вопроса с замужеством и назначении наследника. Секретарь делал вывод: «Средством решения проблем может стать замужество, но если это невозможно, то следует перейти к обсуждению прав следования».
Лорд-канцлер Бэкон в Палате Лордов и секретарь Сесил в Палате Общин организовали совместную делегацию обеих палат к королеве по поводу престолонаследия.
После того как королева попыталась отменить парламентские дебаты по поводу назначения наследника, в Лондоне начали появляться плакаты, подвергавшие критике ее поведение. Они, кроме того, несправедливо обвиняли Уильяма Сесила в том, что наследник не был назначен. О королеве складывалось мнение как о безответственной и пренебрегающей благополучием своих подданных.
Елизавета и правда отказывалась провозгласить наследника и всячески пыталась не допустить обсуждения этого вопроса.
Что касается религии, то Сесил являлся противником преследований, но признавал необходимость государственной религии. Елизавета не хотела разрывать связи с папским престолом. Только жесткая политика папы Павла IV, который объявил младшую дочь Генриха VIII незаконнорожденной, окончательно оттолкнули Елизавету от католичества. Сесил убедил королеву, что в ее интересах выступать за реформированную церковь. Это был мудрый совет: английские католики считали сомнительными права Елизаветы на престол и были склонны устраивать заговоры в пользу шотландской королевы Марии Стюарт, которую объявили единственной законной наследницей трона. В 1559 году были изданы парламентом законы, окончательно сформировавшие англиканскую национальную церковь. Именно благодаря искусству Сесила, в палате лордов прошел, правда, не без труда, билль, восстанавливающий господство короны над церковью. Он протестовал против верховной комиссии, возбуждавшей преследования против пуританского духовенства. Сесил советовал Елизавете: «Будьте милостивы к своей знати и первым лицам в королевстве, чтобы прочнее привязать их к себе».